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生物信息學分析






                        

                    

                    

                        
  • 馬鈴薯GA2ox家族基因響應赤霉素（GA）和低溫脅迫表達分析
                                
    成員。生物信息學分析結果顯示，StGA2ox家族基因分為C19和C20 2個家族，其中C19又分為2個亞族，13個StGA2ox基因不均勻得分布于8條染色體上，其中有5對共線性基因對，7號染色體上有3個基因形成1個串聯重復基因簇。此外，StGA2ox啟動子區域存在響應低溫脅迫、植物激素等多種順式作用元件。利用實時熒光定量PCR方法分析外源GA3和低溫脅迫處理條件下StGA2ox表達模式，所有StGA2ox基因均能夠被外源GA3誘導表達，其中StGA2ox2
    
                                
    江蘇農業學報 2023年5期2023-09-19
    
                            
  • 艾草等10種精油植物單萜合成酶生物信息學分析
                                
    成酶；生物信息學分析中圖分類號 Q 946文獻標識碼 A文章編號 0517-6611（2023）15-0088-05doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2023.15.021Bioinformatics Analysis of Monoterpene Synthase in Ten Essential Oil Plants Including Artemisia argyiJING Bing-nian，WEI Lei，XIE Xiao
    
                                
    安徽農業科學 2023年15期2023-08-26
    
                            
  • 灰氈毛忍冬與忍冬HQT2基因的克隆及表達分析
                                
    列進行生物信息學分析；利用實時熒光定量PCR技術（qRT-PCR）分別測定灰氈毛忍冬與忍冬莖、葉及不同花期花中相關基因的相對表達量；采用HPLC 測定綠原酸含量并結合表達量做相關性分析。結果 克隆得到LmHQT2（MH196564）和LjHQT2（MK294639），其開放閱讀框長度均為1 296 bp，編碼431個氨基酸，生物信息學分析預測為親水性蛋白，可能定位于細胞質中，屬于氯霉素乙酰轉移酶樣結構域超家族；qRT-PCR結果顯示，HQT2基因具有組織特
    
                                
    湖南中醫藥大學學報 2023年7期2023-08-14
    
                            
  • 芋淀粉分支酶（SBE）基因的鑒定、生物信息學及表達分析
                                
    支酶；生物信息學分析；表達分析中圖分類號：S632.3 文獻標識碼：A淀粉是高等植物主要的儲存多糖，由直鏈淀粉和支鏈淀粉構成，是人們日常飲食中碳水化合物的主要來源[1-2]。淀粉通常存在于谷類作物和塊莖類作物中， 如水稻（ Oryza sativa ） 、小麥（Triticum aestivum）、玉米（Zea mays）、馬鈴薯（Solanum tuberosum）、木薯（Manihot esculenta）和芋（Colocasia esculenta）
    
                                
    熱帶作物學報 2023年7期2023-08-14
    
                            
  • 鼠源Desmin基因克隆表達及其生物信息學分析
                                
    白進行生物信息學分析?！窘Y果】鼠源Desmin基因長1410 bp，選用pGEX-4T-1載體和pcDNA3.0載體分別成功構建了原核表達載體pGEX-4T-1-Desmin-Flag和真核表達載體pcDNA3.0-Desmin-Flag。原核表達載體pGEX-4T-1-Desmin-Flag轉化大腸桿菌后經IPTG誘導，成功表達出70 kD的融合蛋白Desmin-Flag；真核表達載體pcDNA3.0-Desmin-Flag轉染BHK-21細胞，通過We
    
                                
    南方農業學報 2023年2期2023-07-22
    
                            
  • 早發型子癇前期及晚發型子癇前期關鍵基因鑒定及功能聚類
                                
     通過生物信息學分析出與子癇前期可能相關的重要基因，可以進一步對這些基因在子癇前期的功能進行驗證。關鍵詞：早發型子癇前期，晚發型子癇前期，生物信息學分析子癇前期（PE）是孕產婦及圍產期發病及致死的主要病癥之一。據統計，全球大約每年有50000～60000起子癇前期相關的死亡案例[1]。在子癇前期病例中，胎兒和母親都面臨較差的預后及未來長期高危的心血管疾病和代謝疾病[2～3]。目前研究將子癇前期主要分為早發型子癇前期（EOPE）和晚發型子癇前期（LOPE）。
    
                                
    健康之家 2023年10期2023-06-30
    
                            
  • 基于高通量測序的建蘭轉錄組信息分析
                                
    錄組；生物信息學分析；功能注釋中圖分類號：S 682.31? ?文獻標志碼：A? ?文章編號：0253-2301（2023）03-0001-08DOI： 10.13651/j.cnki.fjnykj.2023.03.001Abstract： In order to obtain the transcriptome group information of Cymbidium ensifolium， the transcriptome sequencing，
    
                                
    福建農業科技 2023年3期2023-06-15
    
                            
  • 猴樟CbMYB308轉錄因子基因克隆及生物信息學分析
                                
    ，進行生物信息學分析。結果表明，克隆得到的序列具有1個942 bp完整的ORF框，編碼313個氨基酸，與沉水樟中收錄的RWR91885.1基因序列一致性達97.29%，系統進化樹的結果表明，猴樟CbMYB308蛋白具有較高的保守性；猴樟CbMYB308蛋白生物信息學分析結果表明，CbMYB308蛋白具有PLN03091家族結構域，為R2R3-MYB型轉錄因子，CbMYB308蛋白化學分子式為C1496H2356N432O489S11，相對分子量34.57 
    
