共表達
- 長鏈非編碼RNA共表達基因在卵巢上皮性癌的生物學作用
lncRNA 共表達且差異表達的基因（1）差異表達mRNA 芯片數據的獲?。孩僭诿绹鴩⑸锛夹g中心（NCBI）的Gene Expression Omnibus（GEO）數據庫中檢索與OC 相關的mRNA 表達譜芯片數據集（檢索條件：研究類型為expression profiling by array、種屬為homo sapiens、病例和對照樣本數目均≥10 例、時間為自建庫至2022 年12 月31 日），隨后下載符合納入條件的mRNA 表達譜芯片數據
浙江臨床醫學 2023年4期2023-05-30
- 不同濃度氮處理毛竹水通道蛋白基因表達模式及其調控網絡
P基因和TF的共表達網絡，篩選關鍵的基因，并用轉錄組數據驗證，以期為后續開展基因功能提供參考依據。1 材料與方法1.1 實驗材料選取在人工氣候室[光周期為16 h光/8 h暗、光照強度為300 μmol/(m2·s)、溫度為28 ℃、濕度為60%]培養2個月左右、且生長狀態一致的毛竹幼苗用于實驗，將其根部清洗干凈，然后放入含有不同濃度KNO3(N0=0 mmol/L，N6=6 mmol/L，N18=18 mmol/L)的改性木村B溶液中培養2周[8,11]
世界竹藤通訊 2022年6期2023-01-14
- 乳腺癌中垂體瘤轉化基因1對免疫浸潤的影響及其預后價值
整合構建的基因共表達數據庫[16]。利用Coexpedia 分析在乳腺癌中與PTTG1 表達顯著相關的基因，并選取排名前50 的基因做后續分析。1.3 富集分析使用R 語言中的clusterProfiler 包將PTTG1 共表達的前50 基因進行GO 和KEGG 通路富集分析[17]。1.4 腫瘤免疫細胞浸潤相關性分析通過TIMER 數據庫（https://cistrome.shinyapps.io/timer）分析PTTG1 的表達水平及其與6 種免疫
中國普通外科雜志 2022年11期2022-12-12
- 多組學聯合分析神經膠質瘤中SOX4表達差異及臨床意義*
.3 SOX4共表達基因篩選根據SOX4基因表達中位數分別將GBM和LGG分為高SOX4組和低SOX4組，運用R軟件DESeq2(1.26.0)包[6]，以|log2(FC)|>1.5和adj.p value 1.4 SOX4共表達基因功能富集分析通過R軟件ClusterProfiler(3.14.3)[7]包對SOX4共表達基因分別進行Gene ontology(GO)和通路Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(
湖北科技學院學報(醫學版) 2022年5期2022-11-03
- 長鏈非編碼RNA HAGLROS在胃癌中的生物信息學分析
AGLROS的共表達基因從TCGA數據庫(https://portal.gdc.cancer.gov/)下載胃癌基因表達譜。采用R語言分析HAGLROS的共表達基因(選取的是蛋白質編碼基因)，篩選標準為Pearson相關系數絕對值>0.3且P1.3 HAGLROS共表達基因的網絡互作分析及關鍵基因的篩選應用STRING數據庫(https://cn.string-db.org/)進行HAGLROS共表達基因的蛋白質互作(PPI)網絡分析，再導入Cytosca
實用臨床醫藥雜志 2022年15期2022-09-03
- PARVG基因在腎透明細胞癌患者中的表達及臨床意義
rg/）是一個共表達網絡分析以及可視化的在線工具，搜集了來自GEO數據庫關于人和小鼠的900多個數據集，并對每個數據集進行了共表達分析，然后將共表達關系匯總成數據庫信息。通過在Coexpdia數據庫中檢索，獲得了在KIRC中PARVG基因的共表達基因網絡。1.6 Funrich軟件FunRich軟件主要用于基因和蛋白質的功能富集和相互作用網絡分析。選取Coexpedia數據庫得到的“LLS分數＞2”的17個基因，在“Gene enrichment”模塊下，
大理大學學報 2022年2期2022-04-02
- 孕中期羊水游離RNA中泌尿系統發育關鍵基因的篩選與生物學功能分析
。1.2 基因共表達網絡分析 采用Olgio軟件對芯片檢測結果進行讀取、背景校正以及歸一化。在獲取基因表達量后，利用SVA 軟件包去除批次效應，使不同芯片檢測結果具有相似的均值和標準差。在不同樣品的檢測結果具有可比性的基礎上，利用WGCNA 軟件的動態樹形剪切算法建立基因共表達模塊，進行基因共表達網絡分析，軟閾值設為12，最小類的大小設置為30。篩選得到的基因共表達模塊以不同顏色名稱表示。通過分析AfcfRNA 轉錄組中基因平均表達量和變異系數（CV%），
山東醫藥 2022年8期2022-03-31
- UdhA和博伊丁假絲酵母xylI基因共表達對木糖醇發酵的影響
