基于九個微衛星標記的核桃舉肢蛾地理種群的遺傳多樣性分析

王琦琦, 孫 艷, 唐光輝,*

(1. 西北農林科技大學林學院, 西部森林生物災害治理國家林業和草原局重點實驗室, 楊凌 712100;2. 中國科學院動物研究所, 動物進化與系統學院重點實驗室, 北京 100101)

核桃舉肢蛾Atrijuglanshetaohei又名核桃展足蛾、核桃黑,屬鱗翅目(Lepidoptera)織蛾科(Oecophoridae)黑展足蛾屬Atrijuglans,是對核桃果實危害最大的害蟲(Wangetal., 2016; 王琦琦等, 2016)。其幼蟲蛀食核桃青果,導致提前落果,核桃產量下降40%以上,嚴重影響核桃的品質和經濟價值(田敏爵等, 2010)。每年,核桃舉肢蛾危害在我國河北、河南、山東、山西、陜西、四川、貴州等核桃產區普遍發生,嚴重影響核桃果實的品質、產量和商業價值,給當地經濟帶來重大損失(田敏爵等, 2010; 武海斌等, 2020; 孟樹標, 2022; 王永平等, 2022)。目前,有關核桃舉肢蛾的研究主要集中于生物學特性(南小寧等, 2017; 劉桂湘等, 2018)、田間發生規律(武海斌等, 2020; 孟樹標, 2022)及防治技術(王相宏等, 2015; 陳邦清等, 2021)等方面,對核桃舉肢蛾種群遺傳結構和種群擴張歷史的研究卻未見報道。

微衛星標記(microsatellite marker)又稱簡單序列重復(simple sequence repeat, SSR),因其具有高多態性、共顯性、豐富性等特點,可作為DNA分子標記廣泛應用于動植物的系統發生、遺傳多樣性和地理譜系等方面的研究。微衛星標記技術在農林業害蟲的種群遺傳結構和種群遺傳研究中應用廣泛,如瓜實蠅Bactroceracucuribitae、棗食芽象Scythropusyasumatsui、灰飛虱Laodelphaxstriatellus、天鵝絨豆毛蟲Vespulapensylvanica和寄生蜂Anticarsiagemmatalis等(張亞楠等, 2018; 洪波等, 2019; 姜姍等, 2020; Huetal., 2023; Neivaetal., 2023; Rustetal., 2023)。

核桃種植已成為核桃產區的經濟支柱產業,然而,許多產區皆有核桃舉肢蛾危害,使當地經濟蒙受巨大損失,為深入了解核桃舉肢蛾的分布特點和擴散途徑,本研究根據核桃舉肢蛾轉錄組測序數據獲取的大量微衛星位點,并對所選取的微衛星位點進行篩選,獲得可用于核桃舉肢蛾地理種群遺傳多樣性分析的9個微衛星分子標記,對8個省/市16個核桃舉肢蛾地理種群的遺傳多樣性和遺傳結構進行研究,分析其種群間的遺傳分化和基因流,并對核桃舉肢蛾種群擴散途徑進行綜合分析和探討,為提高核桃舉肢蛾的防控效率提供理論依據和參考資料,降低因核桃舉肢蛾危害而造成的經濟損失。

1 材料與方法

1.1 供試蟲源和總DNA提取

于2016年8月上、中旬分別在我國北京、河北、河南、山東、陜西、甘肅、四川等8個省/市核桃舉肢蛾的主要發生區采集核桃舉肢蛾危害蟲果,蟲果采集距離保證50 m以上,且每個蟲果中取出1頭核桃舉肢蛾幼蟲作為供試樣本,以保證其為來自不同父母本的后代個體,然后浸泡于無水乙醇中,帶回西北農林科技大學林學院,-20 ℃保存備用,共計16個地理種群,319頭個體,詳細采集信息見表1。

表1 核桃舉肢蛾幼蟲采集信息

將每個供試樣本分別置于1.5 mL滅菌離心管中,使用血液/細胞/組織基因組DNA提取試劑盒[天根生化(北京)有限公司]進行總DNA提取。使用Q3000核酸測定儀(Quawell,美國)檢測所提取的核桃舉肢蛾基因組DNA的濃度和吸光值,檢測合格的DNA樣品保存于-20 ℃冰箱中。

1.2 RNA提取、cDNA文庫的制備和測序

利用從陜西鎮安采集的核桃舉肢蛾危害蟲果中獲得的新鮮核桃舉肢蛾幼蟲,將15頭幼蟲的胸部組織置于1個1.5 mL離心管中,采用RNAisoPlus總RNA提取試劑盒(TaKaRa寶生物工程(大連)有限公司)提取總RNA并構建cDNA文庫,由陜西博瑞德生物科技有限公司采用Illumina高通量測序平臺(Hiseq 2000)進行測序(Lietal., 2020)。

