基于CSCD的雙生病毒研究文獻計量及可視化分析

張瑋+葛慧麗+俞萍

摘要：以1989—2013年中國科學引文數據庫（CSCD）中雙生病毒研究文獻為研究對象，運用文獻計量、社會網絡分析法，利用文獻題錄信息統計工具SATI、Excel等軟件從文獻年代分布、來源期刊分布、被引情況、產出單位、作者及其合作情況、關鍵詞等方面進行統計分析和可視化研究，揭示國內雙生病毒的研究現狀。在展示國內雙生病毒研究成果的同時，試圖揭示該領域的薄弱環節，提出國內雙生病毒研究的發展方向。

關鍵詞：雙生病毒;中國科學引文數據庫（CSCD）;文獻計量;SATI;可視化

中圖分類號： G250.74 文獻標志碼： A

文章編號：1002-1302（2015）04-0134-04

收稿日期：2014-12-31

基金項目：浙江省自然科學基金（編號：LY14G030011）。

作者簡介：張 瑋（1986—），女，浙江杭州人，助理館員，主要從事科技文獻開發利用研究。E-mail：zhangwei827@zjinfo.gov.cn。

雙生病毒科病毒是世界范圍內分布廣泛的一類植物DNA病毒，為僅次于馬鈴薯Y病毒科的第2大植物病毒科。其病毒粒子形態為孿生顆粒，大小約22 nm×38 nm。雙生病毒科主要由7個屬組成，其中最大的1個屬為菜豆花葉病毒屬，包含200多個獨立種，其傳播介體為煙粉虱。近年來隨著全球氣候變暖、國際貿易增加以及B型煙粉虱的暴發，雙生病毒病害發生的范圍逐漸由熱帶擴展到亞熱帶及溫帶地區，已成為威脅全球農業安全的重要植物病害。自20世紀90年代起，我國華南、西南、華東地區多個省份的番茄、煙草、番木瓜、南瓜等重要經濟作物上陸續發現了多種雙生病毒，并且該類病害近年呈明顯蔓延趨勢。目前全國范圍僅有西藏、青海等少數內陸省份還未見有雙生病毒的相關報道[1]。因此，開展雙生病毒研究對于農業生產具有重要意義。目前，雙生病毒已成為植物病毒研究中的一個熱點。國內相關研究主要集中在雙生病毒應用研究方面，從縱向、橫向角度分析該學科的研究發展態勢、研究熱點的文獻較少。本研究通過文獻計量學和知識可視化方法揭示國內雙生病毒的研究現狀，分析其研究熱點和核心研究團隊，以期為雙生病毒研究領域的研究人員及科研管理部門提供參考。

1 數據來源與研究方法

1.1 數據來源

中國科學引文索引（Chinese science citation database，CSCD）通過定量遴選、學科專家評審，并采用定量與定性相結合的方法確定來源期刊，確保了入庫文獻的權威性和高質量，并且系統除具備一般的檢索功能外，還提供新型的索引關系——引文索引，可為本研究提供可靠的數據源保障。在“Web of Science”平臺上選取CSCD數據庫（中國科學引文數據庫），選擇時間跨度為1989—2013年，檢索詞為“雙生病毒”“Geminivirus”“Geminiviruses”，檢索范圍選“主題”，邏輯關系為“OR”，檢索日期為2014年8月8日。對檢索得到的文獻進行初步瀏覽，剔除不相關的文獻數據，最后得到115篇相關文獻，選擇“全記錄”，并將其保存為“HTML”格式。

1.2 數據分析工具

利用Excel軟件及浙江大學信息資源管理系開發的文獻題錄分析工具SATI（statistical analysis toolkit for informetrics）對相關文獻的出版年份、被引情況、機構、作者（含所有作者）、關鍵詞等方面進行統計分析，構建高頻作者及關鍵詞的共現矩陣，利用SATI內嵌的Netdraw軟件進行可視化分析[2]。文獻題錄信息統計分析工具軟件SATI能有效處理國內CNKI（中國知網）、萬方、CSSCI（中文社會科學引文索引） 及國外Web of Science數據庫的數據，支持EndNote、NoteExpress、NoteFirst、HTML、Text、Zotero等多種格式的題錄數據，進行數據格式轉換、字段抽取、頻次統計和共現矩陣構建，并可基于此矩陣導入相關軟件（如Netdraw、Ucinet等）生成共現網絡圖譜。

