殘基
- 蛋白質分子機器結構的特性分析及去折疊研究
組成，共有56個殘基。8個殘基與W43形成天然接觸：其中4個殘基（F52、T53、V54和T55）位于相鄰的β折疊中，并與W43的骨架形成天然接觸，而其他4個殘基（L5、F30、K31和M34）與W43的側鏈相互 作 用。在GB1中，殘 基2-19形 成N端β折 疊，殘 基23-36形成α螺旋，殘基42-55形成C端β折疊［13］。2 本文方法2.1 高斯網絡模型在高斯網絡模型中，每個蛋白質的三維結構可以簡化為一個彈性網絡，其中每個氨基酸（殘基）被看作為該
數據采集與處理 2022年5期2022-10-13
- 深度學習幾何約束預測的蛋白質建模方法
技術能夠推斷長程殘基接觸，得分高的殘基對接觸足夠準確且分布良好，能有效的輔助蛋白質折疊.根據兩年一次的蛋白質結構預測關鍵評估(CASP)[11]實驗準則，如果蛋白質序列中兩個殘基Cβ原子(沒有Cβ原子，用Cα代替)之間的歐式距離小于8?(其中?為Angstrom，表示0.1納米，常用于原子間距離描述)，定義為接觸.2012年，深度信念網絡[12，13]被Cheng團隊嘗試用于預測蛋白質殘基間接觸輔助蛋白質三維結構建模，自此深度學習方法在蛋白質結構預測領域大
小型微型計算機系統 2022年9期2022-08-29
- 人分泌型磷脂酶A2-IIA的功能性動力學特征研究*
方法來評價蛋白質殘基對外界微擾的響應程度，該方法已被廣泛應用于識別蛋白質變構調控中潛在的別構位點［9］。另外，蛋白質結構網絡（protein structure network，PSN）方法也被廣泛應用于蛋白質折疊和關鍵位點預測的研究。本研究使用基于結構的模型和方法，包括ENM、PRS和PSN分析了人sPLA2-ⅠⅠA型結構的共享和特異性和動力學與其功能的關系，并識別了關鍵殘基，加深了對酶催化機制的理解。1 研究方法1.1 數據集的建立從Protein D
生物化學與生物物理進展 2022年7期2022-07-25
- 基于彈性網絡模型的蛋白質變構路徑與關鍵殘基識別研究
的變構路徑和關鍵殘基［10-15］。Roy 等［16］運用MD 模擬結合運動相關性分析，對人類鼻病毒（HRⅤ）的變構調控過程進行了研究，他們通過對不同殘基之間徑向運動關聯性的分析，揭示了抗病毒化合物WⅠN 52084 對HRⅤ衣殼蛋白“呼吸”運動的長程變構調控機制。Bowerman 和Wereszczynski［17］基于MD模擬軌跡，利用殘基運動相關性分析、互信息關聯分析以及圖論的方法來識別蛋白質體系的變構網絡，利用該方法他們詳細分析了凝血酶變構位點與催
生物化學與生物物理進展 2022年7期2022-07-25
- 基于各向異性網絡模型研究δ阿片受體的動力學與關鍵殘基*
揭示了鈉離子利用殘基Trp2746.48的獨特構象將信號傳遞到TM5和TM6。MD模擬是一種耗時的方法，特別是對于生物大分子。為了解決這個問題，科學家們提出粗?；Ｐ?。其中，彈性網絡模型（elastic network model，ENM）是研究蛋白質內在動力學和功能相關運動的一種特別有效的模型［10］。高斯網絡模型（Gaussian network model，GNM）［11］和各向異性網絡模型（anisotropic network model，ANM
生物化學與生物物理進展 2022年6期2022-07-21
- 哈茨木霉酸性蛋白酶P6281的結構分析
由386個氨基酸殘基組成，該序列與NCBI的報道相比，僅152位點的R殘基突變為S殘基.在一級結構序列中，1~17位序列為信號肽序列，該序列中富含7個A殘基，占信號肽氨基酸殘基總數41.7%，其切割位點序列為AALA，屬于常見的信號肽切割X-A-X-A類型［8］，這表明P6281的信號肽與絕大多數胞外分泌蛋白的信號肽切割位點一致.18~386 位序列為酶原序列，其中18~65位序列為前導肽，該序列輔助蛋白酶適當折疊，阻礙蛋白底物與酶的底物結合區域結合，抑制
韶關學院學報 2022年6期2022-07-05
- 分子識別特征預測算法特性分析*
s和MoRFs的殘基數分別是≤5和5～25個.Yan等［4］分析了868個完整蛋白質組，結果顯示真核生物有21%的IDRs具有MoRFs，細菌和古細菌有29%的IDRs具有MoRFs.由于SLiMs和MoRFs長度上的差異，所以預測這2類功能域的方法不同.目前SLiMs的預測是基于在一組不同序列中尋找正則表達式的原理來開發算法.MoRFs相比于其他無序區域和結構化區域有其獨特的序列特征，因此，MoRFs的預測可以基于序列進行精確的計算預測.另外，MoRFs
首都師范大學學報（自然科學版） 2022年3期2022-06-13
- 距離約束和二面角優化的蛋白質結構預測方法
