豬圓環病毒3型的鑒定和遺傳演化分析

為了解宜賓市養殖場豬圓環病毒（PCV）3型的基因組特征和遺傳變異規律。本試驗利用PCR方法從流產母豬血液中鑒定出1株PCV3，命名為SC-YB2203。經過PCR方法擴增部分基因組序列，對測序結果拼接并進行系統進化樹分析。結果顯示：遺傳進化樹分析發現SCYB2203與廣州株MK142771和美國株MK496279屬于同一分支3f，與西班牙株MH579746和美國株MK496280親緣關系較近，與四川株MZ449244和重慶株KY075990親緣關系較遠。序列分析發現SC-YB2203與參考序列之間的同源性最高的為重慶株KY075990（98.5%），與湖南株MG372488的同源性為87.7%，與其他國內株同源性較高（97.6% -98.5%）。本研究有助于深入了解和分析四川省PCV3流行毒株的分子特性和遺傳進化分析，為后續PCV3的致病性研究和防控提供參考。

豬圓環病毒（porcine circovirus）屬于圓環病毒科環狀病毒屬，是已知最小的動物病毒之一。PCV是一種無囊膜，單股負鏈環狀DNA病毒。PCV可分為PCV1、PCV2、PCV3和PCV4 4種不同基因型[1-2]。PCV1可以感染家豬與野豬且呈現無臨床癥狀。PCV2能夠引起宿主機體的免疫抑制，導致母豬的繁殖障礙，在急性病死母豬中能夠檢測出PCV3[3-4]。PCV3感染后，使母豬流產率增加，出現產死胎或木乃伊胎現象[5]。2017年3月中國首次報道PCV3感染，且隨后呈逐年上升的趨勢[6]。PCV3的基因組全長2 000 bp，包含3個ORF，ORF1編碼復制相關蛋白由297個氨基酸組成，ORF2編碼衣殼蛋白由214個氨基酸組成，ORF3編碼的蛋白功能未知由231個氨基酸組成。本研究從四川省宜賓市某豬場流產母豬血液中鑒定1株PCV3，命名為SC-YB2203，通過遺傳演化分析，了解該地區毒株序列的遺傳演化關系，為PCV3分子流行病學研究和防控提供參考。

1材料與方法

1.1病料來源

臨床樣本來源于2022年3月四川省宜賓市某養殖場，發病癥狀主要包括母豬發生流產、產弱胎等癥狀，血液樣本保存于-80℃。按照DNA提取試劑盒說明書，提取豬的血液DNA備用。

1.2主要試劑

病毒總DNA提取試劑盒，購自天根生物科技有限公司；膠回收試劑盒，購自天根生物科技有限公司；DL2000 marker、Ex Taq酶、均購自TAKARA。

1.3引物設計

利用豬圓環病毒3型鑒定引物R-F：5-CC‐GCACCCGAAGCGCAGCGG -3；R-R：5-ATCCACTGCCCGGTATATCCAC-3對血液進行PCR鑒定。

1.4 PCR擴增及測序

反應條件： 95℃預變性5 min；95℃變性30 s，50℃退火30 s，72℃延伸1 min，共進行30個循環；72℃終延伸10 min。PCR產物由成都擎科生物科技有限公司進行測序。利用DNA‐STAR軟件將序列拼接后提交NCBI，命名為SC-YB2203。

1.5基因序列分析

利用DNAStar軟件對SC-YB2203的基因組序列進行同源性比較，用MEGA6.0構建遺傳進化樹分析SC-YB2203序列并繪制遺傳進化樹，分析比較SC-YB2203與參考毒株的遺傳進化關系。

2結果和分析

2.1基因序列比較分析

SC-YB2203與參考序列之間的同源性最高的為重慶株KY075990 （98.5%），與湖南株MG372488的同源性為87.7%，與其他國內株同源性較高（97.6%～98.5%），見圖1。

2.2 SC-YB2203遺傳進化分析

使用MEGA6.0軟件將SC-YB2203與國內外PCV3核酸序列進行比對，構建進化樹。結果顯示SC-YB2203與廣州株MK142771和美國株MK496279屬于同一分支3f，與西班牙株MH579746和美國株MK496280親緣關系較近，與四川株MZ449244和重慶株KY075990親緣關系較遠（見圖2）。

3討論和結論

本研究通過采集流產母豬血液，進行PCR方法檢測和鑒定，獲得1株PCV3序列，命名為SC-YB2203。序列分析顯示PCV3沒有明顯的地域性，與國內株PCV3序列同源性為87.7%～98.5%。

遺傳進化分析發現SC-YB2203與廣州株MK142771和美國株MK496279屬于同一分支3f，與3e分支的西班牙株MH579746和美國株MK496280親緣關系較近，與四川株MZ449244和重慶株KY075990親緣關系較遠。SCYB2203與四川株和重慶株相比處于不同分支，說明西南地區PCV3存在多基因亞型并存現象。國內分離株基因型較多且呈廣泛分布。SC-YB2203可能來源于國外引種，PCV3不同基因型存在是否影響致病性需要進一步研究。

綜上所述，本研究鑒定了一株PCV3，SCYB2203，遺傳分析發現其與多株國外毒株遺傳關系較近，并且與四川株和重慶株遺傳關系較遠，這有助于了解西南地區PCV3的流行病學和基因型特征，為后續致病性研究和防控提供依據。

參考文獻

[1] Phan T G， Giannitti F， Rossow S， et al. Detection of a novel circovirus PCV3 in pigs with cardiac and multi-systemic inflammation[J]. Virology Journal， 2016， 13（1）：184.

[2]陳秋艷，冀禹彤，梅朱園，等。豬圓環病毒$型的分離與鑒定[J]。中國獸醫科學，2020，50（10）：1271-1277.

[3] Arruda B， Pi？eyro P， Derscheid R， et al. PCV3-associ‐ated disease in the United States swine herd. Emerging Microbes and Infections. 2019，8（1）：684-698.

[4] Mora-Díaz J， Pablo P， Huigang S， et al. Isolation of PCV3 from Perinatal and reproductive cases of PCV3-as‐sociated disease and in vivo characterization of PCV3 replication in CD/CD growing pigs[J]. Viruses， 2020（2）： 219.

[5]張永寧，梅琳，張舟，等.豬圓環病毒3型研究進展[J].東北農業大學學報，2017，48（9）：89-96.

[6] Chen GH， Mai KJ， Zhou L， et al. Detection and ge‐nome sequencing of porcine circovirus 3 in neonatal pigs with congenital tremors in South China. Transbound and Emerging Diseases. 2017，64（6）：1 650-1 654.

基金項目：宜賓學院博士啟動項目（2019QD09，2019QD10）

【1四川省宜賓市農業農村局陳燕凌；2四川省宜賓市翠屏區農業農村局王穎旺；3宜賓學院農林與食品工程學部，宜賓市動植物檢驗檢疫工程技術研究中心楊潞，楊漫漫，李雪梅，張月，田志革，胡曉亮（通訊作者）】