2 數據統計分析

2.1 雙生病毒研究文獻產出整體趨勢

文獻數量在一定程度上能反映一門學科領域的研究水平和發展程度[3]。從圖1可見，國內對雙生病毒的研究歷史較短，始于1993年。2000年以前，國內雙生病毒研究處于初始階段，零星發表的文獻主要集中在雙生病毒相關研究進展綜述和國內雙生病毒新種或新分離物的鑒定等方面。2000年以后，我國雙生病毒的研究內容更加廣泛而深入，文獻發表數量呈緩慢上升趨勢，其中2013年相關文獻發表數量為歷年最多，在研究方向方面除了雙生病毒新種或新分離的鑒定外，逐步開展對雙生病毒分子致病機理的研究。

2.2 來源期刊分布情況

對某一研究領域文獻的來源出版物進行考察，有助于了解該研究領域的空間分布特點及研究成果的層次水平[4]。由統計可知，本次檢索所得的115篇文獻共發表在39種出版物上，平均載文量2.95篇。表1列出了相關文獻收錄排名前10位的出版物，共發表文獻70篇，占總文獻數的60.87%。發表相關文獻最多的是《植物病理學報》，共18篇，占文獻總

數的15.65%;其次為《微生物學報》《植物保護》，各8篇，分別占文獻總數的6.96%。由此可見，中國刊載雙生病毒研究論文的出版物相對集中，其中《植物病理學報》《微生物學報》《植物保護》等刊物逐步發展成為該領域的核心刊物，學者進行雙生病毒研究成果投稿時，也以此類刊物為首選。

2.3 文獻被引情況

1989—2013年雙生病毒文獻被引頻次前10位的文獻題錄如表2所示。謝艷等發表的《粉虱傳雙生病毒的TAS-ELISA及PCR快速檢測》單篇被引用次數最高。該文主要涉endprint

表1 1989—2013年刊載雙生病毒有關論文數量排名前10位的出版物

出版物名稱 載文量

（篇） 比例

（%）

植物病理學報 18 15.65

微生物學報 8 6.96

植物保護 8 6.96

病毒學報 7 6.09

科學通報 6 5.22

江蘇農業學報 5 4.35

植物保護學報 5 4.35

中國病毒學 5 4.35

西南農業學報 4 3.48

中國科學：C輯 4 3.48

及雙生病毒的檢測方法，發表年份正值該研究領域邁入發展期，該文發表后受到學者廣泛關注。通過表2提供的相關文獻關鍵詞頻可知，被引頻次前10位的文獻中有8篇涉及雙生病毒的檢測、鑒定以及相關方法學的研究，其他2篇為研究綜述。表明國內雙生病毒研究主要還是集中在該類病毒的流行學研究，鮮見其致病相關分子機制的高被引文獻。

表2 1989—2013年雙生病毒被引頻次前10位文獻

被引文獻題名 作者 出版物 發表年份 關鍵詞 被引頻次

（次） 平均引用次

數（次/年） 他引頻次

（次）

粉虱傳雙生病毒的TAS-ELISA及PCR快速檢測 謝艷，張仲凱，李正和，等 植物病理學報 2002 植物病毒，傳播，TAS-ELISA，粉虱傳雙生病毒，PCR，檢測 33 2.54 24

山東、安徽兩省栽培番茄煙粉虱傳雙生病毒的PCR檢測及序列分析 余文貴，趙統敏，楊瑪麗，等. 江蘇農業學報 2009 DNA-A序列分析，番茄黃化曲葉?。═YLCD），分子特征 16 2.67 9