因（xylI）共表達對木糖醇發酵的影響。[方法]將來源于博伊丁假絲酵母醛糖還原酶xylI基因克隆到pET28a（+）上，并在BL21（DE3）中表達，通過SDS-PAGE對表達產物的分子量和酶活進行測定。隨即將xylI基因連接lacP啟動子，構建pWYZ-2質粒并將其轉化到E.coli AI07菌株。進一步將來源于E.coli W3110的UdhA基因克隆到pWYZ-2質粒實現與xylI共表達，所構建pWYZ-4質粒轉化到E.coli AI07菌株，比較了
安徽農業科學 2022年1期2022-02-14
- 羊水游離RNA中神經發育關鍵基因分析*
錄組，結合基因共表達網絡分析和組織特異性基因分析，試圖從AfcfRNA轉錄組中提取神經系統發育相關的關鍵基因，為AfcfRNA轉錄組在產前診斷中應用奠定基礎。1 資料與方法1.1一般資料 以孕中期正常胎兒的羊水為研究對象，從Gene Expression Omnibus數據庫中下載正常胎兒AfcfRNA的芯片檢測結果。納入標準：(1)核型分析結果正常；(2)單胎妊娠；(3)羊水采集時間為孕中期(孕13～27周)；(4)檢測平臺為Affymetrix Hum
國際檢驗醫學雜志 2022年1期2022-01-19
- MYC與BCL6蛋白在彌漫性大B細胞淋巴瘤中的病理分析
CL-6 蛋白共表達被稱為雙重表達淋巴瘤，檢出率高于基因分子學定義的雙重打擊淋巴瘤，且免疫組織化學染色法的操作方法簡便、快速可滿足臨床諸多需求[4]。本研究分析在濮陽市安陽地區醫院確診為彌漫性大B 細胞淋巴瘤的患者，測定BCL-6、MYC 蛋白表達在彌漫性大B 細胞淋巴瘤患者中的表達情況，了解并表達彌漫性大B 細胞淋巴瘤患者的臨床病理特征和預后，以期為臨床提供有利參考依據。1 資料與方法1.1 臨床資料選取2017年8月至2021年8月在本院確診為彌漫性大
醫藥與保健 2021年12期2021-12-31
- TTF-1/p40共表達低分化非小細胞肺癌1例并文獻復習
1和p40彌漫共表達低分化NSCLC，并進行二代測序，結合文獻探討其臨床病理學特征、免疫表型、診斷及鑒別診斷等，旨在提高對該類腫瘤的認識水平。1 材料與方法1.1 臨床資料患者女性，58歲，無吸煙史，2019年8月因咳嗽半年余在外院行CT檢查示左上肺占位，考慮肺癌可能；兩肺多發結節、縱隔淋巴結增大，考慮轉移可能。顱腦MRI檢查考慮右側額葉轉移。全身骨掃描考慮T2、T3椎體轉移。行纖維支氣管鏡活檢，病理檢查示非小細胞肺癌(non-small cell lun
臨床與實驗病理學雜志 2021年10期2021-12-13
- 基于lncRNA-mRNA共表達網絡篩選胃癌分期相關的lncRNA*
NA-mRNA共表達網絡，探索與胃癌分期相關的lncRNA及其調控關系，為研究胃癌的進展機制及尋找胃癌治療的潛在靶點提供依據。方法 利用TCGA數據庫，收集胃癌RNA-seq數據及臨床信息數據；采用表達數量性狀位點(eQTL)分析與加權基因共表達網絡分析(WGCNA)相結合的方法，構建lncRNA-mRNA共表達網絡模塊，結合臨床信息篩選與胃癌分期相關的模塊；采用Kruskal-Wallis秩和檢驗篩選模塊內胃癌不同分期差異表達的lncRNA。結果 獲得2
中國衛生統計 2021年5期2021-11-22
- α-1,3-巖藻糖基轉移酶IV在肝癌轉移中的表達及機制研究
中的表達水平和共表達基因，進行KEGG通路富集分析，探究FUT4在肝癌轉移中的表達及機制，以期為肝癌轉移的診斷和治療提供新的思路和依據。材料與方法一、實驗材料(一)細胞 人肝癌細胞MHCC97L、MHCC97H、HCCLM3為本實驗室凍存，復蘇使用；其中MHCC97L為低轉移潛能人肝癌細胞，MHCC97H、HCCLM3為高轉移潛能人肝癌細胞。(二)試劑 TGF-β1(美國R&D公司)，RNA提取試劑盒(廣東廣州美基生物科技有限公司)，逆轉錄試劑盒(美國Th
肝臟 2021年10期2021-11-19
- Genome-wide identification of the aquaporin gene family in wheat and their roles in salt and drought stress response
道蛋白的表達和共表達譜Under conditions of drought stress induced by mannitol (0.18mol/L) expression levels ofTaNIP4;03_3D,TaNIP3;03_6D,TaSIP2;02_4A,TaTIP2;02b_7BandTaNIP1;08_7Din leaves were similar to those under PEG-induced drought stress.