-17].尤其是殘基-殘基接觸預測，為蛋白質折疊提供了重要的約束信息，很大程度上彌補了能量函數不精確造成的影響.許多利用殘基-殘基接觸預測蛋白質結構的方法被提出[18-21]，其中CONFOLD[22]將殘基-殘基接觸和二級結構信息轉化為距離、二面角和氫鍵約束，進行蛋白質結構預測.自CASP13以來，基于深度學習的殘基間距離預測迅速成為新的研究熱點[23]，殘基間距離預測描述了殘基對在不同距離區間的概率，相比殘基-殘基接觸包含了更多的幾何約束信息，更有利于
小型微型計算機系統 2022年1期2022-01-21
- 基于L-Metric重疊子圖發現的B細胞表位預測模型
面原子構建氨基酸殘基圖；2）利用馬爾可夫聚類算法（Markov CLustering algorithm，MCL）［13］將氨基酸殘基圖劃分為互不重疊的種子子圖，并利用重疊子圖發現算法對種子子圖擴展以得到重疊子圖；3）利用圖卷積神經網絡（Graph Convolutional neural Network，GCN）［14］和全連接網絡（Fully Connected Network，FCN）［15］構建的分類器對子圖進行分類。1 氨基酸殘基圖的構建本文采用
計算機應用 2021年12期2022-01-05
- Streptomyces sp.DJ菌株產生的角蛋白酶的序列分析
，占肽鏈總氨基酸殘基數83(mol，%)左右，而酸性和堿性氨基酸含量差異不大，都約占肽鏈氨基酸量的17(mol，%)左右。3種角蛋白酶的信號肽切割位點不完全一致(26或34)，3種角蛋白酶的前導肽長度均為71～78 aa，成熟肽長度均為274～278 aa，長度差異較小。2.4 角蛋白酶的同源建模及其二級結構分析利用3種角蛋白酶的保守區域與來自MeiothermustaiwanensisWR-220的角蛋白酶(PDB數據庫code：5WSL.1.A)的氨基
西南農業學報 2021年10期2021-12-14
- 抑制劑8Q9和8QC與bromodomain結構域蛋白4作用機理的分子動力學研究
約140個氨基酸殘基組成.這些結構域存在于46種不同的蛋白質中，并分為8個不同的家族[2，3].BRD具有高度保守的折疊模式，主要由四個反向平行的α-螺旋(αA，αB，αC，αZ)和兩個柔性環(ZA環和BC環)構成[4，5].Bromodomain結構域和末端結構域(bromodomain and extra-terminal domain，BET)家族是八個主要BRD家族的重要組成部分，包含BRD2，BRD3，BRD4和BRDT[6]四個成員.BRD4是
原子與分子物理學報 2021年3期2021-08-16
- PD-1與單克隆抗體殘基特異性結合機制的計算丙氨酸掃描研究
1與PD-L1在殘基水平上的結合機制［17］，將有助于下一代單抗的開發［18，19］.本文利用分子動力學研究了2個單抗（Pembrolizumab和Nivolumab）與PD-1結合的機制.使用計算丙氨酸掃描方法識別了PD-1/mAb復合物中的結合熱點，對mAb和PD-1的結合熱點進行了預測，并對兩個體系熱點的異同進行了分析和討論.1 實驗部分1.1 分子動力學模擬從蛋白質數據庫（PDB）［20］中下載了人源PD-1與抗體復合物（Pembrolizumab
高等學?；瘜W學報 2021年7期2021-07-11
- 水介導的通訊路徑對脂肪酶熱穩定性的影響
，并且蛋白質中的殘基之間和殘基-水之間存在相互作用，因此可以殘基、水為節點，殘基之間及殘基-水的相互作用為邊構成殘基-殘基和殘基-水網絡（簡稱殘基-水全網絡）。將復雜網絡中最短路徑的計算應用在蛋白質網絡中具有重要的作用。Zhang等利用最短路徑找出與脈絡膜新生血管（CNV）相關的候選基因，為治療CNV提供了新的見解[20]。Papaleo等通過詳細分析酶中的最短路徑，從而可更清楚了解酶中殘基之間的通訊[21]。此外，通過計算蛋白質相互作用網絡中的最短路徑，
食品與生物技術學報 2021年5期2021-06-24
- 基于計算機模擬技術分析去氫樅酸作為PI3K/AKT/mTOR信號通路抑制劑的潛力
體重疊的相互作用殘基用紅圈指示。相互作用殘基是否參與配體-蛋白的結合通過可接觸表面積(accessible surface area，ASA)的損失(ΔASA)來衡量，配體與殘基的相互作用越緊密ΔASA越大，一般ΔASA大于10?2可認為該相互作用參與了配體-蛋白的結合[19]。各殘基的ASA通過Accessible Surface Area and Accessibility Calculation for Protein(ver.1.2)(http:/
天然產物研究與開發 2021年4期2021-05-11
- 絲氨酸（S13和S14）殘基側鏈位置特性對模型蛋白Trp?cage折疊的影響
基礎，研究蛋白質殘基間相互作用與其結構折疊形成的關系一直是結構生物學研究重點。蛋白質折疊、穩定以及功能的發揮均與蛋白質結構中關鍵氨基酸殘基密切相關，而這些殘基的缺失或突變替換等都會對蛋白質結構和功能產生顯著破壞。如鐮刀型貧血癥就是由于血紅蛋白（HbA）結構中β 鏈第6 位氨基酸谷氨酸突變為纈氨酸形成了異常的血紅蛋白S（HbS）［1］。p53 是突變頻率最高的一種腫瘤抑制蛋白，其結構中第220 位酪氨酸殘基突變為半胱氨酸會引起結構親水性空腔變大，最終導致p5