煙粉虱傳播雙生病毒研究進展 糾敏，周雪平，劉樹生 昆蟲學報 2006 煙粉虱，雙生病毒，病毒傳播，番茄黃化曲葉病毒，番茄斑駁病毒 16 1.78 15

與煙草曲葉病毒伴隨的新型DNA分子鑒定 謝艷，周雪平，李正和，等 科學通報 2002 DNA分子鑒定，DNAβ，煙草曲葉病毒，序列分析，傳播，煙粉虱 雙生病毒，伴隨病毒 16 1.23 10

北京地區番茄黃化曲葉病毒病的鑒定及防治對策 周濤，師迎春，陳笑瑜，等 植物保護 2010 番茄黃化曲葉病毒，煙粉虱，PCR 14 2.60 13

云南番茄曲葉病是由煙草曲莖病毒引起的 李正和，李桂新，謝艷，等 病毒學報 2002 云南，番茄曲葉病，煙草曲莖病毒，粉虱傳雙生病毒，病原 分離 13 1.00 10

雙生病毒一類值得重視的植物病毒 周雪平，崔曉峰，陶小榮 植物病理學報 2003 雙生病毒，重組，DNAβ，DNAl，病害復合體，進化 13 1.00 9

番茄煙粉虱傳雙生病毒PCR檢測 何自福，虞皓，羅方芳 中國病毒學 2004 煙粉虱傳雙生病毒，PCR檢測，序列分析，植物病毒 13 1.18 8

侵染廣西煙草的中國番茄黃化曲葉病毒及其伴隨的衛星DNA分子的基因組特征 徐幼平，周雪平 微生物學報 2006 Begomovirus，中國番茄黃化曲葉病毒，DNAβ，DNA-A 10 1.11 10

賽葵黃脈病毒：一種含有衛星DNA的雙生病毒新種 周雪平，彭燕，謝艷，等 科學通報 2003 DNA-A，DNAβ，賽葵黃脈病毒，衛星DNA 雙生病毒，菜豆金色花葉病毒 10 0.83 9

2.4 研究資助情況

基金資助是研究人員獲得科研經費資助的重要來源，也是政府資金引導科研重點發展方向的重要指標，同時也是衡量研究人員研究水平和實力的重要指標。對于科技類學術期刊來說，基金項目論文代表著某一學科領域內研究的新動向、新趨勢，具有一定學術性、權威性、超前性[5]。在本次統計的115篇文獻中，獲得基金資助的文獻為104篇，占文獻總數的90.43%。60%以上的雙生病毒研究文獻獲得2種及以上基金資助，其中國家自然科學基金資助的文獻最多（含杰出青年基金和青年基金），為58篇，占文獻總數的50.43%（表3）。綜上，我國雙生病毒的研究受重視度較高，得到國家及省市主要科技計劃支持較多。

表3 1989—2013年雙生病毒文獻排名前5位的基金資助來源

排序 基金資助來源 文獻量

（篇） 比例

（%）

1

國家自然科學基金（含杰出青年基金和青年基金） 58

50.43

2 公益性行業（農業）科研專項 11 9.57

3

國家高技術研究發展計劃（國家“863”計劃） 9

7.83

4 中國科學院重大項目 8 6.96

5

國家重點基礎研究發展計劃（國家“973”計劃） 7

6.09

2.5 雙生病毒研究文獻作者分析

2.5.1 核心研究者分析 根據普賴斯公式[6]：M= 0.749（Nmax）1/2，其中Nmax為最高產作者發表的論文數，論文數在M以上的即為核心作者。1989—2013年最高產作者發文量為27篇，根據公式可得M=3.9，因此1989—2013年相關領域發文量大于3.9篇的作者即為核心作者。據統計，共有27名作者在相關領域發文量3.9篇以上，是國內雙生病毒研究領域的活躍群體。其中以周雪平發文最多，共計27篇;劉玉樂居第2位，發文12篇。此外張仲凱、謝艷、青玲等的發文量也排在前列，均為10篇及以上（表4）。其中，周雪平、謝艷等的研究重心主要集中在我國雙生病毒病害的檢測、新分離物鑒定及相關基因序列分析。endprint