                                
    安徽農學通報 2023年3期2023-05-30
    
                            
  • 陸地棉膜結合脂肪酸去飽和酶基因家族的全基因組鑒定及表達分析
                                
    鑒定；生物信息學分析；基因表達；干旱和鹽脅迫；褪黑素脂肪酸去飽和酶（fatty acid desaturase，FAD）能夠在脂肪酸鏈的特定位置引入雙鍵，是產生不飽和脂肪酸的關鍵酶。植物中的不飽和脂肪酸主要包括油酸、亞油酸、亞麻酸和花生四烯酸等，不僅是儲藏油脂的重要組分，還是植物細胞膜脂的主要成分。FAD包括FAD2、FAD3、FAD4、FAD5、FAD6、FAD7禾口FAD8，其中FAD2和FAD6為-6（也稱A12）去飽和酶，能夠在油酸脂肪酸鏈的A12
    
                                
    山東農業科學 2023年4期2023-05-27
    
                            
  • 心房顫動患者人成纖維細胞的單細胞RNA序列的生物信息學分析
                                
    ?利用生物信息學分析，鑒定出FN1、TIMP1、LAMB1、FBN1、C3、VCAN在內的基因及黏著斑、細胞外基質-受體相互作用、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白酶信號通路和轉化生長因子-β信號通路可能是AF誘導的人心房成纖維細胞促纖維化重塑的重要分子機制。[關鍵詞]?心房顫動；單細胞RNA序列；人心房成纖維細胞；生物信息學分析[中圖分類號]?R541.7??????[文獻標識碼]?A??????[DOI]?10.3969/j.issn.1673-9701.2023
    
                                
    中國現代醫生 2023年9期2023-05-26
    
                            
  • 猴樟CbP5CR基因克隆及生物信息學分析
                                
    ，進行生物信息學分析。結果表明，克隆得到的序列具有一個810 bp完整的ORF框，編碼269個氨基酸，與沉水樟中收錄的RWR74447.1基因序列一致性達98.88%，系統進化樹的結果表明，猴樟CbP5CR蛋白具有較高的保守性；猴樟CbP5CR蛋白生物信息學分析結果表明，CbP5CR蛋白具有PLN02688家族結構域，CbP5CR蛋白化學分子式為C1242H2015N345O375S7，相對分子量28.01 kD，理論等電點7.03，結構穩定，不存在氨基酸
    
                                
    安徽農學通報 2023年4期2023-05-18
    
                            
  • 基于轉錄組的番荔枝ARF基因家族鑒定及其在花發育中的表達分析
                                
    因子；生物信息學分析；花發育；表達分析中圖分類號：S667.9 文獻標識碼：A番荔枝（Annona squamosa L.），也稱為釋迦果，屬番荔枝科植物，是熱帶、亞熱帶地區的著名水果，分布于福建、廣西、廣東、海南、云南等地[1]。由于番荔枝的葉柄抱嵌著葉芽，所以葉片不脫落，葉芽則無法萌發[2-3]。番荔枝的花具有雌雄異熟且雌蕊先熟的特點，常常出現花發育異常和畸形花現象，導致“花而不實”、結果率低等問題，從而限制了番荔枝產業的發展[4-6]。生長素響應因子
    
                                
    熱帶作物學報 2023年4期2023-05-16
    
                            
  • 亞麻FAD基因家族的生物信息學鑒定分析
                                
    家族；生物信息學分析中圖分類號：S565.9? ? ? ? ? ? ? ? 文獻標志碼：A? ? ? ? ? ? ? ? 文章編號：2097-2172（2023）03-0246-08doi：10.3969/j.issn.2097-2172.2023.03.011Abstract： Unsaturated fatty acids provide the human body with the energy necessary for basic metabo
    
                                
    甘肅農業科技 2023年3期2023-04-20
    
                            
  • 白菜bZIP轉錄因子基因家族應答春化反應關鍵基因表達分析
                                
    ，通過生物信息學分析技術，鑒定全基因組的 BrbZIP 基因家族成員，并對其染色體分布、進化關系、表達模式及其應答春化反應等進行了分析。白菜bZIP轉錄因子基因家族共有118個成員，在染色體上不均等分布。白菜組織轉錄組分析結果顯示，大部分 BrbZIP 基因在根、莖、葉、花及莢中均有較高的表達豐度，且具有組織表達特異性;春化反應轉錄組、熒光定量PCR及相關基因互作網絡分析結果表明，白菜 bZIP 基因家族中應答春化反應相關基因上調與下調表達基因數量差異不大
    
                                
    江蘇農業學報 2022年3期2022-07-16
    
                            
  • 陸川豬CSRP3基因克隆及其組織表達差異分析
                                
    克隆;生物信息學分析中圖分類號： S828.89? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻標志碼： A 文章編號：2095-1191（2022）04-0977-08Cloning and differential expression analysis of CSRP3 genein Luchuan pigCHEN Yun1， PAN Peng-cheng2， CHEN Zhao2， JIANG Chang-jin1， GUAN Zhi-hui2，CHE
    