生物學雜志 2021年2期2021-04-29
- 酞菁鋅衍生物摻雜人血白蛋白的分子模擬研究
由585個氨基酸殘基組成的單多肽鏈，且僅在其IIA結構域中存在一個特征色氨酸殘基（Trp214）。HSA分子中包含了3個結構相似的結構域：α-螺旋結構域I，II和III（I：1～195；II：196～383；III：384～585）α-螺旋，每個結構域又分別包含了2個由4～6個螺旋結構組成的亞結構域（IA，IB；IIA，IIB；IIIA，IIIB）[4-6]。HSA能夠結合多種光敏劑（PS），如華法令、地高辛、布洛芬、紫紅素18、吩噻嗪和二氫卟吩 p6等，
科學與信息化 2021年8期2021-03-31
- 變式分殘基 重組異構體
過變式拆分成不同殘基，再按一定規律組合的思維方法，可以充分考查學生的化學學科素養和信息加工處理能力.這里殘基是指官能團、烴基等原子或原子團.一、二元取代物由組合法分殘基二元取代物是指兩個烴基或兩個官能團去取代碳鏈或苯環上的氫得到的物質.有兩個支鏈的鏈烴的殘基劃分：剪掉的碳作為這兩個烷基取代基，剩余的碳鏈作主鏈；單環芳烴的殘基劃分：6個碳構成苯環外，其余碳按要求劃分為不同的取代基.二元衍生物直接劃分成兩個官能團和一個烴基.重組的基本思路：先用對稱軸對作為母體
數理化解題研究 2021年4期2021-03-11
- 蛹蟲草飼料添加劑的研究現狀及展望
大量的蛹蟲草培養殘基，其中大部分被丟棄，造成了嚴重的環境污染及資源浪費。蛹蟲草培養殘基營養豐富，是很好的飼料利用資源。近年來蛹蟲草飼料添加劑在動物養殖業中的應用已逐步興起。在畜禽、反芻動物、水產品等的應用均獲得較好的效果。因此，蛹蟲草飼料添加劑在動物養殖業中的應用研究具有積極的意義。本文主要對蛹蟲草飼料添加劑的研究現狀及其在動物養殖中的應用進行綜述及探討，對發展前景進行了展望。1 蛹蟲草飼料添加劑概述蛹蟲草飼料添加劑包括蛹蟲草子實體、蛹蟲草培養殘基、蛹蟲草
微生物學雜志 2021年6期2021-03-07
- G蛋白偶聯受體的共同激活機制
且結構分布較廣的殘基(如Gly和Trp)[27]，或者使用含有19F的分子來反應性地標記事先選定的與激活關系緊密的一兩個Cys位點[28-30]。隨著高場NMR、改進的低溫探針、穩定同位素標記及橫向弛豫優化譜（transverse relaxation-optimized spectroscopy, TROSY）等技術的應用，GPCR的NMR研究取得突破性發展，如鑒定出GPCR存在著多種與功能密切相關的構象狀態，且受激動劑、拮抗劑、別構調節劑和下游效應蛋白
自然雜志 2021年1期2021-02-07
- 菊粉酶降低N-羥乙酰神經氨酸含量機制的分子模擬研究
得底物與酶作用的殘基信息，有助于酶的理性設計和作用機制解析。楊倩等[9]為提高米根霉α-淀粉酶(ROAmy) 的熱穩定性，基于分子動力學模擬結果，對該酶中的3 個氨基酸殘基G128、K269 和G393 進行了突變，獲得了熱穩定性更好的突變體。目前已有X-衍射晶體法和分子動力學模擬對外切菊粉酶作用果糖催化位點解析[10]、同源建模分析菊粉酶功能域和活性位點[11]、菊粉酶對果糖六磷酸和蔗果三糖相互作用模擬的報道[12]。但有關Neu5Gc 與菊粉酶相互作用
核農學報 2020年9期2020-10-09
- 蛋白質殘基相互作用網絡在線服務及可視化分析
.近年來，蛋白質殘基相互作用網絡普遍應用于蛋白質相關問題的研究.該方法中網絡的節點為組成蛋白質的殘基，網絡的邊為非共價鍵殘基相互作用(如范德瓦爾斯和靜電相互作用等)[3].基于蛋白質殘基相互作用網絡，可以進一步利用圖論的方法研究蛋白質結構穩定性[4-5]，蛋白質動力學[6-8]，酶活性和變構調節[9]，信號轉導[10-11]等問題，為解決這些問題提供了一個嶄新的視角.例如，Vendruscolo等人通過蛋白質殘基相互作用網絡的聚類系數(clustering
華中師范大學學報（自然科學版） 2020年2期2020-05-18
- 接觸圖輔助的過程重采樣蛋白質構象空間優化算法
預測的二級結構和殘基接觸[30]轉化成空間約束，然后使用這些空間約束構建蛋白三維結構模型.Filb-Coevo[31]使用殘基接觸圖約束產生高質量的片段庫[32，33]，進而使用片段組裝方法搜索構象.RMA[34]算法在遺傳算法的框架下使用預測的二級結構增強對構象采樣空間的探索.DPDE[35]算法使用距離譜[36]指導差分進化進行蛋白質結構預測.SCDE[37]算法使用基于二級結構和殘基接觸的選擇策略指導構象空間采樣.在進化計算框架下[38-40]，RM
小型微型計算機系統 2020年3期2020-05-12
- 引入序列信息的殘基相互作用網絡比對算法?