長江大學學報(自科版) 2021年5期2021-11-12
- 淚腺良性淋巴上皮病變基因網絡分析及關鍵樞紐基因鑒定
據，構建了基因共表達網絡，并鑒定其中的關鍵致樞紐病基因，有助于在分子水平上系統全面明確BLEL的發病機制，對BLEL的治療也有一定的啟示作用。1 資料與方法1.1 數據獲取本研究選取了Gene Expression Omnibus(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)數據庫中編號為GSE76497的數據集，該數據集中包括18例BLEL和作為對照的18例眼眶海綿狀血管瘤。該數據集也曾被Adzavon等[2]和Li等[3]用于研究BLEL的發病
腫瘤基礎與臨床 2021年4期2021-08-26
- 高世代回交玉米矮稈種質的轉錄組分析
與糖酵解相關。共表達分析結果表明，編碼果糖-1，6-雙磷酸酶的基因與多個差異表達基因存在功能關聯。該研究結果揭示了玉米矮稈材料中的基因表達調控，為后續玉米株高調控節點的發掘提供了參考。關鍵詞：?矮稈;高世代回交群體;轉錄組測序;共表達;玉米中圖分類號：?S513.035.3??文獻標識碼：?A??文章編號：?1000-4440（2021）02-0280-09Abstract：?Plant height affects plant type and is r
江蘇農業學報 2021年2期2021-06-30
- 全轉錄組測序分析精子發生中RNA結合蛋白質的動態表達
.4 RBPs共表達調控網絡分析：WGCNA(Weighted Gene Co-Expression Network Analysis)稱為加權基因共表達網絡分析，通過計算基因間表達關系鑒定表達模式相似的基因模塊(Module，ME)，位于同一模塊的基因共表達程度較高并且具有相似的調控作用。利用該方法分析RBPs在精子發生中的共表達網絡，算法軟閾值設置為22，其他為默認參數。2 結果2.1 RBPs在精子發生中的階段特異性及動態表達模式目前小鼠物種RBPs
基礎醫學與臨床 2021年6期2021-06-17
- 基于差異共表達分析的肝癌特異性基因的篩選與驗證
用［6］。差異共表達分析（Differential coexpression analysis，DCA）可以作為DEA的補充，通過比較共表達網絡，認為具有強烈改變的連接性的基因在疾病表型中起重要作用。隨著公開轉錄組學研究的快速積累，結合多個轉錄組學研究的共表達分析，可以提供更準確和穩健的結果［7］。本文在Marjan等研究5種人類組織的差異共表達和平均表達水平的混雜效應的基礎上，結合GEO數據庫篩選25個肝組織數據集，根據肝癌發生、發展的3個階段，構建了新
黑龍江大學自然科學學報 2021年1期2021-04-15
- 膽管細胞型肝癌lncRNA-mRNA 共表達網絡的高通量基因芯片篩查分析
篩選分析，構建共表達網絡，獲取與腫瘤相關lncRNAmRNA，為膽管細胞型肝癌的診斷和治療提供依據。1 資料與方法1.1 標本收集選取2017 年1 月—6 月新疆醫科大學附屬腫瘤醫院（以下簡稱“我院”）肝膽外科手術切除的5 例膽管細胞型肝癌新鮮組織標本。標本自手術中離體后立即取樣，注明標識后置入液氮中保存。5 例經病理證實均為膽管細胞型肝癌患者，女3 例，男2 例；年齡37～55 歲，中位年齡45.2 歲；腫瘤均單發，最大徑介于2.2～4.7 cm，平均
中國醫藥導報 2021年3期2021-03-08
- ZnT8在胰腺癌發生和發展中的作用
、拷貝數變化、共表達基因，生存預后情況、以及GO功能富集分析按條目或功能分類，以及構建共表達基因蛋白質互作圖，得到密切相關基因.本研究旨在為探索ZnT8在胰腺癌的疾病發生和發展機制作用方面做基礎工作，探尋其作為胰腺癌預防診斷指標和治療靶點.1 實驗材料與方法本研究選取了TCGA數據庫的胰腺癌泛癌圖譜(Pancreatic Adenocarinoma，PanCancer Atlas)中的184個胰腺癌患者臨床樣本挖掘數據，通過cBioportal(https
南京曉莊學院學報 2021年6期2021-02-28
- 成釉細胞瘤患者lncRNA-mRNA共表達網絡分析及作用研究