                                
    南方農業學報 2022年4期2022-07-14
    
                            
  • 小麥肉桂醇脫氫酶基因（TaCAD1）全長cDNA序列及生物信息學分析
                                
    列進行生物信息學分析。結果表明：TaCAD1基因cDNA序列全長1311bp，包含1個長度為1083bp的開放閱讀框（ORF），編碼360個氨基酸。TaCAD1蛋白等電點（pI）為5.74，分子量為38625.45 Da，其不穩定系數為23.91，屬于穩定蛋白質。推導的TaCAD1蛋白為疏水性蛋白，不存在跨膜區，可能位于細胞質內，該蛋白的二級結構元件主要為無規卷曲。TaCAD1蛋白在進化過程中較為保守，與節節麥、大麥、高羊茅、黑麥草、短花藥野生稻CAD蛋白
    
                                
    安徽農學通報 2022年11期2022-07-13
    
                            
  • 馬尾松R2R3-MYB基因特征及進化和表達分析
                                
    B， 生物信息學分析， 非生物脅迫， 基因表達中圖分類號：? Q943文獻標識碼：? A文章編號：? 1000-3142（2022）04-0580-15Characteristics， evolutionary and expression analysis?of R2R3-MYB genes in Pinus massonianaSUN Shuang HU Ying LU Jingyu YANG Zhangqi CHEN Hu（ 1.? Engineer
    
                                
    廣西植物 2022年4期2022-05-13
    
                            
  • 玉米ZmMYB2基因的克隆及表達分析
                                
    并進行生物信息學分析，探究該基因在脅迫條件下的表達。該基因開放閱讀框長1233bp，編碼410個氨基酸，具有多個MYB轉錄因子結合位點，為MYB轉錄因子。經生物信息學分析推測ZmMYB2蛋白分子量為46.08kDa，等電點為6.38，屬于親水性酸性非分泌蛋白，具有2個MYB保守結構域，定位在細胞核內，與高粱、南荻的親緣關系較近。qRT-PCR結果表明，該基因在玉米葉片中的表達量最高，具有組織特異性，且能響應干旱和鹽等非生物脅迫。初步判斷該基因對玉米的非生物
    
                                
    山東農業科學 2022年3期2022-04-27
    
                            
  • 綿羊KCNH1基因的生物信息學分析
                                
    其進行生物信息學分析，以初步了解其結構和生物學功能。結果表明，綿羊KCNH1基因所含最大長度序列為2 961 bp，且編碼986個氨基酸殘基。KCNH1基因編碼的蛋白質分子式為C4972H7816N1342O1447S40，其蛋白分子質量為110 827.28 KDa，理論等電點（pI）為7.52。亞細胞定位結果表明其編碼產物主要可能定位于質膜（43.5%），其次為內質網 （34.8%），屬于非分泌蛋白。KCNH1蛋白質中不存在信號肽序列，但存在5段跨膜結
    
                                
    甘肅農業科技 2022年3期2022-04-18
    
                            
  • 綿羊HMGA1基因的生物信息學分析
                                
    進行了生物信息學分析。結果顯示，綿羊HMGA1基因編碼152個氨基酸殘基，其編碼的蛋白質分子式為C443H759N151O151S1，分子質量為10.648 35 kDa，等電點pI為10.31。綿羊HMGA1蛋白為不穩定蛋白、親水性蛋白、非分泌蛋白且無信號肽序列和跨膜結構;亞細胞定位主要存在于細胞核（95.7%）。綿羊與牛的HMGA1蛋白相似度為100%。其二級結構和三級結構主要以無規卷曲組成。關鍵詞：綿羊;HMGA1基因;生物信息學分析中圖分類號：S8
    
                                
    甘肅農業科技 2022年2期2022-03-23
    
                            
  • 香石竹DcSKP1基因克隆及表達分析
                                
    裂， 生物信息學分析， 基因表達分析中圖分類號：? Q943文獻標識碼：? A文章編號：? 1000-3142（2022）02-0286-08Clone and expression analysis of DcSKP1 in Dianthus caryophyllusZHOU Xuhong1，2， ZHAO Xueyan3， YANG Xiaomi2， WU Xuewei3， QU Suping1*（ 1. Flower Research Institu
    
                                
    廣西植物 2022年2期2022-03-16
    
                            
  • ７個桑樹ＡＰ２／ＥＲＦ轉錄因子的生物信息學及表達分析
                                
    F7。生物信息學分析結果表明，這7個AP2/ERF蛋白都屬于不穩定蛋白，且均屬于親水性蛋白，二級結構以無規則卷曲為主，亞細胞定位顯示主要位于細胞核中。氨基酸序列比對及進化樹分析發現，這7個AP2/ERF轉錄因子均含有1個保守AP2結構域，其中MnAP2/ERF1～MnAP2/ERF4屬于ERF亞家族，MnAP2/ERF5～MnAP2/ERF7屬于DREB亞家族。熒光定量分析顯示，NaCl、PEG6000、水淹脅迫可誘導7個桑樹AP2/ERF基因上調表達，其
    
                                
    山東農業科學 2022年1期2022-03-01
    
                            
  • 黃獨赤霉素受體基因DbGID1s克隆及生物信息學分析
                                
    克隆;生物信息學分析中圖分類號： S567.239 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?文獻標志碼： A 文章編號：2095-1191（2021）08-2053-08Cloning and bioinformatics analysis of gibberellin insensitive dwarf1 gene DbGID1s in ?Dioscorea bulbiferasTANG Wen-fang， XU Sheng-sheng， LO
    