網絡、代謝網絡、殘基相互作用網絡、基因表達網絡等[1],已經成為大數據時代生命科學相關研究的重要數據資源.這使得生物網絡比對在近年來成為研究代謝、結構、功能和進化的有效的方法.通過生物網絡比對的方法可以發現兩個或兩個以上相互作用網絡在拓撲和功能上的相似區域,用于研究生物分子的結構和功能,分析生物的進化和演變.通常,功能相似的蛋白質分子具有相似的空間結構,而結構上局部的差異可能會導致其性質的不同,如蛋白質的熱穩定性、親水性、疏水性、耐酸性、耐堿性等[2].殘
軟件學報 2019年11期2019-12-11
- 二硫鍵和Ca2+結合殘基對重組醬油曲霉堿性蛋白酶的影響
鍵和Ca2+結合殘基提高Ap穩定性，為其工業化應用提供依據.1 材料與方法1.1 試驗材料1.1.1 菌株、酶和試劑 野生型Ap的重組工程菌株和Escherichia.coliDH 5α菌株由本實驗室提供；表達載體pPIC9K和畢赤酵母(Pichiapastoris) KM71菌株購自Invitrogen公司.TaKaRa MutanBEST Kit、PCR反應體系、PCR產物回收試劑盒和質粒提取試劑盒等購自寶日醫生物技術(北京)有限公司.其他化學試劑均分
福建農林大學學報（自然科學版） 2019年6期2019-12-04
- 基于殘基-水作用網絡的木聚糖酶耐熱性研究
酸和亮氨酸，這些殘基形成較強的疏水核心，提高了Fe-SOD酶的結構穩定性[10]。另外，還發現耐熱的Fe-SOD酶的平均度、平均連接強度等網絡參數要高于常溫的Fe-SOD酶[11]。Srivastava等通過結合復雜網絡理論和動態研究方法找到了對枯草芽孢桿菌脂肪酶耐熱性影響的重要殘基[12]。Brinda等人也通過網絡的方法發現了耐熱蛋白質網絡與耐溫蛋白質網絡之間的差異[13]。水合作用協助蛋白質內部的共價及非共價相互作用維系了蛋白質結構的穩定[14-17
食品與生物技術學報 2019年9期2019-10-30
- 關于蛋白質二級結構α-螺旋中氫鍵構成的準確表述
3.6 個氨基酸殘基，螺距為0.54 nm，相鄰氨基酸軸向距離為0.15 nm；α-螺旋為右手螺旋，其中每個氨基酸殘基的C=O 上的氧和它前面的第4 個氨基酸殘基的N-H 上的氫形成氫鍵，氫鍵方向和螺旋軸的方向基本一致； 由每一個氫鍵閉合形成的環包含13 個原子， 故α-螺旋又叫3.613-螺旋。在α-螺旋中氨基酸側鏈向外伸展，特征二面角為φ=-57°，ψ=-48°。但是，由于在不同的教材中有關α-螺旋中氫鍵構成的表述有些差異，導致在教學過程中，學生易混淆
生物學通報 2019年5期2019-05-23
- CDC25B與CDK2/Cyclin A蛋白相互作用研究
間參與相互作用的殘基，為新型CDC25B抑制劑的設計提供理論依據。1 材料與方法1.1 蛋白-蛋白對接 蛋白-蛋白對接是基于兩個已知蛋白的三維結構，通過分子模擬方法預測復合物的近天然結構。使用Discovery Studio v3.5中的ZDOCK[3-5]和RDOCK[6]模塊來實現蛋白與蛋白的對接計算。ZDOCK是一種基于快速傅里葉轉化相關性技術的剛性蛋白對接算法。RDOCK是一種基于CHARMm的能量優化過程，用于優化ZDOCK所尋找到的蛋白-蛋白復
天津醫科大學學報 2018年3期2018-05-30
- 識別蛋白質配體綁定殘基的生物計算方法綜述*
一些關鍵的氨基酸殘基形成一個類似口袋的形狀區域，以完成對特定配體的綁定。這些關鍵的氨基酸殘基稱為綁定殘基(位點)。從一個蛋白質識別出綁定殘基，對于理解蛋白質的功能、藥物設計、分析生物分子之間的相互作用、指導相關生化實驗具有重要意義。傳統上，蛋白質與配體的綁定殘基通過生物學實驗來測定，此類方法雖然準確，但存在著諸如耗時、昂貴等問題，遠遠不能滿足后基因組時代蛋白質測序工作飛速發展的要求。據統計，當前已測序的蛋白質中，僅0.6%左右的蛋白質具有配體綁定殘基的生物
數據采集與處理 2018年2期2018-04-13
- 傳染性蛋白的“負面”和“正面”（5）
243 個氨基酸殘基組成。 在血液中，大約95%的ApoA-I 結合在高密度脂蛋白中，其分子構造的80%為α-螺旋，沒有β-折疊。 其余的5%以不結合脂肪分子的形式存在，分子中也有大約60%的肽鏈部分在α-螺旋中，沒有β-折疊。 這部分游離的ApoA-I 分子，特別是其中氨基端的100 個左右的肽鏈部分，易改變折疊情況。 基因突變也會改變ApoA-I 的折疊狀況，形成β-折疊，像Prion 蛋白那樣形成分子聚合物，在身體各處沉積，引起淀粉樣變性病。從患者身
生物學通報 2018年8期2018-03-26
- 北蟲草栽培殘基中主要活性物質含量分析及評價