NA-mRNA共表達網絡，對異常表達的lncRNA及mRNA進行生物信息學分析，尋找與成釉細胞瘤發生發展相關的靶基因，為成釉細胞瘤的分子機制研究及臨床治療提供理論基礎。1 資料與方法1.1 研究對象本研究所選成釉細胞瘤患者組織芯片表達譜數據集GES38494及GES132472下載自美國國立生物信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)公共數據庫基因表達數據庫(Gene Express
口腔醫學 2020年10期2020-11-12
- p-AXL與c-MYC和/或BCL-2共表達在彌漫大B細胞性淋巴瘤中的臨床意義
CL-2 蛋白共表達的臨床意義，以及p-AXL 與MYC斷裂基因之間的臨床病理聯系。1 材料與方法1.1 選擇入組病例本研究納入2012年至2017年在中山大學附屬第一醫院確診為原發性DLBCL的病例394例，根據以下標準篩選出118 例DLBCL 進行研究。入組標準：明確診斷為DLBCL；年齡＞18 歲；送檢組織直徑＞1 cm。剔除標準：合并其他重大疾病，如惡性腫瘤、艾滋病、移植術后；由其它類型淋巴瘤轉化而來；既往有淋巴瘤病史者。本研究經中山大學附屬第一
中山大學學報(醫學科學版) 2020年4期2020-08-17
- 基于多數據庫分析FAM72A在肝癌中的表達及意義
在肝癌組織中的共表達基因cBioPortal數據庫(cBio Cancer Genomics Portal)是一個可視化、多維度分析癌癥基因組數據網站。整合了miRNA表達、DNA甲基化等多種數據類型。本研究利用其分析TCGA數據庫中FAM72A在肝癌組織中的共表達基因(spearman相關系數的>0.3為正相關，>0.8為高度正相關)。1.6 FAM72A共表達基因的GO富集功能分析及KEGG通路富集分析DAVID數據庫(The Database for
安徽醫科大學學報 2020年7期2020-08-05
- 活動性肺結核患者外周血髓樣樹突狀細胞中BTLA與B7-H4共表達檢測及臨床意義
A及B7-H4共表達情況進行了檢測，分析其與mDC表面成熟標志分子CD83、抗原遞呈分子HLA-DR以及共刺激分子CD86表達的相關性，探究其臨床意義。資料與方法1.研究對象:46例活動性肺結核患者及23例健康對照均來自廣東醫科大學附屬厚街醫院。排除標準：①妊娠;②酗酒;③年齡65歲;④HIV陽性;⑤其他傳染病和慢性疾病(如糖尿病);⑥近1個月內服用激素等治療的患者。根據抗結核藥物治療情況，本研究中將活動性肺結核患者分為抗MTB藥物治療前(prior tr
醫學研究雜志 2020年6期2020-07-03
- 轉錄因子Bach1在小鼠胚胎發育時期的生物信息學分析
5］。加權基因共表達網絡分析（weighted gene co-expression network analysis，WGCNA）是利用基因表達數據構建無標度網絡的系統生物學方法。它能尋找協同基因模塊，探索基因網絡和感興趣的表型之間的關系，以及網絡中的中樞基因。WGCNA 分析方法目前已成為胚胎發育研究領域的一種重要生物信息學分析手段［6-8］。我們在前期研究中發現，Bach1 維持人胚胎干細胞的干細胞特性，通過募集去泛素化酶Usp7 來穩定多能性因子，
復旦學報(醫學版) 2020年3期2020-06-17
- 利用WGCNA鑒定玉米株高和穗位高基因共表達模塊
高和穗位高基因共表達模塊馬 娟 曹言勇 王利鋒 李晶晶 王 浩 范艷萍 李會勇*河南省農業科學院糧食作物研究所, 河南鄭州 450002株高和穗位高是玉米株型的重要影響因子, 與產量性狀緊密相關。加權基因共表達網絡分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)是探索基因網絡與特定性狀間關聯關系的重要方法, 為株高和穗位高相關基因的挖掘提供新途徑。本研究利用鄭58、掖478、昌7-2和黃早四及其
作物學報 2020年3期2020-02-20
- 共表達分子伴侶提高漆酶在畢赤酵母中的分泌
storis中共表達PDI 使重組菌IFNβ-HAS 表達量提高了90%。為提高漆酶的表達水平，作者擬通過表達蛋白質折疊（BIP、ERO1）、囊泡運輸（SEC53、SEC1）、脅迫應激（HAC1、GCN4）等相關6 種分子伴侶，以期提高Cerrenasp. WR1 漆酶在重組P. pastoris中的表達水平。1 材料與方法1.1 材料1.1.1 菌株及質粒Cerrenasp. WR1 來源的漆酶（GeneID：899203）：由南京金斯瑞公司按照P. p