                                
    南方農業學報 2021年8期2021-12-15
    
                            
  • 基于BSR-Seq對甘蔗脫葉性的研究和生物信息學分析
                                
    脫葉;生物信息學分析中圖分類號：S566.1? ? ? 文獻標識碼：ABioinformatic Analysis and Identification of Genes Contributing to Sugarcane Defoliation via BSR-SeqYUE Qu1， SHANG Heyang1， ZHANG Pin2， CHEN Baoshan1，3*， HUANG Youzong1，3*1. College of Agricultur
    
                                
    熱帶作物學報 2021年10期2021-12-08
    
                            
  • 3個澳洲堅果MYB蛋白靶基因的克隆與生物信息學分析
                                
    并利用生物信息學分析這些基因編碼蛋白質的同源性、系統進化、理化性質、亞細胞定位、跨膜域和信號肽?！窘Y果】獲得了3個新的澳洲堅果MYB蛋白靶基因MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3，GenBank登錄號分別為MT319120、MT319121和MT319122。MiTOM1、MiTOM2和MiTOM3都包含典型結構域VHS-ENTH-ANTH，與其它植物來源的TOM蛋白具有極高的序列相似度，與荷花TOM蛋白（XP_010260421.1、XP_01024
    
                                
    農業研究與應用 2021年4期2021-11-12
    
                            
  • 中華獼猴桃WOX轉錄因子的生物信息學分析
                                
    詳細的生物信息學分析。結果表明：（1）中華獼猴WOX轉錄因子的所有蛋白成員的氨基酸數目在138～371之間，分子量為16.222～42.185 kD，均定位于細胞核的不穩定親水蛋白。（2）中華獼猴桃的16個WOX蛋白成員均屬于Homodomain超家族，僅Achn362451是分泌蛋白，且僅Achn362451和Achn141001具有跨膜區。（3）大部分WOX蛋白成員的潛在磷酸化位點都位于絲氨酸處。（4）其二級結構主要以無規則卷曲為主，其次為α-螺旋。（
    
                                
    廣西植物 2021年9期2021-10-16
    
                            
  • 番茄?擬南芥 PREs 及水稻 ILIs 基因生物信息學分析
                                
    Es;生物信息學分析中圖分類號 Q 812? 文獻標識碼 A文章編號 0517-6611（2021）18-0099-06doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.18.025開放科學（資源服務）標識碼（OSID）：Bioinformatics Analysis of Tomato，Arabidopsis PREs and Rice ILIs GenesGUO Peng-yu，YANG Zhi-jie （Bioengineering
    
                                
    安徽農業科學 2021年18期2021-09-27
    
                            
  • 香蕉TGA轉錄因子家族的鑒定及枯萎病菌脅迫下的表達分析
                                
    員進行生物信息學分析。共鑒定得到9個香蕉TGA家族成員，分別命名為MaTGA1～MaTGA9;香蕉TGA家族蛋白富含酸性氨基酸，大部分蛋白以α螺旋為主;亞細胞定位主要在細胞核內。進化樹分析表明，香蕉MaTGA轉錄因子家族的9個成員可分為Class Ⅰ和Class Ⅱ兩類，基因結構及功能結構域的分布情況也呈現出高度一致。進一步通過RT-qPCR分析發現，MaTGA2、MaTGA3和MaTGA8在香蕉枯萎病菌侵染后的‘威廉斯（易感?。┘啊咸禳S（抗?。┲芯@著
    
                                
    熱帶作物學報 2021年8期2021-09-14
    
                            
  • 小麥NPR1基因家族鑒定及其表達分析
                                
    鑒定;生物信息學分析;表達分析中圖分類號： S512.103.53? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻標志碼： A 文章編號：2095-1191（2021）09-2339-11Genome-wide identification and expression analysis ofwheat NPR1 gene familyLI Ya-qian1，2， WANG Lin1，2， SONG Jing-han1，2， NIU Hong-li
    
                                
    南方農業學報 2021年9期2021-09-13
    
                            
  • 一株具有滑行能力的革蘭氏陰性細菌的遺傳操作體系構建
                                
    成酶;生物信息學分析;接合轉移   微生物來源的天然藥物及其衍生物在對抗微生物感染中占據著很大的比例1。微生物在長期進化中保留下來的抗生素具有很強的靶位點特異性和很高的生物活性2。近年來，抗生素的普遍使用在全球范圍內導致一些具有抗生素抗藥性的人類致病菌的產生，給臨床治療帶來了新的挑戰3。而新批準的抗生素大部分具有與原有抗生素相似的骨架結構，極易造成靶向致病菌再次培育完善的抗藥機制以及抗生素的二次失效。較有名的實例包括ceftobiprole、daptomy
    
                                
    客聯 2021年5期2021-09-10
    
                            
  • 羅氏沼蝦淀粉酶基因克隆及其表達規律分析
                                
    件進行生物信息學分析，應用實時熒光定量PCR檢測AMY基因在羅氏沼蝦不同組織（腹神經節、胃、心臟、鰓組織、性腺、肝胰腺、肌肉和腸道）中的表達情況，并明確其在生長快速家系（FG）和生長慢速家系（SG）個體肌肉中的表達模式?！窘Y果】羅氏沼蝦AMY基因CDS序列全長2121 bp，共編碼706個氨基酸殘基;其編碼蛋白分子量為76.87 kD，理論等電點（pI）為4.63，屬于不穩定的親水性蛋白，包含2個典型的淀粉酶結構域;在羅氏沼蝦AMY蛋白二級結構中，α-螺旋
    
