長江口及鄰近海域表層海水細菌多樣性及群落結構＊

劉曉輝 王健鑫 王帥兵 樊英萍 俞凱成 蔣 然 劉明華

(浙江海洋學院海洋微生物分子生態與應用實驗室 舟山 316022)

海洋約占地球表面積的 71%,浩瀚的海洋中有著豐富的生物資源,而海洋微生物以其數量大、種類多、分布廣及適應能力強等特點在其中占據舉足輕重的地位。特定環境下的微生物群落結構不僅可以反映微生物所處的生境特點,同時也能說明微生物在生態系統中的功能及其在生物地球化學循環中所起的作用(Lu et al,2008),因此通過分析自然環境中的細菌群落結構來研究生態學、環境學及全球變化,有著重要的現實意義。

長江是我國第一大河,平均年入海徑流量約9.28×1011m3,占輸入東?？倧搅髁康?4.4%,在陸源物質向東海的輸送中起著重要作用(張東聲,2011)。大量營養鹽、污染物等輸入長江口及東海,對河口和沿岸海域的水文、沉積過程、地貌變化、生物生態等產生重要影響,另外長江口及鄰近海域還受到臺灣暖流、浙江近岸流和黃海沿岸流等水系的共同作用(Ning et al,2011),強烈的季風氣候通過海氣相互作用也影響東海的環流和溫鹽結構,這種多水系的匯合、復雜的水文狀況和日益頻繁的人類活動干擾,使該海域不僅是我國海岸帶陸-海相互作用研究的關鍵水域(寧修仁等,2004),也是典型近岸生態系統研究的重要區域。

近年來,關于長江口及鄰近海域微生物多樣性的研究日益增多,Jiao等(2007)應用16S rRNA基因文庫的方法研究了秋季長江口和東海陸架區的微生物多樣性,劉敏等(2008)采用PCR-DGGE技術對長江口外低氧區的細菌群落組成進行了分析,曾永輝(2008)和潘洛安(2005)也分別研究了長江口及鄰近海域浮游細菌多樣性和分布特征,但總體由于采樣站點、季節、方法的差異,對該海域細菌組成及群落結構仍然缺乏比較全面的認識。

本文采用DAPI染色計數法對長江口及鄰近海域10個站點表層海水中的細菌生物量進行統計,并結合16S rRNA基因克隆文庫法,構建系統發育樹,研究了長江口及鄰近海域細菌群落結構及其多樣性,為了解海洋微生物多樣性提供了分子生物學方面的基礎數據,也為研究海洋細菌與生態系統之間的關系提供一定的參考。

1 材料與方法

1.1 樣品采集

2014年7月,搭乘“浙?？?號”科學考察船,利用 SBE 32型采水器(海鳥公司),在長江口及鄰近海域共采集 10個站點表層海水樣品,其采樣站點分布如圖1所示。

圖1 長江口及鄰近海域采樣站點分布圖Fig.1 The sampling sites of the Changjiang River estuary and adjacent areas

1.1.1 DAPI樣品采集 采集表層(水面下2m)海水30mL,經100μm的篩絹過濾后,分裝至10mL的無菌凍存管中,立即加濃度為 1%的戊二醛固定液進行固定,黑暗固定 15分鐘后放入低溫冰箱的冷凍格(–20°C)中保存。

1.1.2 環境總DNA提取樣品采集 采集表層海水1000mL,裝于滅菌的聚乙烯塑料瓶中。樣品先用100μm的篩絹過濾,再經孔徑為3μm和0.22μm的混合纖維素濾膜(Millipore公司)過濾,將過濾后的0.22μm濾膜放入滅菌的 5mL凍存管中,置?20°C冰箱中保存,航次結束后放置于實驗室?80°C超低溫冰箱中長期保存。

1.2 DAPI染色計數

取1—2mL待測水樣,加入終濃度為10μg/mL的DAPI染色劑,室溫下暗房染色30 min,加入含0.2μm黑色聚碳酸酯膜的過濾器,濾干后取出濾膜,放在干凈的載玻片上展平,在濾膜中間滴一滴香柏油,置于熒光顯微鏡(100倍油鏡)下觀察并隨機選擇10個視野進行計數,只計算清晰可見且為藍光的菌體。根據公式 BN=A×S1/(S2×V)計算每毫升細菌數,其中 BN為每毫升細菌的數量,A為視野中細菌的平均數,S1為濾膜的面積,S2為顯微鏡的視野面積,V為過濾水樣的體積(趙海萍等,2007)。