1.3 微衛星位點的篩選和擴增

使用SSR軟件MISA(MicroSAtellite)對核桃舉肢蛾轉錄組45 696條unigene進行分析查找,共獲得SSR位點2 586個。根據SSR重復單元長度和重復次數的不同(羅純等, 2015),選出40個SSR位點,并使用Primer Premier 5.0軟件設計引物并由上海生工生物工程技術服務有限公司合成。以1.1節提取的16個地理種群的核桃舉肢蛾幼蟲DNA為模板進行PCR擴增,PCR擴增反應體系(20 μL): 2×Taq PCR MasterMix 10 μL, 正反向引物(10 μmol/L)各1 μL, 模板DNA(50～100 ng/μL)1 μL, ddH2O補足至20 μL。PCR反應程序: 94 ℃ 5 min; 94 ℃ 30 s, 退火 30 s, 72 ℃ 30 s, 共35個循環;72 ℃ 5 min。PCR產物用1%凝膠電泳檢測以判斷引物的穩定性和特異性。然后經6%的非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(polyacrylamide gel electrophoresis, PAGE)對擴增片段的大小和多態性進行檢測,最終篩選出具有高多態性且易于擴增的微衛星位點并對所有樣本進行擴增,送上海生工生物工程技術服務有限公司經ABI3700自動測序儀(賽默飛, 美國)進行毛細管電泳(capillary electrophoresis, STR)檢測,檢測結果使用GeneMarker軟件進行基因分型,并對位點數據進行人工校對。

1.4 數據分析

1.4.1數據整理與遺傳參數統計:(1)數據整理:將基因分型數據按照種群和位點的順序進行整理并儲存在Excel中;(2)遺傳參數統計:使用GenAlex version 6.5(Peakall and Smouse, 2005, 2012)和Popgene version 1.32(Yehetal., 1999)軟件統計各種群和各位點的遺傳參數,包括等位基因數(number of alleles,Na)、有效等位基因數(effective number of alleles,Ne)、觀測雜合度(observed heterozygosity,Ho)、期望雜合度(expected heterozygosity,He)、非偏差期望雜合度(unbiased expected heterozygosity,uHe)、Shannon’s指數(Shannon’s index,I)、近交系數(inbreeding coefficient,FIS)和基因流(gene flow,Nm)等。使用PIC_CALC version 0.6軟件(Nagyetal., 2012)計算多態信息含量(polymorphism information content,PIC)。

1.4.2遺傳平衡檢驗和遺傳距離-地理距離相關性分析:(1)使用GenePop version 3.4軟件(Rousset, 2008)對核桃舉肢蛾各種群和各位點進行哈迪-溫伯格平衡(Hardy-Weinbergequilibrium, HWE)和連鎖不平衡(linkage disequilibrium)的顯著性分析,結果經過Bonferroni校正;(2)用Google Earth version 7.1.8軟件測算各種群間的地理距離,并使用Excel分析種群間的遺傳分化系數[FST/(1-FST)]與地理距離(km)自然對數間的相關性。

1.4.3種群遺傳結構分析:(1)使用STRUCTURE version 2.3.4軟件(Pritchardetal., 2000; Hubiszetal., 2009)根據貝葉斯聚類方法基于蒙特卡羅馬爾可夫算法分析核桃舉肢蛾的種群遺傳結構。K值范圍1-16,每個取值重復計算10次,利用Evanno的ΔK法確定最佳K值(Evannoetal., 2005; Earl and Vonholdt, 2011)。使用CLUMPP version 1.1.2軟件(Jakobsson and Rosernberg, 2007)進行比對整合并使用Distruct軟件(Rosenberg, 2004)繪圖;(2)基于非空間模型和貝葉斯方法,使用BAPS(Bayesian analysis of population structure)軟件(Coranderetal., 2008)將每個種群視為1個遺傳整體進行種群遺傳結構分析,設定K值取值范圍1-16,各取值重復計算10次;(3)基于種群間的Nei氏遺傳距離(Nei, 1978)構建遺傳距離矩陣進行主坐標分析(principal coordinates analysis, PCoA)。