                                
    南方農業學報 2021年5期2021-09-08
    
                            
  • 櫻桃查爾酮合成酶獵pCHS2基因的克隆及序列分析
                                
    克隆;生物信息學分析中圖分類號：S662.5文獻標識碼：A文章編號：1008-0457（2021）03-0001-06國際DOI編碼：10.15958/j.cnki.sdnyswxb.2021.03.001Cloning and Sequence Analysis of CpCHS2 Gene in Cerasus PseudocerasusLI Xiaorong，QIAO Guang*，JIANG Yuwen（College of Life Scienc
    
                                
    山地農業生物學報 2021年3期2021-09-05
    
                            
  • 三七PnAAE41基因的克隆、表達分析及原核表達
                                
    成酶;生物信息學分析;時空表達;原核表達中圖分類號：S567.23+6????? 文獻標識碼：AClone and Prokaryotic Expression Analysis of Acyl-activating Enzyme Gene from Panax notoginsengYAN Jing1，2，3， XIANG Guisheng1，2， FENG Lei1，2，3， YANG Mei3， GUO Min3， ZHANG Guanghui1，2
    
                                
    熱帶作物學報 2021年7期2021-08-26
    
                            
  • 菠蘿NAC轉錄因子基因AcoNAC1生物信息學及表達分析
                                
    分析。生物信息學分析表明，該基因cDNA序列全長1723 bp，ORF為1062 bp，編碼353個氨基酸，相對分子量為38.34 kDa，理論等電點為8.88;其編碼蛋白的二級結構由20.40%的α-螺旋（H）和15.30%的β-折疊（E）以及59.21%的無規則卷曲（C）組成，具有NAC典型結構保守域?；虮磉_分析表明，AcoNAC1基因的表達受低溫和干旱脅迫誘導，低溫脅迫24 h和干旱脅迫12 h時的表達量最高;在不同成熟期品種中表現出持續的誘導表達
    
                                
    熱帶作物學報 2021年2期2021-08-06
    
                            
  • 隆林山羊CIDEc基因的克隆及組織表達分析
                                
    件進行生物信息學分析，并利用實時熒光定量PCR檢測CIDEc基因在隆林山羊和努比亞山羊不同組織器官中的表達情況?！窘Y果】隆林山羊CIDEc基因CDS序列全長為741 bp，共編碼244個氨基酸殘基，其編碼蛋白分子量26.09 kD，不穩定系數48.44，脂肪指數100.7，理論等電點（pI）5.28，屬于酸性蛋白，不存在跨膜結構，親水性較強。隆林山羊CIDEc基因CDS序列與NCBI已公布的山羊CIDEc基因（XM_018038446.1）CDS序列相對比
    
                                
    南方農業學報 2021年4期2021-08-03
    
                            
  • 番茄匍柄霉SlCmr1基因克隆及其敲除載體的構建
                                
    白進行生物信息學分析。利用SlCmr1基因上、下游1100 bp左右的序列設計引物，分別PCR擴增SlCmr1基因的上、下游片段，通過酶切連接的方法將SlCmr1基因的上、下游序列分別插入載體pCX62，構建SlCmr1基因敲除載體?！窘Y果】SlCmr1基因的DNA全長為3275 bp，CDS長度為3018 bp，有3個內含子，編碼蛋白序列全長1005 aa，分子式為C4882H7642N1404O1499S61，分子量為111.94 kD，理論等電點為（
    
                                
    南方農業學報 2021年4期2021-08-03
    
                            
  • 茶樹CsMAPKK3基因克隆及表達分析
                                
    其進行生物信息學分析，并采用實時熒光定量PCR（qRT-PCR）檢測其在不同組織及逆境脅迫下的表達情況?！窘Y果】克隆獲得的CsMAPKK3基因（GenBank登錄號：AUD40506.1）cDNA序列全長1941 bp，包含完整開放閱讀框（ORF），長度為1557 bp，編碼518個氨基酸殘基，蛋白相對分子量為57.52 kD，理論等電點（pI）為5.39，為無跨膜螺旋結構和信號肽的不穩定蛋白，含有多個磷酸化位點，定位于細胞質和細胞核中，屬于PKc類型的M
    
                                
    南方農業學報 2021年3期2021-08-02
    
                            
  • 茶樹CsMAPKK3基因克隆及表達分析
                                
    其進行生物信息學分析，并采用實時熒光定量PCR（qRT-PCR）檢測其在不同組織及逆境脅迫下的表達情況?！窘Y果】克隆獲得的CsMAPKK3基因（GenBank登錄號：AUD40506.1）cDNA序列全長1941 bp，包含完整開放閱讀框（ORF），長度為1557 bp，編碼518個氨基酸殘基，蛋白相對分子量為57.52 kD，理論等電點（pI）為5.39，為無跨膜螺旋結構和信號肽的不穩定蛋白，含有多個磷酸化位點，定位于細胞質和細胞核中，屬于PKc類型的M
    