1.3 環境總DNA提取和16S rDNA擴增

利用 FastPrep快速核酸提取儀(MP Biomedicals公司)和FastDNA spin kit for soil試劑盒進行海水樣品總DNA提取,核酸蛋白檢測儀(Bio-Rad公司)測定DNA濃度和純度,純化后用于PCR擴增。擴增采用引物 341f (5'-CCTACGGGAGGCAGCAG-3')和 907r(5'-CCGTCAATTCCTTTGAGTTT-3')。50 μL 反應體系為: 10×buffer 5 μL,dNTPs 0.5 μL,Primer 341f 1μL,Primer 907r 1 μL,H2O 41 μL,Taq 酶(TaKaRa)0.5 μL,模板DNA 1 μL。PCR擴增條件為: 95°C預變性5 min,94°C 變性 1 min,56°C 退火 30 s,72°C 延伸 2 min,循環35次,最后72°C延伸10 min。

1.4 細菌克隆文庫構建及序列分析

PCR回收產物與pMD-18T vector(TaKaRa公司)在16°C連接過夜,將連接產物轉化到大腸桿菌DH5α感受態細胞(TaKaRa公司),經藍白斑篩選,挑選陽性克隆,重新擴增插入片斷,將含有合適大小插入片段的克隆送蘇州金唯智生物科技有限公司進行測序。獲得序列后,首先利用Usearch軟件(http: //drive5.com/usearch/)去除嵌合體,再應用 BLASTn 程序搜索相似性序列,進行系統發育分析。采用ClustalX (Version 1.8)對序列進行比對分析,通過MEGA 5軟件構建系統發育樹(Kumar et al,2004),采用Neighbor-Joining建樹方法,建樹結果進行 Bootstrap1000次系統檢驗,利用PHYLIP軟件包中DNASIS程序計算距離矩陣,利用 DOTUR軟件將相似性＞97%的序列歸為一個OTU,計算多樣性指數并繪制稀釋曲線(Schloss et al,2005)。

2 結果與分析

2.1 DAPI染色計數

DAPI染色計數結果如表1所示,其中B03站點總菌數(1.48×106cells/mL)最高,其次為 A05站點(1.23×106cells/mL),而 A04 站點的總菌數(1.16×105cells/mL)最低,10個站點的平均值為 4.92×105cells/mL,細菌豐度總體較高,但各站點之間細菌豐度也存在明顯差異,細菌豐度的高值區主要集中于舟山外海一帶,而低值區主要集中于長江口區域,整體變化趨勢為從長江口至外海區域細菌豐度逐漸增加。

2.2 細菌多樣性分析

2.2.1 細菌 16S rDNA 文庫分析 每個站點選取110個左右陽性克隆進行測序,片段長度為 550—700bp;利用 DOTUR軟件,將相似性＞97%的克隆子歸為一個OTU,各站點的克隆文庫基本情況及多樣性指數如表2所示,細菌群落的稀釋曲線如圖2所示。

表2 長江口及鄰近海域表層海水細菌多樣性指數一覽表Tab.2 Bacterial diversity indices of the surface seawater in Changjiang River estuary and adjacent areas

Chao1和ACE指數用于計算群落的物種豐富度,在不同算法的計算下它們有著相同的變化趨勢。由表2可知,豐富度指數Chao 1與ACE指數同時顯示A02站點擁有最高豐富度,C03站點次之,豐富度最低的為C04站點。Shannon和Simposon指數用于計算群落的多樣性,由于計算方法的差異它們在數值上的變化趨勢是相反的,但兩者均顯示 A02站點細菌多樣性最高,C03站點次之,C04站點最低。結合各站點的群落豐富度和多樣性指數,可以看出 A02站點的細菌群落多樣性最高。由稀釋性曲線可知,A02和C03站點的稀釋曲線仍然有上升的趨勢,表明該站點中細菌群落多樣性很高,克隆子數量還未完全覆蓋其多樣性,這與其豐富度和多樣性指數結果是一致的,其余站點的稀釋性曲線均趨于平穩,基本上能反映真實環境中細菌的群落結構情況。