食品與生物技術學報 2019年11期2020-01-19
- 基于角質酶共表達策略的大腸桿菌胞外生產耐高溫α-淀粉酶及其發酵條件優化
有角質酶基因的共表達載體pETDuet-cutinase：均由作者所在實驗室保藏。1.2 試劑與培養基限制性內切酶NcoI 和HindIII、 堿性磷酸酶（CIAP）、瓊脂糖和標準核酸相對分子質量：均購自大連寶生物工程有限公司；質粒小提試劑盒和DNA回收試劑盒：購自田根生化科技有限公司；蛋白質標準相對分子質量和蛋白質電泳試劑盒：購自上海碧云天生物科技有限公司； 異丙基-β-D-硫代半乳糖 苷 （Isopropyl β -D -1 -Thiogalactop
食品與生物技術學報 2019年11期2020-01-19
- 利用加權基因共表達網絡分析構建食管腺癌預后樞紐基因網絡
，通過加權基因共表達網絡分析（weighted gene co-expression network analysis，WGC原NA）研究腫瘤的RNA-seq數據，篩選與預后相關的模塊及樞紐基因，并根據表達譜信息構建多個樞紐基因的共表達網絡關系?，F將結果報道如下。1 資料和方法1.1 數據來源與預處理 9例正常食管組織和78例食管腺癌組織的基因表達數據及臨床預后數據均來源于免費、開源的TCGA數據庫（https://cancergenome.nih.gov
浙江醫學 2019年20期2019-11-16
- 細胞分裂周期蛋白6拷貝數變異與肺腺癌患者預后關系的研究△
CDC6基因的共表達基因的相關性分析采用Spearman相關性分析，以Spearman≥0.3，P＜0.01篩選CDC6基因的共表達基因。采用Kaplan-Meier法繪制生存曲線，生存率的比較采用Log-rank檢驗。使用在線分析軟件DAVID 6.8[10]對差異基因的共表達基因進行GO功能富集分析，使用在線數據庫KOBAS 3.0軟件[9]對差異基因的共表達基因進行KEGG通路分析，GO/KEGG使用超幾何檢驗。以P＜0.05為差異有統計學意義。2
癌癥進展 2019年19期2019-11-08
- 蘇博美利奴羊毛囊發育相關lncRNA與mRNA共表達網絡的構建
NA與mRNA共表達網絡的構建陳華峰1,2，田可川2，黃錫霞1，阿布來提·蘇來曼1，何軍敏3，田月珍2，徐新明2，付雪峰2，趙冰茹4，朱樺1，哈尼克孜·吐拉甫2（1新疆農業大學動物科學學院，烏魯木齊 830052；2新疆畜牧科學院畜牧研究所，烏魯木齊 830011；3甘肅農業大學動物科學技術學院，蘭州 730070；4中國農業大學動物科技學院，北京 100083）【】隨著高通量測序技術的發展和完善，海量的轉錄組測序數據隨之涌現，基因網絡的方法也越來越多被用
中國農業科學 2019年19期2019-10-12
- 基于TCGA數據庫分析TET1在肺腺癌的表達及其相關分析
獲取TET1的共表達基因后，與來源于TCGA和GEO的LUAD數據集所共有的高表達基因（P-value＜0.001，|FoldChange|＞2.02）進行venn圖分析，找出確定的基因組，并將基因組集導入DAVID分析工具［7］進行GO基因集富集分析和通路分析，并使用funrich3.1.3導出效果圖。1.3 統計分析 采用SPSS 20.0統計軟件。生存分析使用Kaplan-Meier和Log-rank檢驗，P＜0.05為差異有統計學意義。其它基因表達
浙江臨床醫學 2019年6期2019-07-30
- 腐敗梭菌α毒素和產氣莢膜梭菌ε毒素的共表達及其免疫效力評價
實驗構建了可以共表達腐敗梭菌α毒素和產氣莢膜梭菌ε毒素的雙基因表達載體，探究了共表達產物的反應原性、毒性和相互作用等生物學特性，并將其制成基因工程滅活疫苗，評價了該疫苗的免疫效力，為羊快疫和腸毒血癥基因工程多聯疫苗的研制提供了試驗基礎。1 材料與方法1.1 實驗材料 腐敗梭菌C55－1株、D型氣莢膜梭菌C60－3株、腐敗梭菌毒素和D型產氣莢膜梭菌毒素及其抗毒素羊血清均由中國獸醫藥品監察所保存，自誘導培養基由中國獸醫藥品監察所配制。pETDuet－1 購自
中國獸藥雜志 2019年2期2019-03-12