1.4.4分子變異分析(analysis of molecular variance, AMOVA):使用Arlequin version 3.52軟件包(Excoffieretal., 2007)計算種群內和種群間的分子遺傳變異以及各種群間的遺傳分化系數(FST)和基因流(Nm), 1 000次隨機重復抽樣。其中,以‘Sum of squared size difference (RST)’代替‘Number of different alleles(FST)’以獲取更多的位點信息。

2 結果

2.1 核桃舉肢蛾SSR位點的篩選

根據轉錄組測序結果選取的40對微衛星引物中,通過1%凝膠電泳檢測出可穩定擴增的特異性引物后,經6%的非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)進行檢測,共篩選出9個高多態性的SSR位點用于核桃舉肢蛾遺傳多樣性分析,其位點編號分別為SSR05, SSR08, SSR12, SSR21, SSR23, SSR28, SSR32, SSR33和SSR38(表2)。

表2 核桃舉肢蛾地理種群9個微衛星位點引物序列及位點特征

2.2 基于9個微衛星位點的核桃舉肢蛾地理種群遺傳多樣性

在16個地理種群中共檢測到46個等位基因(表3),各位點等位基因數(Na)在3～7之間,有效等位基因數(Ne)變化范圍是1.019～2.286。其中,SSR05的Na和Ne值分別為4和1.019,在所有位點中均為最低,SSR28的Na最高為7,而Ne值最高的位點是SSR08(2.286)。Shannon’s指數(I)為0.063～0.931,平均值為0.557;觀測雜合度(Ho)為0.019～0.627,平均值為0.268;期望雜合度(He)為0.018～0.509,除SSR05, SSR23和SSR32外其他位點的觀測雜合度均低于期望雜合度,即雜合缺失。多態信息含量(PIC)為0.019～0.469?？傮w上,核桃舉肢蛾各位點等位基因的多態性相對中等,可提供一定的遺傳信息。

表3 核桃舉肢蛾地理種群9個微衛星位點的遺傳多樣性

由表4可以看到,核桃舉肢蛾16個地理種群的微衛星位點特征較為一致,各地理種群均存在一定程度的多態性。其中,山西陽城種群(YC)的等位基因數最高為3.000,其I(0.594)和北京懷柔區種群(BJ)的uHe(0.360)均高于其他種群的,表現出相對較豐富的種群多樣性,而陜西山陽種群(SY)的多樣性水平則較低,各個參數(Na,Ne,I,Ho,He和uHe)值都是最低的。此外,北京懷柔區種群(BJ)、河北平山種群(HP)、河南安陽種群(AY)、河南三門峽種群(LB)、山東濟南種群(LC)、山西陽城種群(YC)、陜西洛南種群(LN)、陜西商南種群(SN)和陜西山陽種群(SY)的觀測雜合度Ho皆小于期望雜合度He,且各種群的FIS范圍在-0.153(NJ)～0.202(LB),說明群體內的雜合子不足,種群內近交機會更多,這可能與核桃舉肢蛾本身的飛行能力不足所導致的活動范圍受限有關。

表4 基于9個微衛星位點的核桃舉肢蛾16個地理種群的遺傳多樣性

2.3 核桃舉肢蛾地理種群微衛星位點的哈迪-溫伯格平衡和連鎖不平衡

如表5所示,各地理種群在大多數位點均未偏離哈迪-溫伯格平衡(P>0.05)。在位點SSR08上顯著偏離哈迪-溫伯格平衡(P<0.05)的種群有8個,其中,河南三門峽種群(LB)、山西陽城種群(YC)、陜西商南種群(SN)和陜西寧陜種群(NS)在該位點呈極顯著偏離哈迪-溫伯格平衡(P<0.01)。此外,河南安陽種群(AY)在位點SSR21也表現為極顯著偏離哈迪-溫伯格平衡(P<0.001)。

表5 核桃舉肢蛾16個地理種群9個微衛星位點的哈迪-溫柏格平衡

9個微衛星位點的基因連鎖不平衡檢測結果(表6)顯示,除位點對SSR08和SSR12(P=0.022), SSR12和SSR21(P=0.039)以及SSR38和SSR33(P=0.003)外,其他成對位點間不存在連鎖不平衡的情況,為完全獨立遺傳。

表6 核桃舉肢蛾16個地理種群在各成對微衛星位點間的基因連鎖不平衡

2.4 核桃舉肢蛾地理種群遺傳分化和基因流

16個地理種群的遺傳分化(FST)及其基因流(Nm)計算結果(表7)表明,各地理種群間的遺傳分化指數最高為0.142,表明各種群間的遺傳分化處于中等或較低水平。山東濟南種群(LC)與其他種群間遺傳分化系數皆大于0.05,表明存在中等水平的遺傳分化。陜西鎮安種群(ZA)和陜西安康種群(AK)的種群間基因流最大為23.800,山東濟南種群(LC)與陜西太白種群(TB)的種群間基因流最小,為1.514,但與陜西眉縣種群(YG)、陜西商南種群(SN)、陜西寧陜種群(NS)和甘肅成縣種群(CX)的種群間的基因流皆小于2。因此,LC與上述5個種群間存在較大的遺傳分化,而其他種群間的遺傳分化并不明顯。