2.2.2 細菌克隆文庫物種類群分析 通過BLASTn搜索相似序列,可將10個站點共1041個克隆子分為 11個細菌門類,分別為變形菌門(Proteobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、放線菌門(Actinobacteria)、藍細菌門(Cyanobacteria)、厚壁菌門(Firmicutes)、綠彎菌門(Chloroflexi)、酸桿菌門(Acidobacteria)、浮霉菌門(Planctomycetes)、纖維桿菌門(Fibrobacteres)、疣微菌門(Verrucomicrobia)和柔膜菌門(Tenericutes),另有 2.02%的細菌分類地位不確定。變形菌門又分為 α-變形菌綱(Alphaproteobacteria)、β-變形菌綱(Betaproteobacteria)、γ-變形菌綱(Gammaproteobacteria)、δ-變形菌綱(Deltaproteobacteria)和ε-變形菌綱(Epsilonproteobacteria)五個綱。各細菌類群在每個站點克隆文庫中的比例如圖3所示。

圖2 十個文庫的稀釋性曲線Fig.2 The rarefaction curve of the 10 clone libraries

圖3 細菌類群在不同采樣點克隆文庫中的比例Fig.3 The ratios of bacterial groups in clone library of different sites

綜合 10個站點文庫的結果可以發現,變形菌門為研究區域中最大的優勢菌群(占 60.61%),其中 α-變形菌占 50.62%,β-變形菌占 4.32%,γ-變形菌占4.13%,δ-變形菌占 1.44%,ε-變形菌占 0.10%;僅次于變形菌門的是擬桿菌門(占15.18%);第三大優勢菌群為放線菌門(占14.79%)。

對各站點文庫進行比較分析,可見除 B03站點外,變形菌門是其余 9個站點文庫的主要優勢類群,其中C04站點文庫比例最高(占90.66%),變形菌門中又以 α-變形菌為主要類群,其余類群(特別是 δ-變形菌和ε-變形菌)所占比例相對較少,ε-變形菌僅在A02站點有發現且含量很低(僅占 0.93%)。作為第二大優勢類群的擬桿菌,僅在B03站點克隆文庫中的含量超過變形菌門(占43.16%),成為該站點文庫的主要類群,其它站點均低于變形菌門。放線菌門在10個站點克隆文庫中均有分布,其中 A02站點放線菌含量最高(占35.51%),與該站點的變形菌門含量相當。

除了A01站點未見相應克隆,藍細菌門在各文庫的分布比較均勻,但含量不高,最高值出現在 C05站點(占12.26%)。浮霉菌門只在A02和C03站點文庫中有分布,并且含量極低(分別為0.93%和0.92%)?？拷L江口的A01和A02站點文庫含有其它站點沒有的厚壁菌門,其含量分別占各自文庫的8.16%和3.74%。綠彎菌門主要分布于A斷面(A01、A02、A03和A04站點),其中 A02文庫中綠彎菌門含量最高(占 3.74%)。柔膜菌門僅出現在 C05站點文庫中,且僅占 0.94%。A04站點文庫含有其它站點文庫沒有的纖維桿菌門(占1.98%)。酸桿菌門和疣微菌門只在 A02站點的克隆文庫中出現,含量分別為2.80%和1.87%。同時分類地位不確定的類群在各站點文庫中都有極少量的分布。

2.3 細菌系統發育分析

2.3.1 變形菌門系統發育分析 使用MEGA5.0軟件,對各站點典型變形菌序列與BLASTn比對相似序列構建系統發育樹(圖4),克隆子相似菌株分離源的分析結果如表3所示。

由系統發育樹和相似序列生境分析結果可知,α-變形菌綱克隆子的相似序列主要來自表層海水、富營養化淡水水域,個別源自深海熱液口;β-變形菌綱克隆子的相似序列主要來自淡水湖泊和海水環境;γ-變形菌綱克隆子的相似序列主要來自表層水體、海洋沉積物和土壤環境;δ-變形菌綱克隆子相似序列的分離源主要是墨西哥灣石油泄漏海區和西班牙海域碳氫化合物污染的沉積物,推測該菌可能與石油烴污染環境相關;ε-變形菌則在水體環境中分布較少,唯一的基因型A02B21與湖泊沉積物中的ε-變形菌同源性達99%。SAR類群是海洋中比較典型的細菌類群,也是影響海洋碳循環的重要因素,由圖表可知,SAR11的相似菌株來自美國普吉特海灣表層海水和墨西哥灣石油污染海域;SAR406的分離源則分別來自沿海表層和深海的海水環境,說明該類群細菌對于壓力、光照等環境具有很強的適應性。