- 白蟻及其共生菌來源的4種木質纖維素酶的共表達
木質纖維素酶的共表達杜嬌，姜淑喆，未建華，申玉龍，倪金鳳山東大學 微生物技術國家重點實驗室，山東 青島 266200杜嬌, 姜淑喆, 未建華, 等. 白蟻及其共生菌來源的4種木質纖維素酶的共表達.生物工程學報, 2019, 35(2): 244–253.Du J, Jiang SZ, Wei JH, et al. Co-expression of lignocellulase from termite and their endosymbionts. Ch
生物工程學報 2019年2期2019-02-26
- 基于生物信息學技術探討宮頸癌腫瘤組織中p53突變、共表達網絡及臨床轉歸分析
中p53突變、共表達網絡及臨床轉歸分析趙子騫，梁新苗，張飛躍，趙培慶255036 山東，淄博實驗中學（趙子騫、梁新苗）；255036 山東，淄博市中心醫院婦科（張飛躍），轉化醫學中心（趙培慶）利用生物信息學技術探討 p53 在宮頸癌的突變、共表達網絡及在疾病預后中的預測能力，為宮頸癌的診斷與預后判斷提供一定的理論基礎。利用癌癥基因組圖譜數據庫對靶標分子 p53 進行檢索，發現其突變及可能的作用分子與網絡。p53 基因在宮頸癌中的突變率約為 9%，通過 ST
中國醫藥生物技術 2019年1期2019-02-18
- 與多形性膠質母細胞瘤患者生存期相關的權重基因共表達網絡構建
究采用權重基因共表達網絡（Weighted Gene Co-Expression Network，WGCNA）分析構建了多形性膠質母細胞瘤權重基因共表達網絡，并與患者生存期進行相關性分析，篩選出與生存期顯著相關的共表達模塊，并進一步利用通路富集分析軟件對模塊中的基因進行通路分析，從而為多形性膠質母細胞瘤臨床治療提供參考依據。1 資料與方法1.1 一般資料本研究納入的膠質瘤患者臨床資料和膠質瘤組織RNA測序數據全部從TCGA數據庫獲得。TCGA數據庫共收錄了
中國醫藥科學 2019年24期2019-02-15
- S-亞胺還原酶和葡萄糖脫氫酶共表達系統的構建及手性胺的合成
單質粒雙啟動子共表達系統，并以大腸桿菌為表達宿主實現了輔酶NADPH的再生，以全細胞為催化劑催化手性仲胺的合成。由于很多亞胺在水溶液中不穩定，因此，本研究選取了pH中性條件下在水溶液中幾乎不會水解的亞胺2-甲基吡咯啉（2MPN）為模式底物，檢驗雙酶共表達的全細胞催化劑的反應效率。同時，本研究探究了溫度、pH及有機溶劑對胞內雙酶反應的影響，進一步優化了全細胞雙酶反應的條件，旨為亞胺還原酶高效合成手性胺奠定基礎。1 材料與方法1.1 材料1.1.1 菌種和質粒
生物技術通報 2019年1期2019-01-23
- MYC/Bcl-2蛋白共表達與彌漫性大B細胞淋巴瘤臨床特征的關系及其對預后的影響
過表達則稱為“共表達”，提示更差的預后。而MYC/Bcl-2的共表達與DLBCL預后的關系報道較少。本研究收集武漢大學人民醫院（以下簡稱“我院”）DLBCL患者的臨床資料，結合免疫組化結果，探討MYC/Bcl-2的共表達與彌漫性大B細胞淋巴瘤臨床特征的關系及其對預后的影響，現報道如下：1 資料與方法1.1 一般資料收集2012年1月～2014年1月我院經病理確診的DLBCL的患者共59例。治療前Hans分型參照2008年WHO關于造血與淋巴組織腫瘤分類標準
中國醫藥導報 2018年31期2018-12-20
- 彌漫大B細胞淋巴瘤中MYC和BCL-2蛋白共表達的臨床病理意義
BCL-2蛋白共表達的臨床病理意義胡名娟1*，李國偉1，歐陽小明2(1.廣州市花都區人民醫院病理科，廣東 廣州510800；2.廣州醫科大學附屬第二醫院病理科)目的檢測彌漫大B細胞淋巴瘤(DLBCL)中MYC和BCL-2蛋白表達狀況，探討MYC/BCL-2共表達在DLBCL中的臨床意義和預后評估價值。方法回顧性分析76例確診并采用利妥昔單抗初治的非特指型DLBCL病例的Ann Arbor分期、標準國際預后指數評分(IPI)、免疫組化Hans分型和臨床療效等
中南醫學科學雜志 2017年3期2017-12-25
- 膀胱癌相關lncRNA及其共表達mRNA的初步篩選與功能預測