生產中產生的大量殘基被作為廢物棄掉,不僅造成資源的浪費,對環境也造成一定的影響[8]。隨著北蟲草人工培養產業規模的不斷擴大,對北蟲草栽培殘基如何加工和利用已成為亟待解決的問題[9-10]。本研究對北蟲草栽培殘基中主要營養物質及主要活性成分進行了含量分析及評價，同時對其所含的蟲草素、蟲草多糖含量與子座進行了比對分析，為加長產業鏈條，促進其資源化應用研究提供參考。1 材料與方法1.1 材料1.1.1 樣品 人工栽培北蟲草子座及栽培殘基來源于內蒙古敖漢旗北蟲草種
微生物學雜志 2018年6期2018-02-26
- ZAβ3和Aβ16–40親和作用的分子機理解析
區域和關鍵氨基酸殘基尚不清楚。針對此問題，本研究利用分子動力學模擬、MM-PBSA自由能計算和分解方法研究了ZAβ3-Aβ16–40復合物之間的相互作用機制。結果表明，ZAβ3的β-股和Aβ16–40之間的親和作用占主導，而ZAβ3的α-螺旋貢獻很小。利用分子力學-帕松波爾茨曼溶劑可及化表面積方法(MM-PBSA)自由能分解發現ZAβ3的熱點殘基為E15、I16、V17、Y18、L19、P20、N21和L22，而Aβ16–40的熱點殘基為F19、F20、A
物理化學學報 2017年9期2017-12-21
- 乙酰膽堿酯酶AChE與1，7-二氮雜咔唑抑制劑的作用機理的分子動力學模擬
。分析結果表明,殘基S286與抑制劑之間形成的氫鍵作用有利于抑制劑與AChE之間的結合。范德華相互作用,尤其是抑制劑與關鍵殘基W279和Y334的作用,對抑制劑與AChE之間的結合自由能有較大的貢獻,在區分抑制劑M1（或M2）和M3的生物活性上發揮著重要的作用。阿爾茨海默癥；乙酰膽堿酯酶；1,7-二氮雜咔唑類抑制劑；分子動力學模擬；MM-PBSA眾所周知,世界正面臨老齡化問題,阿爾茨海默?。ˋD）的發病率隨著年齡的增加而顯著增加。阿爾茨海默癥病人的主要表現
無機化學學報 2017年11期2017-11-13
- 基于多特征融合預測蛋白質相互作用界面
據集，蛋白質界面殘基、表面殘基的定義在構建和測試模型過程中使用了三個數據集，Duarte數據集[2]作為主數據集用于構建模型和優化參數，Bernauer[4]和Ponstingl[5]兩個經典數據集作為獨立測試集.核心殘基(Core)位于互作界面中心，主要由疏水性氨基酸構成.核心殘基周圍環繞著一圈殘基，此類型殘基稱之為環繞殘基(Rim).界面殘基、表面殘基、核心殘基與環繞殘基定義采用Proface方式定義[6].1.2傳統特征核心殘基(Core)與環繞殘基
中南民族大學學報（自然科學版） 2017年3期2017-10-18
- 戊乙奎醚光學異構體與毒蕈堿型受體亞型的分子對接研究
修復缺失的氨基酸殘基，加氫和分配電荷，并對局部環區（Loop）進行CHARMm能量最小化處理，以滿足分子對接的要求。2.3 同源建模構建M5受體蛋白M5受體目前暫未有三維結構的報道，但具有眾多的同源蛋白片段的三維結構報道，因此，可采用同源建模的方法獲得M5受體的三維結構。由于M5受體蛋白僅有一級結構的氨基酸序列已知，尚無三維結構的報道，故本文采用蛋白質建模門戶網站（PMP，網址為 http：//www.proteinmodelportal.org）提供的在
中國藥房 2017年25期2017-10-10
- 蛋白質中殘基遠程相互作用預測算法研究綜述
.cn)蛋白質中殘基遠程相互作用預測算法研究綜述張海倉1,2高玉娟3鄧明華3,4,5鄭偉謀6卜東波11(中國科學院計算技術研究所 北京 100190)(中國科學院大學 北京 100049)(北京大學定量生物學中心 北京 100871)(北京大學數學科學學院 北京 100871)(北京大學統計科學中心 北京 100871) (中國科學院理論物理研究所 北京 100190)(zhanghaicang@ict.ac.cn)蛋白質是由多個氨基酸殘基順序連接而成的長
計算機研究與發展 2017年1期2017-02-21
- 分子模擬方法研究四氫化吡啶并[1，2-a]吲哚酮衍生物對GSK3β和CDK5的選擇性
式，結合口袋處的殘基也都根據晶體結構的序列比對相互對應。研究體系的RMSD隨時間的穩定變化，表明模擬體系已達到穩定狀態，因而后續的分析是可靠的。CDK5/抑制劑體系，RMSD在0.15 nm上下波動，CDK5/M1和CDK5/M2骨架輕微波動，稍高于CDK5/M3；而GSK3β體系的RMSD值略高于CDK5體系，在0.17 nm上下波動，GSK3β/M1和GSK3ββ/M2的骨架波動平衡值則稍低于GSK3β/M3?；钚暂^大的抑制劑增強了蛋白骨架整體的“柔性
無機化學學報 2016年11期2016-11-28
- 濃縮乳清蛋白粉成分熒光光譜分析