圖4 根據細菌16S rDNA基因序列構建的變形菌系統發育樹Fig.4 The phylogenetic tree of Proteobacteria according to 16S rDNA gene sequences

2.3.2 其它細菌類群系統發育分析 除變形菌門外,各站點其它典型細菌序列與BLASTn比對相似序列所構建的系統發育樹如圖5所示,克隆子相似菌株分離源的分析結果見表4。

由系統發育樹的結果可知,變形菌門以外的其它代表性細菌克隆,其相似序列大多來自海水環境,少數來源于沉積物和淡水環境。其中擬桿菌門(黃桿菌綱)克隆子的相似序列主要來自于河口和海灣等生境;放線菌門、綠彎菌門、厚壁菌門等細菌克隆子的相似菌株則大多來源于受芳香烴、石油、多環芳烴等污染的海域、土壤或沉積物;酸桿菌門克隆子的相似序列來自太湖東北部爆發微囊藻水華的水樣;疣微菌門的相似序列則來自夏威夷群島沿岸海水;藍細菌門克隆子相似序列的分布比較廣泛,主要來自各海域的表層海水;浮霉菌門克隆子相似序列的生境來自西南太平洋勞盆地深海熱液區沉積物;另外分布較少的纖維桿菌門和柔膜菌門,其克隆子相似序列分別來自瑞典爆發水華的淡水湖泊和美國佐治亞州Sapelo島沿岸表層海水。在分類地位不明確的細菌中,基因型B02B83(1個克隆子)、C03B1(4個克隆子)、和C04B90(1個克隆子)在發育樹中處于同一個單獨的分支,其相似序列主要來自我國南海近岸表層海水、阿根廷Espejo湖水以及廣東湛江灣海水。

表3 變形菌克隆子序列比對及相似菌株分離源分析Tab.3 The taxonomic affiliation of Proteobacteria and the closest species origins

3 討論

3.1 長江口及鄰近海域表層海水細菌豐度

從長江口到舟山外海的區域是受人類活動影響最大的區域,每年有著大量的陸源有機物質輸入,而該區域又是臺灣暖流和長江沖淡水交匯的區域(唐曉暉等,2004),復雜的水文地理條件使得該區域的細菌豐度同時受眾多環境因素的影響。趙三軍等(2003)研究發現秋季長江口外海域表層海水的細菌豐度為3.97×105—1.162×106cells/mL 之間,平均值為 7.19×105cells/mL;劉晶晶等(2011)調查了夏季長江口及鄰近海域浮游細菌的數量,結果為 6.92×105—5.54×106cells/mL之間;王新等(2010)對春季東海赤潮高發區的浮游細菌豐度調查結果為 5.85×104—9.26×105cells/mL之間;上述研究結果與本次調查結果(細菌豐度在 1.16×105—1.48×106cells/mL 之間,平均值為 4.92×105cells/mL)都有一定差異,原因主要可能是采樣季節不同以及環境特征的改變。

圖5 根據細菌16S rDNA基因序列構建的其它分支細菌系統發育樹Fig.5 The phylogenetic tree of other bacteria according to 16S rDNA gene sequences

就細菌豐度的空間變化而言,本研究發現細菌豐度分別在A05、B03、C05等靠近外海的站點形成高值區,在相對離岸較近的 A01—A04和 C03—C04站點海域形成低值區,細菌豐度的總體空間變化趨勢是外海較近岸高,其主要原因可能是外海區域的幾個站點位于營養鹽豐富、光照充足的高生產力海域,浮游植物的繁盛促進了細菌的大量生長;相反,在長江口近岸海域,由于水團之間混合所產生的高濁度和低透光率影響了浮游植物生長,從而形成海洋細菌低密度區。季倩(2008)研究認為長江口靠近最大混濁帶異養細菌豐度較低,由長江口向外海其豐度顯著增加;寧修仁等(2004)也認為在長江口及鄰近區域的沖淡水區中部以及沖淡水和海水交匯處是低細菌豐度和活性區域,上述報道與本次的研究結果基本一致。本次研究中B02站點雖然處在A03和C03站點相近經度區域,但細菌生物量處于較高水平,原因可能是 B02站點位于擁有大量天然海藻場和人工貽貝養殖場的枸杞島海域,養殖區域的存在對細菌豐度的影響較大,有研究表明浮游植物和海藻光合作用產物以及部分海藻降解產生的腐殖質促進了浮游細菌的新陳代謝(V?r?s et al,2003),同時貝類養殖的殘餌、糞便所分解的有機質含量較高,在該海域獨特的水文地理條件下可能導致水體中細菌豐度偏高。