ncRNA及其共表達mRNA的初步篩選與功能預測舒靜1，黃夢鴿1，田強1，姜源1，陳俊霞2(1西南醫科大學附屬醫院，四川瀘州 646000；2重慶醫科大學)目的 篩選出在膀胱癌組織中特異性表達的長鏈非編碼RNA(lncRNA)及其共表達mRNA，并進行初步驗證及功能預測。方法 采用lncRNA v4.0芯片篩選4對膀胱癌和癌旁組織中lncRNA及其共表達mRNA的差異表達譜，通過聚類分析比較二者表達差異；采用實時熒光定量PCR(qRT-PCR)法對5個異常
山東醫藥 2017年20期2017-07-01
- 兩種半纖維素酶在畢赤酵母中的共表達
與篩選，獲得了共表達菌株GS115/DSB-ManA。其熱穩定性檢測結果表明，該共表達菌株產出的DSB與ManA均有較高的熱穩定性。重組菌株兩種酶的成功表達為復合酶制劑的研究和生產奠定了基礎。關鍵詞：木聚糖酶（DSB）；甘露聚糖酶ManA；畢赤酵母（Pichia pastoris）；共表達中圖分類號：Q19 文獻標識碼：A 文章編號：0439-8114（2017）10-1971-02DOI：10.14088/j.cnki.issn0439-8114.201
湖北農業科學 2017年10期2017-06-22
- 共表達磷脂酶C促進葡萄糖異構酶在大腸桿菌中的胞外表達
214122）共表達磷脂酶C促進葡萄糖異構酶在大腸桿菌中的胞外表達姜 琪， 宿玲恰， 吳 敬， 陳 晟*（食品科學與技術國家重點實驗室，江南大學，江蘇 無錫 214122）磷脂酶C（PLC）能夠水解細胞膜主要成分磷脂，使細胞膜通透性增強，從而能夠釋放出胞內物質。作者構建了PLC與天然胞內定位蛋白葡萄糖異構酶（GI）共表達的重組大腸桿菌，搖瓶發酵胞外上清液中GIC酶活達到3.4 U/mL，占胞外和胞內總酶活的93%，表明GIC成功實現了胞外表達。將胞外上清液
食品與生物技術學報 2017年3期2017-05-03
- PPK和GMAS共表達重組菌株的構建及其在L-茶氨酸合成中的應用
PK和GMAS共表達重組菌株的構建及其在L-茶氨酸合成中的應用李元*，劉珊*，?？≈袊茖W院天津工業生物技術研究所，天津 300308李元, 劉珊, ?？? PPK和GMAS共表達重組菌株的構建及其在L-茶氨酸合成中的應用. 生物工程學報, 2016, 32(12): 1745-1749.Li Y, Liu S, Zhu J. Construction of recombinant strains co-expressing PPK and GMAS fo
生物工程學報 2016年12期2016-12-28
- Ⅰ，Ⅱ期宮頸癌組織HIF-1α與COX-2蛋白共表達對預后的影響及機制*
COX-2蛋白共表達對預后的影響及機制*羅愛華，豐大利，付娟，李欣（三峽大學第二人民醫院暨宜昌市第二人民醫院 腫瘤放化療科，湖北 三峽 443000）目的探討Ⅰ，Ⅱ期宮頸癌組織中HIF-1α與COX-2蛋白的共表達對預后的影響及可能的機制。方法免疫組織化學法分析71例宮頸癌標本的HIF-1α和COX-2的共表達情況；RT-PCR法檢測標本中HIF-1α mRNA和COX-2 mRNA的表達水平。χ2檢驗分析不同表達組患者1、2和3年存活率的差異；采用KM生
中國現代醫學雜志 2016年16期2016-08-29
- 黃色短桿菌ilvN基因定點突變和ilvBN、ilvC串聯表達對L-纈氨酸產量的影響
酸異構還原酶；共表達引 言L-纈氨酸(valine)是一種支鏈氨基酸，廣泛應用于醫藥、食品及調味劑、動物飼料和化妝品等行業[1-3]。目前，發酵法、直接提取法和化學合成法是工業生產L-纈氨酸的3種主要方法[4]。微生物發酵為首選，常用生產菌株主要由棒桿菌和短桿菌選育而來，其中以谷氨酸棒狀桿菌和黃色短桿菌為代表[5]。誘變和代謝工程育種在L-纈氨酸生產菌種選育中最為常用[6]。誘變育種操作簡單，技術要求低，但工作量大、周期長、突變不定向性及副產物雜酸多，提純
化工學報 2016年7期2016-08-06
- 家蠶生物反應器共表達豬α+γ干擾素的生產研究
家蠶生物反應器共表達豬α+γ干擾素的生產研究丁 農， 張金衛， 李江濤， 魚南洋， 馮世民， 沈建華， 徐森華(湖州市農業科學研究院，浙江湖州 313000)近年來，隨著基因工程技術的發展，家蠶生物反應器(家蠶BmNPV桿狀病毒表達載體系統)生產轉基因生物活性物質的良好特性被生物學家所認識，許多基因工程產品通過家蠶這一優良生物反應器得到表達，家蠶生物反應器成為免疫學和基因工程真核生物表達系統等研究領域的重大進展之一[1]。采用家蠶生物反應器技術成功地表達了