                                
    南方農業學報 2021年3期2021-08-02
    
                            
  • 甘蔗丙二烯氧化物環化酶基因（ScAOC）的克隆與表達分析
                                
    Da。生物信息學分析結果顯示，ScAOC蛋白屬于不穩定堿性親水蛋白，含有1個Allene_ox_cyc Superfamily的PLN02343 domain的保守結構域;構建系統進化樹，結果顯示ScAOC蛋白與高粱的蛋白具有較高的同源性。熒光定量PCR結果顯示，ScAOC基因在甘蔗的根、莖、葉中均有表達，表達量從高到低依次是葉、根、莖。在PEG、NaCl及外源MeJA脅迫下，ScAOC基因相對表達量都是先上升后下降，而ABA對ScAOC的表達有一定的抑制
    
                                
    熱帶作物學報 2021年5期2021-07-20
    
                            
  • 羅布麻CesA基因家族的生物信息學分析
                                
    文通過生物信息學分析方法，從基因家族鑒定、結構分析、蛋白理化性質與多級結構預測、亞細胞定位、信號肽、進化關系和順式作用元件等方面，對羅布麻CesA基因家族進行系統鑒定和分子特征分析。結果表明：基于全基因組測序，羅布麻CesA基因家族鑒定含有15個成員，分布在羅布麻11條染色體中的8條上，其編碼蛋白的氨基酸數量為730～1 158，相對分子質量81 280.81～130 123.18 kDa，理論等電點6.18～8.83。除了AvCesA3、AvCesA5、
    
                                
    廣西植物 2021年4期2021-06-29
    
                            
  • 太子參谷胱甘肽S轉移酶基因家族生物信息學及表達分析
                                
    族， 生物信息學分析， 表達分析中圖分類號：?Q941文獻標識碼：?A文章編號：?1000-3142（2021）04-0535-11Abstract：?GSTs （glutathione-S-transferases） is a multi-functional protease commonly existing in plants and encoded by multi-gene family. In order to study the poten
    
                                
    廣西植物 2021年4期2021-06-29
    
                            
  • SMARCAD1對胃癌患者的預后價值及其功能的生物信息學分析
                                
    ：利用生物信息學分析SMARCAD1與胃癌患者預后之間的關系，并預測其是否參與胃癌的發生發展及其所涉及的功能。方法：從GEO數據庫中下載表達譜基因芯片數據GSE84437（包含433例胃癌樣本），利用R編程軟件分析繪制患者的生存曲線并篩選出SMARCAD1差異表達的樣本，獲得其中差異表達基因且繪制出聚類分析熱圖和火山圖;利用METASCAPE進行GO功能富集;利用STRING構建目的基因蛋白互作網絡。結果：通過R編程軟件分析高表達SMARCAD1的患者總體
    
                                
    中國典型病例大全 2021年3期2021-04-23
    
                            
  • 苦蕎FtCAD-1和FtCAD-2基因克隆及組織表達分析
                                
    列進行生物信息學分析，并利用實時熒光定量PCR（qRT-PCR）檢測CAD基因在不同果殼厚度類型（厚果殼苦蕎和薄果殼苦蕎）不同組織的表達情況?！窘Y果】從薄果殼苦蕎和厚果殼苦蕎中均克隆獲得2條苦蕎CAD基因，且這2條基因序列在薄果殼苦蕎與厚果殼苦蕎中均完全一致，命名為FtCAD-1和FtCAD-2。FtCAD-1基因的開放閱讀框（ORF）長度為876 bp，編碼291個氨基酸殘基，為疏水性的穩定酸性蛋白，定位于細胞核和細胞質;FtCAD-2基因的ORF長度為
    
                                
    南方農業學報 2021年12期2021-04-15
    
                            
  • 卵形鯧JunB基因克隆及其胚胎組織表達分析
                                
    件進行生物信息學分析，并采用熒光定量PCR檢測ToJunB基因在卵形鯧鲹17個胚胎發育時期（受精卵、2-細胞期、8-細胞期、16-細胞期、32-細胞期、64-細胞期、多細胞期、高囊胚期、原腸早期、原腸中期、原腸末期、胚胎形成期、眼囊期、耳囊期、心臟跳動期、晶體出現期和初孵仔期）的表達情況?！窘Y果】克隆獲得的ToJunB基因（1777 bp）包含344 bp的5'端非編碼區（5'-UTR）、954 bp的開放閱讀框（ORF）及479 bp的3'端非編碼區（3
    
                                
    南方農業學報 2021年11期2021-03-05
    
                            
  • 小白菜AMT1;2基因克隆、組織表達特性檢測及功能驗證
                                
    白進行生物信息學分析，采用實時熒光定量PCR檢測BcAMT1;2基因組織表達模式，并在擬南芥中超表達該基因以驗證其功能?！窘Y果】克隆的BcAMT1;2基因cDNA序列全長為1539 bp，編碼512個氨基酸殘基，蛋白分子量為54.90 kD，理論等電點（pI）為8.03，無信號肽，有9個跨膜結構域，定位于細胞膜上，為穩定的兩性蛋白。BcAMT1;2蛋白歸屬于AMT1亞家族，具有AMT1的特征結構域（DFAGSGVVHMVGGIAGLWGALIEGPR），與
    