應的分別是酪氨酸殘基和處于兩種不同環境下的色氨酸殘基。濃縮乳清蛋白粉； 熒光光譜； 成分分析0 引 言濃縮乳清蛋白粉由牛奶乳清通過澄清、超濾、噴霧干燥等技術手段制成，其具有突出的生理功能特性和優質的生物利用價值[1-4]，是生產嬰幼兒配方奶粉、運動營養補劑、中老年營養品等食品的重要原料。原料質量與食品安全息息相關，目前，市場上濃縮乳清蛋白粉多產自國外，導致無法從生產源頭監控其質量，同時由于市場的大量需求，出現了通過摻假(如加入奶精粉、大豆蛋白粉等)獲取暴利
長春工業大學學報 2016年4期2016-10-12
- 同步熒光光譜技術研究膠原基表面活性劑溶液中分子的聚集行為
BS分子中Tyr殘基和Phe殘基隨溫度變化的響應順序。結果表明，CBS分子在261和282 nm處出現了分別歸屬于Phe和Tyr的特征吸收峰。隨著CBS濃度的升高，CBS分子中Phe殘基和Tyr殘基數量逐漸增多使CBS分子聚集程度增加，并導致熒光強度增強；CBS溶液pH值(pH 5.0)在等電點附近時，由于CBS分子的疏水作用和氫鍵形成能力加強，導致CBS分子聚集程度增強；CBS溶液中NaCl濃度的升高，則使CBS分子間排斥力減弱，從而導致CBS分子的聚集
光譜學與光譜分析 2016年1期2016-06-15
- 3MBA類FtsZ蛋白抑制劑的分子動力學模擬及抗菌作用機制
蛋白質構象、關鍵殘基質心距、活性口袋體積以及相對結合自由能的變化規律.研究表明:當不含抑制劑存在時SaFtsZ-GDP二元復合物體系穩定性較差,其T7Loop區域殘基(203-209)波動較大,且蛋白二級結構發生明顯變化,活性口袋體積急劇減小,底物通道顯著變窄且不穩定.而含有抑制劑PC190723、Compound1的類衍生物三元復合物體系的表現截然不同,這主要是由于它們均能和活性口袋T7Loop區周圍殘基形成關鍵性的氫鍵以及疏水作用,與FtsZ蛋白緊密結
物理化學學報 2015年3期2015-12-29
- 羥基苯甲腈類抑制劑與Cdc25B磷酸酯酶相互作用的結合位點殘基觀察
位點loop上兩殘基的磷酸根，進而將其激活［3］。Cdc25B在多種腫瘤細胞如結腸癌、胰腺癌、卵巢癌等過度表達，對腫瘤細胞的發展起促進作用，下調Cdc25B表達會引起腫瘤細胞周期阻滯，抑制腫瘤細胞增殖。因此，Cdc25B已經成為治療癌癥的潛在藥物作用靶點［4，5］。傳統的設計思路是針對Cdc25B的催化活性位點設計抑制劑，但該位點空間體積較小，導致小分子抑制劑設計難度增加。最近研究［6］報道了新型羥基苯甲腈類Cdc25B抑制劑，此類抑制劑并不與Cdc25B
山東醫藥 2015年23期2015-12-02
- 基于支持向量機的蛋白質相互作用界面熱點殘基預測
作用界面中的熱點殘基是局部緊湊地聚集著，而現有的基于機器學習的熱點殘基預測方法僅從目標殘基中提取特征，并沒有考慮目標殘基的局部空間結構信息，以及如何進行特征提取并獲得非冗余的特征子集等問題，為準確識別蛋白質相互作用界面的熱點殘基，提出結合蛋白質相互作用界面殘基的空間鄰近殘基信息提取多類特征，并利用隨機森林來進行特征提取，最后利用支持向量機來預測熱點殘基的方法.計算實驗表明，該預測方法可以有效地用來發現熱點殘基.蛋白質相互作用界面；熱點；支持向量機；隨機森林
天津科技大學學報 2015年2期2015-08-09
- 基于氫氘交換核磁共振技術研究蛋白質與陽離子交換介質的相互作用
).溶菌酶氨基酸殘基核磁共振信號根據與 α位碳相連的酰胺氫 (NH-CαH)來歸屬，并以文獻報道[15]結合生物大分子核磁共振數據庫Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB 4562)為參考。峰強度 (I)通過軟件 Topspin version 3.0標定。為了排除樣品濃度的影響，以不發生氫氘交換的芳香族氨基酸Trp108的 H4-H5相關峰為參考峰，對特征殘基峰的強度進行歸一化處理，如式 (1)：式中Ipeak為
生物工程學報 2014年9期2014-10-31
- 蛋白激酶B結構與功能研究進展
一個保守的蘇氨酸殘基308，該殘基的磷酸化可部分激活PKB［3］.所有PKB 異構體C 端均有一個約40 個氨基酸的延伸片段，該區域含有疏水基序(hydrophobic motif，HM).人體PKB 的HM 序列為:苯丙氨酸/脯氨酸/谷氨酰胺/苯丙氨酸/絲氨酸/酪氨酸.當PKB 的HM發生缺失突變時，Akt 的酶活性會完全喪失.最新的研究表明，HM 對于PKB 的激酶催化活性具有變構調節作用，催化功能域的氨基小葉和αB 螺旋、αC螺旋以及β－5 片狀結構
成都大學學報（自然科學版） 2014年4期2014-08-15
- 隱馬爾科夫模型基于殘基對蛋白質序列的分析
馬爾科夫模型基于殘基對蛋白質序列的分析汪一亭（池州學院 數學與計算機科學系，安徽 池州247000）區分、識別出同源蛋白質序列并揭示不同類型的殘基的研究在生物信息領域具有重要的意義。文章將蛋白質的氨基酸與殘基的序列用隱馬爾科夫模型(HMM)來表示，介紹了一種基于蛋白質殘基來建立隱馬爾科夫模型的思路。接著采用HMM的評估算法對蛋白質同源性進行分類，又由于是將殘基類型作為模型的狀態來考慮，利用HMM的結論可以解碼出最優的殘基序列，從而進一步預測出殘基的類型。結