表4 其它細菌克隆子序列比對及相似菌株分離源分析Tab.4 The taxonomic affiliation of other bacteria and the closest species origins

3.2 長江口及鄰近海域細菌多樣性及群落結構

近年來國內外有許多針對長江口海域表層海水細菌多樣性及群落結構的相關研究,如李和陽等(2012)研究了長江口典型站位浮游細菌類群的組成特征,結果表明變形菌門(α-,β-和 γ-變形菌綱)為該海域優勢菌群;Feng等(2009)對長江口及鄰近海域海水和沉積物樣品進行較全面的研究,結果顯示變形菌門是該海洋環境中含量最豐富的種類(占克隆數的72.9%),其中α-變形菌綱和γ-變形菌綱為該海域海水中的最大優勢菌群;Sekiguchi等(2002)分析了長江口特定站位細菌的遺傳多樣性,發現優勢菌為 α-變形菌和γ-變形菌。從以上研究結果可以發現變形菌門是長江口及鄰近海域表層海水中的優勢菌群,作者在本實驗中檢測到變形菌門含量達到總克隆數的60.61%,是本次研究海域表層海水中的最大優勢類群,這與以往研究結果基本一致。變形菌門作為本實驗的優勢類群,在長江口及鄰近海域生態系統中發揮著重要作用,尤其是含量豐富、分布廣泛的α-變形菌綱(占總克隆數的50.62%)。目前對α-變形菌的研究發現,其在低價硫化物的轉化過程中起間接作用,常以H2S作為代謝中的電子供體(李濤等,2008);多數α-變形菌還具有廣泛的耐鹽性,并且利用 DOC等碳源的能力很強(Sj?stedt et al,2012)。本實驗中有5個站點的 α-變形菌含量高達 50%以上,說明相應環境特征非常適合該細菌類群的生長,同時也驗證了從長江口到外海區域鹽度和營養鹽急劇變化條件下 α-變形菌仍為本次研究海域的優勢菌群。β-變形菌是世界范圍內淡水湖泊和河口區域的優勢菌群(Mueller-Spitz et al,2009;Cottrell et al,2005),但本次研究中β-變形菌含量僅占總文庫的4.32%,這可能與長江口沖淡水的影響有關。γ-變形菌是海水和沉積物環境中的常見細菌類群,與光能營養、趨堿性、氨氧化和硫降解等過程相關(Bowman et al,2005;Ravenschlag et al,1999),目前較多報道顯示γ-變形菌在沉積物環境中屬于優勢類群(Bowman et al,2003;Inagaki et al,2003),但在海水環境中不是優勢菌群,我們的研究結果也驗證了這一觀點。δ-變形菌常在硫循環以及鐵等金屬的代謝中扮演重要角色(Xu et al,2008),本次研究發現 δ-變形菌克隆與原油泄漏海域的脫硫桿菌相似度高,脫硫桿菌是一種能降解有機物(尤其是石油烴類)的硫酸鹽還原細菌(Musat et al,2009),這預示著 δ-變形菌含量豐富的站點可能受到石油烴的污染。ε-變形菌雖然能廣泛利用環境中的氫、硫化物、硝酸鹽、氧氣等多種物質作為電子受體或供體(Takai et al,2003;Nakagawa et al,2005),但在海水中的分布極少,本次調查也僅在A02站點有發現。

擬桿菌門、放線菌門和藍細菌門是本次研究分布比較廣并且比例也較高的類群。本次實驗發現的擬桿菌主要包括黃桿菌綱和鞘脂桿菌綱兩大類,其中黃桿菌綱與藻類的赤潮和降解過程有關(Abell et al,2005),而鞘脂桿菌綱重要類群為噬胞菌屬(Cytophaga)可以降解纖維素(Li et al,2011),上述擬桿菌門含量較高與該海域初級生產力水平有關。放線菌是一類在海洋中廣泛存在且豐度較高的類群,有研究表明放線菌在有機污染物的降解過程當中起著非常重要的作用(李和陽等,2012),同時被普遍認為是生物活性物質和海洋藥物開發的重要微生物來源(Bull et al,2005),這表明長江口及鄰近海域可能蘊藏著豐富的放線菌及相關生物活性產物資源。藍細菌是廣泛分布于海洋中能進行放氧光合作用的超微型浮游植物(孫晟等,2003),是海洋初級生產力和微食物網中重要的組成成分。而在本次調查中,多個站點均發現藍細菌且其數量不少,可以看出藍細菌對該海域生態系統的穩定性與多樣性有重要意義。