表4 1989—2013年我國雙生病毒領域發文量排名前10位的作者

排序 作者 發文量

（篇）

1 周雪平 27

2 劉玉樂 12

3 張仲凱 11

3 謝艷 11

5 青玲 10

6 蔡健和 9

6 田波 9

8 謝迎秋 8

8 朱楨 8

10 何自福 7

10 丁銘 7

2.5.2 合作研究分析 將“Web of Science”平臺CSCD數據庫中下載的“HTML”格式題錄信息導入SATI軟件，并轉化為“XML”格式數據，對“XML”格式數據進行作者字段抽取，選擇“Co-Occurrence Matrix（Valued）”矩陣類型建立30×30的雙生病毒高頻作者共現矩陣，導入SATI軟件內嵌的Netdraw軟件對生成的共現矩陣進行處理，形成國內雙生病毒高頻作者共現網絡圖譜[7]（圖2）。圖2中，每個節點對應1名作者，節點大小與合作強度呈正比，節點間連線的粗細與合作強度呈正比，節點間連線長短與合作親密度呈正比。通過高頻作者網絡圖中作者群體的度數中心性（degree centrality）、中間中心性（betweenness centrality）分析可知，目前國內雙生病毒文獻的作者中，度數中心性最高的是周雪平，為10，說明其與10個作者合作發表過論文。此外蔡健和、李桂新、劉玉樂、謝艷的度數中心性均大于5，與周雪平共同成為對整個合作研究網絡有較大影響力的5位作者。中間中心性排在前3位的作者分別是周雪平（79.250）、蔡健和（50.000）、劉玉樂（45000），節點的中間中心性測量的是網絡中該節點對資源控制的程度，由此說明上述3位作者對雙生病毒的研究資源具有較強的控制，起到橋梁中介作用，以他們為核心分別形成了相對合作緊密的研究團隊。

2.6 雙生病毒研究成果高產機構和區域分析

對CSCD中雙生病毒研究文獻的產出機構（以第1單位計）以及產出機構所在地域分布進行統計，結果如表5、表6所示。雙生病毒研究文獻產出居前2位的研究機構分別為浙江大學、中國科學院，發文量依次為28、16篇，所占比例分別為24.3%、13.9%。地域分布的統計結果與產出機構的統計結果基本吻合。綜上，浙江大學、中國科學院在國內雙生病毒的相關研究中占據主導地位，而隨著雙生病毒病害在全國范圍的蔓延，各疫區重視程度逐步提高，相關研究成果相應開始呈遞增趨勢。

表5 有關雙生病毒的國內文獻的主要產出單位

排序 單位 文獻量

（篇） 排序 單位 文獻量

（篇）

1 浙江大學 28 6 江蘇省農業科學院 4

2 中國科學院 16 6 云南省農業科學院 4

3 西南大學 7 8 中國農業科學院 3

4 中國熱帶農業科學院 6 8 廣西省農業科學院 3

4 廣東省農業科學院 6 8 石河子大學 3

表6 有關雙生病毒的國內文獻主要產出單位的地域分布

排序 地域 文獻量

（篇） 排序 地域 文獻量

（篇）

1 浙江省 34 6 廣西 6

2 北京市 24 6 江蘇省 6

3 廣東省 10 6 海南省 6

4 云南省 8 9 上海市 4

5 重慶市 7 10 新疆 3

由圖3可知，中國科學院對雙生病毒的研究開展較早，始于1993年，但自2001年后CSCD數據庫中未收錄以中國科學院為第1單位發表的相關文獻。而自2002年后，浙江大學逐步成為國內發表雙生病毒相關文獻最多的單位。值得注意的是，自2010年后，以浙江大學為第1單位的雙生病毒相關文獻發表數量也呈現出逐年遞減趨勢。依據在SCI-E數據庫中的初步檢索，近年來上述2家研究機構雙生病毒研究成果主要發表在國外期刊上。