安徽農業科學 2016年1期2016-02-26
- 一對2型糖尿病老年雙生子基因表達譜動態變化比較
基因為雙生子的共表達基因，通過FatiGO Compare工具比較兩組共表達基因功能注釋的異同。結果分別篩選到大、小雙的共表達基因473和529個，其中相同的共表達基因功能富集于“T細胞活化調節” 基因本體(GO)類，不同的共表達基因功能差異體現在分子功能調節及刺激反應2個GO類別。結論免疫功能基因的異常表達是該對雙生子T2DM隨病程延長而穩定出現的共性特征。關鍵詞〔〕2型糖尿??；同卵雙生子；共表達基因；基因表達譜中圖分類號〔〕R587.1〔文獻標識碼〕A
中國老年學雜志 2015年5期2015-12-31
- 共表達蛋白質折疊輔助因子對畢赤酵母分泌表達IFNβ-HSA融合蛋白質的影響
。有文獻報道，共表達分子伴侶BiP能夠促進畢赤酵母分泌外源蛋白質[7]；但也有研究表明，BiP的過量共表達會對外源蛋白質表達造成負面影響[8]。分析其原因可能是過表達BiP將導致其輔助分子伴侶Lhs1p或內質網腔內ATP等含量不足，過多的BiP不再能發揮分子伴侶活性，從而使蛋白質進入ERAD途徑而被降解[9-10]。二硫鍵異構酶（PDI）能夠加速對蛋白質的進一步折疊，主要負責二硫鍵的形成和異構化，能夠防止新生多肽多聚體產生，而且能使錯誤折疊的蛋白質重新正確
食品與生物技術學報 2014年12期2014-12-25
- 攜帶pGRIM-19-si-survivin共表達質粒的減毒沙門菌對前列腺癌移植瘤的體內抑制作用*
rvivin 共表達質粒的基礎上，以減毒沙門菌作為運載體，觀察其對裸鼠前列腺癌皮下移植瘤的抑瘤效應，并探討相關機制。材 料 和 方 法1 動物雄性裸鼠，30只，4～6周齡，質量18～20 g，購于中國醫學科學院實驗動物研究所。2 主要材料psi-survivin質粒、psi-scramble質粒、pGRIM-19質粒、pGRIM-19-si-survivin重組質粒和DU145細胞株由吉林大學前列腺疾病防治研究中心饋贈；減毒人傷寒沙門氏菌Ty21a由美國馬
中國病理生理雜志 2014年6期2014-08-08
- Delta-catenin和Rac1蛋白在肺癌組織中共表達的臨床意義
白在肺癌組織中共表達的臨床意義張俊毅1，董彩鳳2（1.赤峰學院醫學院病理教研室；2.赤峰學院附屬醫院呼吸內科，內蒙古 赤峰 024000）張俊毅，男，漢族，1977年3月出生于內蒙古烏蘭察布市商都縣。2000年畢業于內蒙古醫科大學臨床醫學專業，2003-2006年于河北醫科大學攻讀病理學碩士學位，2007-2010年于中國醫科大學攻讀病理學博士學位，2012年9月進入汕頭大學醫學院基礎醫學博士后流動站從事博士后科研工作?，F任赤峰學院醫學院副教授，呼吸內科副
赤峰學院學報·自然科學版 2014年14期2014-07-19
- “雙打擊”B細胞淋巴瘤的研究進展
Bcl-2蛋白共表達(MYC/Bcl-2 protein coexpression)”，其發生率遠遠高于根據分子遺傳學定義的DHL，甚至可以發生在非生發中心來源的DLBCL中，這與傳統意義上的DHL存在本質的區別。對于MYC/Bcl-2蛋白共表達的DLBCL，目前的共識是其預后顯著差于無共表達的DLBCL。在迄今為止樣本量最大的1項研究中，Hu等［15］分析了466例接受R-CHOP方案治療的DLBCL，發現MYC/Bcl-2共表達的發生率為34%，并且具
中國癌癥雜志 2014年10期2014-06-01
- 慢病毒載體系統介導hUC-MSC綠色熒光蛋白和熒光素酶共表達技術體系的建立
熒光素酶基因的共表達，且該雙外源蛋白的共表達對hUC-MSC的生長增殖無顯著影響。慢病毒載體系統介導hUCMSC綠熒光蛋白和熒光素酶共表達技術體系的建立不僅極大地方便了其體內轉歸的示蹤，同時也為基因工程修飾干細胞提供了強有力的手段。材料和方法一、材料1.細胞和質粒：hUC-MSC來源于福州總醫院泌尿外科實驗室干細胞組，取P4代細胞。人胚腎上皮細胞系HEK293T購自美國典型培養物保藏中心（ATCC）。慢病毒表達載體pLEXMCS購自美國Open Biosy
中華細胞與干細胞雜志(電子版) 2013年3期2013-12-06