                                
    南方農業學報 2021年11期2021-03-05
    
                            
  • 谷子MRP蛋白家族序列特征、分子進化及表達模式分析
                                
    員進行生物信息學分析；基于谷子谷穗有參轉錄組測序數據，分析谷子MRP家族成員表達模式。結果顯示，谷子MRP蛋白家族成員共21個，在7號染色體分布最多，有8個基因；17個谷子MRP蛋白偏堿性和4個偏酸性，根據疏水值判斷其均為親水性蛋白；成員SiMRP7、SiMRP12基因的表達量與谷子組織中的總葉酸含量表現出協同降低的趨勢，推測這兩個蛋白可能對谷子葉酸的積累起到調控作用。本研究有助于進一步鑒定葉酸轉運相關蛋白，為后續研究葉酸代謝途徑及谷子基因挖掘提供了理論基
    
                                
    農學學報 2021年5期2021-02-03
    
                            
  • 高粱鉀離子通道Shaker蛋白家族的鑒定及生物信息學分析
                                
    其進行生物信息學分析。結果表明，高粱中共鑒定到9個Shaker家族成員，共可分為5個亞族，且處于同一個亞族的基因結構以及蛋白質結構相似;亞細胞定位顯示，這些成員均定位于細胞質膜上;共線性分析結果表明，高粱Shaker蛋白家族在禾本科的進化歷程中相對保守;組織特異性及模擬干旱表達結果顯示，Shaker成員具有明顯的組織特異性與干旱應答差異。本研究有望為進一步研究高粱Shaker蛋白家族的生物學功能提供理論基礎。關鍵詞：高粱;Shaker家族;生物信息學分析中
    
                                
    山地農業生物學報 2021年5期2021-01-13
    
                            
  • 里氏木霉與黏綠木霉中非核糖體肽合成酶的生物信息學分析
                                
    性質;生物信息學分析中圖分類號：S435.1文獻標識碼：A文章編號：1000-4440（2020）05-1119-07Abstract：In order to better analyze the differences of the key genes of secondary metabolites between Trichoderma reesei and Trichoderma virens， the secondary metabolite g
    
                                
    江蘇農業學報 2020年5期2020-12-09
    
                            
  • 綿羊GP5基因的生物信息學分析
                                
    因進行生物信息學分析。結果表明，綿羊GP5基因序列中包含1個最大長度為1 620 bp的開放閱讀框，推測其編碼539個氨基酸，其中亮氨酸含量最多，為22.6%。GP5基因所編碼的蛋白其相對分子質量約為59 305.38 KDa，理論等電點為9.40;亞細胞定位結果表明其主要位于內質網（44.4%）。GP5蛋白含有信號肽和跨膜螺旋結構，在二級結構預測中，該蛋白以無規卷曲為主，為70.14%。GP5蛋白三級結構主要由無規卷曲折疊纏繞形成，與二級結構預測結構一致
    
                                
    甘肅農業科技 2020年10期2020-11-30
    
                            
  • 綿羊HTR4基因的生物信息學分析
                                
    ）進行生物信息學分析，以初步了解其結構并進行功能預測。結果表明，綿羊HTR4基因所含最大長度的開放閱讀框為1 317 bp，編碼438個氨基酸殘基。HTR4基因編碼的蛋白分子質量為49 437.09 KDa，理論等電點（pI）為8.32。亞細胞定位結果表明其編碼產物主要定位于質膜（60.9%），且不屬于分泌蛋白。HTR4蛋白不存在信號肽序列，存在7段跨膜結構且無低復雜性段區域，該蛋白的二級結構以α螺旋為主，且三級結構主要由α折疊纏繞形成。關鍵詞：綿羊;HT
    
                                
    甘肅農業科技 2020年10期2020-11-30
    
                            
  • 貴州青錢柳膜結合轉錄因子CpMTF9的基因克隆及功能鑒定
                                
    克隆;生物信息學分析中圖分類號：[Q37]?????????????? 文獻識別碼：A?????????????? 文章編號：2096-1073（2020）11-0054-55[Abstract] NAC transcription factors， as one of the largest transcription factor families in plants， amplify the regulatory signals step by st
    
                                
    現代農業研究 2020年11期2020-11-16
    
                            
  • 鐵皮石斛鯊烯單加氧酶基因的克隆與表達分析
                                
    其進行生物信息學分析和不同營養生長期莖和葉中的表達模式分析。[方法]根據鐵皮石斛轉錄組測序獲得帶5末端的SQE基因片段，設計DoSQEI與DoSQE2基因的3RACE引物，克隆全長eDNA，利用生物信息學分析軟件對DoSQEl與DoSQE2基因及其編碼蛋白序列進行分析。運用實時熒光定量PCR檢測DoSQEl與DoSQE2基因在鐵皮石斛營養生長期的8月、10月、12月莖和葉中的表達模式。[結果]DoSQEl基因cDNA序列全長1796bp（GenBank登錄
    
                                
    福建農業學報 2020年5期2020-11-09
    
                            
  • 豬丹毒絲菌強毒株與弱毒疫苗株SpaA基因生物信息學分析
                                
    白進行生物信息學分析，并對比了豬丹毒絲菌弱毒菌株和野生強毒菌株間的差異。結果顯示，由于豬丹毒絲菌GC42的SpaA蛋白缺少一段含有80個氨基酸的序列，使得該菌株的蛋白質相對分子質量、氨基酸組成、二級和三級結構與強毒株的SpaA蛋白質相比均有所差異，導致這2株菌株引發機體產生的免疫原性和抗原性強弱有所不同，推測這2株菌株中，SG7菌株的免疫原性相對GC42較強;GC42菌株的抗原性相對SG7菌株的抗原性來說較弱，而豬丹毒絲菌GC42菌株的毒力相對豬丹毒絲菌S
    