池州學院學報 2014年3期2014-07-10
- MDM2與抑制劑PDIQ 作用機制的結合自由能計算研究
53的三個疏水性殘基Phe19，Trp23 和Leu26 插入MDM2疏水性裂縫，從而與MDM2 形成疏水性相互作用.用于治療癌癥的藥物基本上都模仿了這個作用模式.幾個課題組設計的肽類抑制劑能與MDM2產生較強的相互作用，擁有納摩爾數量級的抑制效果［3，4］.Phan等人設計合成的肽類抑制劑PDIQ 展現了不錯的抑制效果，其IC50值達到8nM［5］.該結果表明抑制劑PDIQ 對MDM2有很強的抑制效果.故闡明該抑制劑與MDM2的作用機制有助于新型高效抑制
原子與分子物理學報 2014年4期2014-03-20
- 雞卵類黏蛋白結構與性質研究進展
由186個氨基酸殘基組成，其氨基酸殘基序列如圖1所示[10]，其中N末端為丙氨酸殘基，C末端為苯丙氨酸殘基[11]；整個蛋白中親水性殘基約占50.00%，包括天冬氨酸殘基、谷氨酸殘基、蘇氨酸殘基、天冬酰胺殘基、賴氨酸殘基等；疏水性殘基約占32.26%，包括纈氨酸殘基、脯氨酸殘基、酪氨酸殘基、亮氨酸殘基、苯丙氨酸殘基等；但不含色氨酸殘基；其他氨基酸殘基約為17.74%，包括15 個甘氨酸殘基，18 個半胱氨酸殘基，這18 個半胱氨酸殘基兩兩配對形成了9 個二
食品科學 2014年17期2014-01-21
- 凡納濱對蝦過敏原結構與性質的研究進展
一種由兩條氨基酸殘基序列相同的α-螺旋相互纏繞組成的雙亞基棒狀糖蛋白[13-15]，可與肌動蛋白以及肌球蛋白協同完成肌肉收縮動作[16-17]，約占肌原纖維蛋白的5%～8%[18]。該蛋白的每個螺旋亞基分別由284個氨基酸殘基構成，分子 質量 約為 36 ku[15]，其中蛋白部分的分子質量約為32.849 ku，其他部分為糖基，其等電點為pI 4.72[19]，整個 亞基的脂溶指數為79.12，是一種熱穩定性蛋白[20-21]。1.1 原肌球蛋白的一級結
食品科學 2014年9期2014-01-20
- 磷酸三酯酶的同源模建及分子對接理論
重要作用的氨基酸殘基.1 實 驗1.1 理論方法 同源模建采用3D-JIGSAW服務器. 來源于Thermaerobacterm的磷酸三酯酶包含331個殘基(NCBI Reference Sequence: YP_004102636.1 EC 3.1.1.8),通過3D-JIGSAW建模建立其三維結構. 先利用Amber全原子力場和GROMACS4.3.1軟件對其進行分子動力學優化[8],再經過7 ns 分子動力學模擬優化其結構.1.2 分子對接 先在已知
吉林大學學報（理學版） 2013年3期2013-12-03
- 基于高維特征非線性篩選的HLA-A＊0201限制性CTL 表位預測
弱關鍵在于抗原肽殘基與附近HLA-A*0201殘基作用大小;受體HLA-A*0201可認為不變，故抗原肽序列各位點殘基差異導致它們間親和活性不同.2因此，多肽定量序效模型(QSAM)研究在研發肽類新藥特別是抗原肽疫苗方面具廣泛應用前景.多肽QSAM建模的兩個重要內容是回歸模型選擇和其一級結構表征.在回歸模型選擇方面，常用的多元線性回歸、偏最小二乘回歸、神經網絡等存在諸多弊端;3?6而基于結構風險最小的支持向量回歸(SVR)較好地解決了小樣本、非線性、過擬合
物理化學學報 2013年9期2013-09-21
- 蛋白質表面模塊劃分及其在結合位點預測中的應用
究,計算了單體的殘基溶劑可接近表面積和殘基間的接觸面積,并據此提出了蛋白質表面模塊劃分方法.發現模塊的溶劑可接近表面積與其內部接觸面積的乘積(PSAIA)值能夠提供結合位點的信息.在78個雙鏈蛋白質復合物中,有74個體系其受體或配體上具有最大或次大PSAIA值的模塊是界面模塊.將該方法獲得的結合位點信息應用在CAPRI競賽Target 39的復合物結構預測中取得了較好的結果.本文提出的基于模塊的蛋白質結合位點預測方法不同于以殘基為基礎且僅考慮表面殘基的傳統
物理化學學報 2012年11期2012-12-11
- “殘基思想”—推導有限定條件同分異構體的一種有效策略
異構體的方法—“殘基思想”，供同行教學時參考。該法與通常方法比較，有以下優點：①方法單一，便于掌握和應用；②能快速、準確的寫出同分異構體的種數，不會出現重復和遺漏。當然，要掌握和應用好殘基思想，首先必須熟練掌握烷烴和芳香烴的同分異構體的書寫。一、不飽和度不飽和度是有機物分子不飽和程度的量化指標，用希臘字母Ω表示［1］。有機物中的氫原子數與飽和鏈烴中的氫原子數相比，每少兩個氫原子就增加一個不飽和度［2］。其不飽和度的計算公式為［3］：Ω＝碳原子數+1-氫原子