作者在實驗中有發現一些分布范圍和比例都較小的類群,包括厚壁菌門、綠彎菌門、酸桿菌門、浮霉菌門、疣微菌門和纖維桿菌門。厚壁菌門中的芽孢桿菌主要存在于A01和A02站點,Vieira等(2008)指出厚壁菌豐富的地方可能表明附近海區的污染,這可能與A01和A02兩個站點處在近河口位置有關。綠彎菌是除變形菌和硝化螺旋菌外,第三類能通過硝酸鹽的氧化而獲得能量的一類細菌(Sorokin et al,2012),作者發現綠彎菌僅存在于近海區域受陸源輸入影響而營養鹽豐富的幾個站點當中,因此推測綠彎菌傾向于生活在營養鹽豐富的海域中。酸桿菌一般由外界環境所引入,A02站點位于長江口受地表徑流影響較大,檢測到的酸桿菌很可能為陸源菌,另外Barns等(2007)曾報道過酸桿菌門類群多存在于重金屬污染等酸性較強的環境中,這說明長江口區域可能存在一定程度酸化的傾向。浮霉菌門細菌屬于兼性厭氧細菌,并且這類細菌可能與深海有機質的礦化有關(S?rensen et al,2005),本研究結果顯示浮霉菌的相似序列來源于深海熱液區。

3.3 長江口及鄰近海域特殊細菌類群及分布

本次實驗還發現了以往同海域研究中鮮有報道的柔膜菌門和SAR類群。目前關于柔膜菌門的報道并不多,僅侯梅鋒等(2011)在青海湖底泥中有發現,主要是一類耐鹽菌,另有Beazley等(2012)在墨西哥灣原油泄漏的海岸鹽沼中發現大量柔膜菌的存在。本次研究在 C05站點發現少量的柔膜菌門,具體原因不詳。SAR11是最早發現的一類廣泛分布于亞熱帶海域的浮游細菌類群,研究表明SAR11細菌能夠調控海洋中相當數量DOM的流通,在C、N等元素的循環中起著重要的作用(Rappé et al,2002),另外海洋細菌生理代謝機制研究方面的重要發現之一是 SAR11菌群需要外源還原態硫來維持生長(Tripp et al,2008)。對SAR406類群的研究顯示,它是海洋最低含氧帶(Oxygen Minimum Zone,OMZ)中的優勢類群(Wright et al,2012),可能與缺氧環境有關;Crump等(2007)在切薩皮克灣缺氧底層水中發現高豐度的 SAR406類群,類似于 OMZ的細菌群落構成。本次研究發現 A02站點同時有SAR11和SAR406類群的分布,可能與該站點恰好位于長江口外缺氧區,有機質和營養鹽含量豐富有關。

4 結論

本實驗通過DAPI染色計數和構建16S rRNA基因文庫的方法對長江口及鄰近海域10個站點表層海水中細菌的生物量及多樣性進行研究。結果發現長江口及鄰近海域表層海水中細菌的豐度總體較高,但各站點間存在一定差異。海水中細菌類群主要包括變形菌門、擬桿菌門、放線菌門、藍細菌門、厚壁菌門、綠彎菌門、酸桿菌門、浮霉菌門、纖維桿菌門、疣微菌門和柔膜菌門等 11個類群,其中 α-變形菌綱所占比例最高,其次為擬桿菌門和放線菌門,其它類群的分布比例和范圍都較小,同時還發現了廣受關注的SAR類群和海洋環境中少見的柔膜菌門。研究表明某些細菌類群可能成為該海域生態系統受污染的指示生物,此外未確定分類地位的細菌可能是一些未被發現的細菌種類,有待進一步調查研究。以上結果充分說明了長江口及鄰近海域表層海水細菌群落結構具有豐富的多樣性和復雜性。

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