                                
    江蘇農業科學 2020年17期2020-10-26
    
                            
  • 水曲柳FmPHV基因克隆及在形成層愈傷組織中的表達分析
                                
    HV。生物信息學分析表明，水曲柳FmPHV基因編碼區全長為2?112?bp，包含有一個完整的開放閱讀框，其編碼了一個由703個氨基酸組成的蛋白。亞細胞定位預測其主要存在于葉綠體中，為穩定親水蛋白。保守域及同源分析表明，FmPHV與油橄欖、芝麻和煙草等物種的同源蛋白保守結構域同源性高達99%。在低溫4??℃條件下，使用50?mg·L-1吲哚丁酸（IBA）溶液對水曲柳樹皮進行處理，獲得了水曲柳形成層細胞，并進一步誘導獲得形成層愈傷組織。對FmPHV基因的時空表
    
                                
    廣西植物 2020年7期2020-08-26
    
                            
  • 鵝掌楸AOX家族基因克隆與組織表達分析
                                
    克隆，生物信息學分析，組織表達中圖分類號：Q943文獻標識碼：A文章編號：1000-3142（2020）07-0988-10Abstract：Alternative?oxidase?（AOX），a?terminal?oxidase?located?in?respiration?electron-transport?pathway，which?is?widely?existed?in?higher?plants?and?closely?related?to?
    
                                
    廣西植物 2020年7期2020-08-26
    
                            
  • 芒果MiCOL6基因的克隆及其生物信息學和表達分析
                                
    L6。生物信息學分析顯示，該基因編碼226個氨基酸，分子量為26.88 kDa，等電點為4.85，屬于親水性的非分泌蛋白。保守結構域和進化樹分析顯示，該基因僅含1個CCT結構域，屬于CO基因家族的第4組;二級結構分析表明，該蛋白主要以無規卷曲和α-螺旋為主;亞細胞定位預測顯示該蛋白定位在細胞質膜上的概率最大;不同花發育時期表達模式分析表明，MiCOL6基因在杧果的花芽分化期表達量最高。本研究結果為進一步研究芒果MiCOL6基因在芒果中的功能提供理論基礎。關
    
                                
    熱帶作物學報 2020年4期2020-08-06
    
                            
  • 煙草TIR-NBS基因家族的生物信息學分析
                                
    究通過生物信息學分析方法，從基因鑒定、染色體分布、基因結構、蛋白性質和結構、信號肽、亞細胞定位和順式作用元件等方面，對煙草TIR-NBS基因家族進行了鑒定和分子特性分析。結果表明：煙草TIR-NBS基因家族含有30條成員，分布在21條染色體上，含有3～8個保守基序;編碼蛋白均為不穩定蛋白，無信號肽，主要分布于細胞核、細胞質和葉綠體中，二級結構以α-螺旋和無規則卷曲為主要構成元件;進化時主要受純化選擇作用，與番茄的TIR-NBS基因親緣關系最近;順式作用元件
    
                                
    廣西植物 2020年6期2020-07-30
    
                            
  • 大白菜GID1家族基因鑒定及表達模式分析
                                
    究采用生物信息學分析方法對大白菜基因組中GID1家族基因進行鑒定，并對該基因結構、染色體分布、系統進化以及表達模式等進行分析。結果表明，大白菜基因組中含有5個GID1家族成員，分別位于4、5、6、7、9號染色體上，各家族成員都只含有1個內含子。系統進化結果顯示，單子葉和雙子葉植物的GID1蛋白明顯處于兩個不同分支，大白菜GID1家族成員與擬南芥GID1具有更近的親緣關系。通過表達模式以及啟動子順式響應元件分析發現，大白菜GID1基因不僅參與生長發育調控還可
    
                                
    山東農業科學 2020年3期2020-07-04
    
                            
  • 帕金森病關鍵基因及通路的篩選及其生物信息學分析
                                
    分析;生物信息學分析[中圖分類號] R742.5 ? ? ? ? ?[文獻標識碼] A ? ? ? ? ?[文章編號] 1673-9701（2020）12-0001-04[Abstract] Objective To find out the differential genes and their key pathways by analyzing the gene microarray data of Parkinson's patients and 
    
                                
    中國現代醫生 2020年12期2020-07-04
    
                            
  • 8周有氧運動對小鼠骨骼肌microRNA表達的影響及其生物信息學分析
                                
    A進行生物信息學分析以發現其可能作用途徑，為后續深入研究運動對骨骼肌產生影響的機制提供方向。研究方法：20只8周齡C57BL/6J小鼠隨機分為安靜組（C）和運動組（E）。運動組預適應訓練一周后，采用坡度0°、12 m/min、60 min/天、5天/周、持續8周的有氧訓練方案進行跑臺訓練。于訓練48小時后采集小鼠腿部骨骼肌，并提取總RNA，采用miScript miRNA PCR Arrays檢測骨骼肌miRNA的表達;采用DIANA-microT-CDS
    
                                
    山東體育學院學報 2020年2期2020-06-27
    
                            

                    

                

                

                    

                        

                        

                            
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