化學教與學 2012年8期2012-07-17
- 1.9 ?分辨率μ-crystallin蛋白晶體結構及其酮亞胺還原酶活性位點分析
少了81-89位殘基的電子密度，CYRM與2I99結構疊合的 RMSD值為 0.78778 ?。人源CRYM結構可分為二聚化結構域和NADPH結合結構域，二聚化結構域包括殘基2-112和296-312。折疊為6個反平行β折疊，3個α螺旋，2個310螺旋，與2I99相比少一個短的β折疊和一個310螺旋，但在βC與βD之間多一個310螺旋(圖1a和圖1b分別為1.9 ?和2.6 ?分辨率的人源CRYM單體結構，輔因子NADPH以棍狀表示，兩個結構的不同之處用圓
核技術 2012年10期2012-03-22
- 含磷酸結合口袋的BRCT結構域功能位點預測
均帶有極性氨基酸殘基, 兩側帶正電荷, 而底部疏水。這說明溝槽與配體的結合以靜電和疏水相互作用為主。溝槽主要位于單個BRCT中，而且4個BRCT的溝槽在形狀和電荷分布上都不同, 說確明BRCT配體特異性主要由單個BRCT決定。磷酸結合口袋位于溝槽中心, 說明溝槽可能同時結合磷酸化殘基的N端和C端附近殘基。BRCT結構域；磷酸結合口袋；DNA損傷修復；表面靜電勢BRCT(BRCA1 C-terminus)結構域最早發現于乳腺癌相關蛋白 BRCA1中, 后來發
Zoological Research 2011年5期2011-12-25
- 基于支持向量機的脂肪酶耐熱序列與嗜熱序列分類研究
序列，即以絲氨酸殘基為中心，周圍有組氨酸和精氨酸/谷氨酸組成電子傳遞鏈的催化系統[1]。微生物脂肪酶最適pH多數在中性范圍內，最適pH范圍與微生物種屬間的關聯并不明顯。與真菌脂肪酶的理化性質相比，細菌脂肪酶的耐熱性較高，而嗜熱脂肪酶序列幾乎都集中于古細菌脂肪酶中[2-3]。在水溶液中，大多數脂肪酶的最適作用溫度為25～35 ℃，而在有機相中，脂肪酶作用溫度可拓寬至0～100 ℃。脂肪酶是一種目前在工業生產中應用最為廣泛的微生物酶之一，應用領域涉及食品工業、
中南大學學報（自然科學版） 2011年9期2011-08-04
- 丙型肝炎病毒高變區1中介導感染的關鍵氨基酸殘基鑒定
，由27個氨基酸殘基組成。HVR1是HCV包膜E2蛋白與B類I型清道夫受體(scavenger receptor class B type I，SR-BI)結合必不可少的功能區域[4]，也是誘導中和抗體及參與HCV免疫逃避的關鍵部位[5,6]。由于HVR1的序列高變，目前尚不清楚其結構與生物學功能的對應關系。HCV假病毒(HCV pseudoviral particle，HCVpp)表面鑲嵌有功能性HCV包膜蛋白，內部的結構蛋白為人類免疫缺陷病毒(huma
微生物與感染 2011年4期2011-01-24
- 蛋白質修正卡方分布函數
識，給出了蛋白質殘基原子與其他原子的接觸距離和接觸數的定義，并根據蛋白質的種類的不同，計算了接觸距離的數學期望和標準差，得到血紅蛋白、激素和肌蛋白殘基的概率分布，構造出類蛋白質ASP殘基接觸數的修正卡方分布函數.蛋白質；殘基；接觸數；卡方分布研究生命科學離不開蛋白質，DNA的生理功能是以蛋白質的形式表達，研究DNA必需研究蛋白質.在新藥物的深入開發，蛋白質工程中，人們經常用統計的方法挖掘蛋白質等生命分子的信息特征. 國內外學者從試驗、理論和計算等方面對蛋白
湖北文理學院學報 2010年11期2010-11-07
- 綿馬貫眾與混亂品的鑒別
的干燥根莖和葉柄殘基。綿馬貫眾主產于黑龍江、吉林、遼寧三省山區，習稱“東北貫眾”。采收加工秋季采挖，削去葉柄、須根，除去泥土，整個或剖成兩瓣，曬干。性狀鑒別呈長倒卵形，稍彎曲，上端鈍圓或截形，下端較尖，有的縱剖為兩半，長10cm～20cm，直徑5cm～8cm。外表黃棕色至黑棕色，密被排列整齊的葉柄殘基及鱗片，并有彎曲的須根。葉柄殘基呈扁圓柱形，略彎曲，表面棕黑色，有縱棱線。質硬而脆，折斷面棕色，有黃白色長圓形點狀維管束5～7～13個，環狀排列。根莖質地堅硬
首都食品與醫藥 2010年19期2010-10-18
- 嗜酸氧化亞鐵硫桿菌的核糖-＊5-磷酸異構酶的同源建模研究
點并隨后被激活;殘基Asp81,Thr31,Lys121,Ser30,Glu103,Asp84,Lys94,Asp118,Lys7,Gly97,Gly29,Gly95, Thr28和H2O對底物綁定或催化起重要作用,其中,Gly97,Gly29,Gly95和Thr28是新識別的殘基,它們在其他生物體的RpiA中相當保守但未被發現。嗜酸氧化亞鐵硫桿菌;核糖-5-磷酸異構酶;結構模型;分子對接;核糖-5-磷酸核糖-5-磷酸異構酶(RpiA)是一個在戊糖途徑和二
中山大學學報(自然科學版)(中英文) 2010年4期2010-09-16