2.7 研究熱點分析

對某一研究領域內文獻的高頻關鍵詞進行研究，可在一定程度上揭示該領域的研究熱點[8]。關鍵詞是表達文獻主題概念的自然語言詞匯，高頻關鍵詞則是指文獻中出現頻率較高的關鍵詞。

將“Web of Science”平臺CSCD數據庫中下載的“HTML”格式的題錄信息導入SATI軟件并轉化為“XML”格式數據，對“XML”格式數據進行關鍵詞字段抽取、頻次統計，結果如表6所示。選擇“Co-Occurrence Matrix（Valued）”矩陣類型建立30×30的雙生病毒高頻關鍵詞共現矩陣，導入SATI軟件內嵌的Netdraw軟件對生成的共現矩陣進行處理，形成國內雙生病毒高頻關鍵詞共現網絡圖譜（圖4）。圖4中1個節點代表1個關鍵詞，節點大小反映關鍵詞出現頻次的高低，節點越大，代表其所對應的關鍵詞在網絡中作用越大。節點間連線表示關鍵詞之間的共現關系，線條越粗，代表相互間的關系越強。從圖4可以看出，國內雙生病毒研究熱點主要是2個方面：首先是雙生病毒及其伴隨的衛星DNA分子相關研究，主要以“tomato yellow leaf curl China virus”“tomato yellow leaf curl virus”為研究對象;其次是雙生病毒的流行與其昆蟲介體關系研究，如“whitefly-transmitted geminivirus”“Bemisia tabaci”。

表6 1989—2013年國內雙生病毒文獻的高頻關鍵詞

排序 關鍵詞 頻次

（次）

1 DNAbeta 18

1 Begomovirus 18endprint

1 Geminivirus 18

4 tomato yellow leaf curl virus 17

5 whitefly-transmitted geminivirus 16

6 DNA-A 12

7 tomato yellow leaf curl China virus 11

8 Bemisia tabaci 10

8 tomato 10

10 sequence analysis 9

10 PCR 9

3 結論

以CSCD數據庫中收錄的雙生病毒研究文獻為研究對象，采用Excel軟件和SATI軟件對國內雙生病毒研究文獻進行系統分析，采用可視化的方式展示雙生病毒領域的學術代表人物、合作關系、研究熱點等，得到如下結論：（1）國內對雙生病毒研究的歷史相對較短，初步積累了一批研究成果，但總體增長緩慢，且過于偏重于對雙生病毒病害檢測及雙生病毒新分離物的鑒定，而對于雙生病毒具體發病機制等方面的研究尚顯不足。（2）此次統計的115篇雙生病毒文獻中，基金

資助率達到了90.43%，其中65篇文獻被國家級基金項目資助，可見隨著雙生病毒在國內蔓延，相關研究得到國家高度重視，在眾多重大科技計劃中都給予了專項支持，這對快速積累該領域的研究成果發揮了重要作用。結合資助方向分析，今后可適當增加對雙生病毒發病機制方面的研究支持。（3）雙生病毒研究成果產出機構集中度偏高。國內雙生病毒文獻相對集中于少數科研機構，中國科學院、浙江大學共發表相關論文44篇，占文獻總量的38.26%。各個研究團隊的規模較小，地域發展不均衡，發文主要集中在以周雪平、劉玉樂、蔡健和為主的3個研究團隊。上述3個團隊之間雖有一定的合作關系，但從全國范圍來看，對于雙生病毒的研究合作還不充分，特別是優勢團隊和普通團隊之間的合作尚不緊密。

通過對CSCD數據庫中收錄的雙生病毒研究文獻的統計分析，在展示國內雙生病毒研究成果的同時也揭示了該領域的薄弱環節，有關研究的深度、廣度等方面有待加強。為了更好地識別雙生病毒領域的研究熱點與前沿，未來還可基于“Web of Science”核心合集中的文獻數據進行分析，與現有結果對比分析，可能對雙生病毒領域的發展更具參考性。

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