表7 基于9個微衛星位點的核桃舉肢蛾16個地理種群間成對固定系數FST (下三角)和基因流Nm (上三角)

2.5 核桃舉肢蛾地理種群遺傳距離與地理距離間的相關性

以16個地區的核桃舉肢蛾種群間的遺傳距離和地理距離進行相關性分析,如圖1所示,回歸方程y=0.0209x-0.0707,R2=0.226,P<0.01,表明核桃舉肢蛾種群遺傳距離與地理距離間存在顯著的相關性。

圖1 基于9個微衛星位點的核桃舉肢蛾不同地理種群間遺傳分化系數與地理距離(km)的自然對數間的相關性

2.6 核桃舉肢蛾地理種群遺傳結構

使用STRUCTURE軟件對16個核桃舉肢蛾地理種群進行聚類分析(圖2),當K為2時分組最佳(圖2: A),即16個核桃舉肢蛾地理種群分為2個分支:分支1由北京懷柔區種群(BJ)、河北平山種群(HP)、河南三門峽種群(LB)、山東濟南種群(LC)、山西陽城種群(YC)、陜西商南種群(SN)和陜西山陽種群(SY)組成;分支2由河南安陽種群(AY)、陜西洛南種群(LN)、陜西眉縣種群(YG)、陜西太白種群(TB)、陜西寧陜種群(NS)、陜西鎮安種群(ZA)、陜西安康種群(AK)、甘肅成縣種群(CX)和四川南江種群(NJ)組成(圖2: B)。

圖2 基于9個微衛星位點的核桃舉肢蛾地理種群遺傳結構

同時,使用BAPS軟件分析核桃舉肢蛾種群的遺傳結構,結果如圖2(C),山東濟南種群(LC)個體分歧過大,不參與分組,其他15個地理種群分為兩個分支,分支1由北京懷柔區種群(BJ)、河北平山種群(HP)、河南三門峽種群(LB)、山西陽城種群(YC)和陜西商南種群(SN)種群組成,分支2由河南安陽種群(AY)、陜西洛南種群(LN)、陜西眉縣種群(YG)、陜西太白種群(TB)、陜西寧陜種群(NS)、陜西鎮安種群(ZA)、陜西山陽種群(SY)、陜西安康種群(AK)、甘肅成縣種群(CX)和四川南江種群(NJ)組成。

主坐標分析結果如圖3所示,第1和第2坐標因子的貢獻率分別為108.7%和19.6%;北京懷柔區種群(BJ)、河北平山種群(HP)、河南三門峽種群(LB)、山西陽城種群(YC)和陜西商南種群(SN)的核桃舉肢蛾相距較近,占據第3和第4象限,說明其具有相似的主要成分;河南安陽種群(AY)、陜西洛南種群(LN)、陜西眉縣種群(YG)、陜西太白種群(TB)、陜西寧陜種群(NS)、陜西鎮安種群(ZA)、陜西安康種群(AK)、甘肅成縣種群(CX)和四川南江種群(NJ)集中在第二象限;而山東濟南種群(LC)和陜西山陽種群(SY)位于第一象限并與前兩組相距較遠,表明這兩個種群與前兩組差異較大,尤其是山東濟南種群(LC)。

圖3 基于9個微衛星位點的核桃舉肢蛾16個地理種群基于Nei氏遺傳距離矩陣的主坐標分析(PCoA)

2.7 AMOVA分子方差分析

基于STRUCTURE和BAPS分析結果,根據山東濟南種群(LC)和陜西山陽種群(SY)分組的不同分別將16個地區的核桃舉肢蛾種群分為2組(表8)或3組,并對種群的分子遺傳變異進行比較分析。在不同分組條件下,各參數結果呈現一定程度的一致性,FST值都小于0.1,說明群體內個體間存在中等甚至很小的遺傳分化。同時,種群內部的遺傳變異占比都在90%以上(STRUCTURE中為95.42%,BAPS中分別為95.33%和92.71%),而種群間遺傳變異則較小。此外,考慮到其他可能影響種群分布的因素,包括地理阻隔和氣候差異等,進一步的分子變異分層分析結果可以看到,不同分組方式下的遺傳分化FCT值在0.03941～0.06449之間,說明地理阻隔和氣候差異不是影響核桃舉肢種群遺傳結構和地理分布格局的主要因素。

表8 基于9個微衛星位點的核桃舉肢蛾16個地理種群的AMOVA分析

3 討論

本研究根據核桃舉肢蛾轉錄組數據進行微衛星引物的設計,使用非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳和毛細管電泳篩選出9個多態性較高的微衛星位點,并對核桃舉肢蛾的種群遺傳多樣性進行分析,同時對核桃舉肢蛾的種群分布和種群擴散途徑進行探討,為鱗翅目昆蟲的微衛星位點開發提供了參考資料,也為核桃舉肢蛾的防治提供理論參考。

3.1 核桃舉肢蛾的種群遺傳多樣性

在種群遺傳多樣性研究中,等位基因數、觀測雜合度和期望雜合度等參數是衡量種群遺傳多樣性水平的重要指標,其值的大小可反映基因的豐富程度和研究對象對環境的適應能力(謝麗等, 2009)。利用9個微衛星標記對核桃舉肢蛾16個地理種群的遺傳多樣性分析發現,平均每個標記的等位基因數在3～7個,所有位點的平均Ho為0.268,平均He為0.274(表3),表明各種群的遺傳多樣性較低。所有位點的平均PIC為0.260,除SSR05, SSR33和SSR12外,其余6個位點的PIC均大于0.25,為中度多態性位點,可以提供一定的多態信息對核桃舉肢蛾的遺傳多樣性進行分析,這與我們前期基于線粒體基因和核基因的核桃舉肢蛾種群遺傳多樣性分析結果(Wangetal., 2022)是一致的。16個種群的平均Ho和平均He分別為0.268和0.274,其中,北京懷柔區種群(BJ)、河北平山種群(HP)、河南安陽種群(AY)、河南三門峽種群(LB)、山東濟南種群(LC)、山西陽城種群(YC)、陜西洛南種群(LN)、陜西商南種群(SN)和陜西山陽種群(SY)的平均期望雜合度高于平均觀測雜合度(表4),且近交系數FIS為正,皆表明這些種群內有不同程度的近交。然而,陜西眉縣種群(YG)、陜西太白種群(TB)、陜西寧陜種群(NS)、陜西鎮安種群(ZA)、陜西安康種群(AK)、甘肅成縣種群(CX)和四川南江種群(NJ)的種群平均Ho高于平均He且各種群的FIS為負,表明其近交程度很低,可能有大量外來個體補充到當地種群中,或種群經歷了瓶頸效應或奠基者效應(Stoneetal., 2002),這可能與核桃舉肢蛾起源單一,種群擴張歷史較短,尚未積累到足夠的遺傳變異有關,另一個可能的原因則是經濟林木害蟲的種群擴散受人為因素影響更大。

3.2 核桃舉肢蛾的遺傳分化、基因流和遺傳結構

群體間的遺傳分化指數FST又稱為固定系數,反映了種群間的遺傳分化程度。FST越大,表明兩種群間的差異越大,分化程度越高。本研究中,不同地區的核桃舉肢蛾都具有中等程度的遺傳分化,其遺傳分化系數在0.010～0.142之間(表7)。遺傳分化程度與種群間的基因流呈負相關,陜西鎮安種群(ZA)和陜西安康種群(AK)之間的遺傳分化最低,基因流最大。而山東濟南種群(LC)與大多數群體間的遺傳分化系數大于0.1,表明該種群較其他種群有一定程度的遺傳分化。

綜合STRUCTURE和BAPS聚類分析以及主坐標分析的結果發現,雖然不同分析結果存在一定的差異,但不同方法獲得的核桃舉肢蛾的種群遺傳結構具有一定的共性,即將所有種群大致分為兩組:分組1包括北京懷柔區種群(BJ)、河北平山種群(HP)、河南三門峽種群(LB)、山西陽城種群(YC)和陜西商南種群(SN),分組2包括河南安陽種群(AY)、陜西洛南種群(LN)、陜西眉縣種群(YG)、陜西太白種群(TB)、陜西寧陜種群(NS)、陜西鎮安種群(ZA)、陜西安康種群(AK)、甘肅成縣種群(CX)和四川南江種群(NJ),但在山東濟南種群(LC)和陜西山陽種群(SY)的歸屬問題上出現分歧(圖2)。從主坐標分析圖(圖3)可以看到,相對于陜西山陽種群(SY),山東濟南種群(LC)與前述兩組間距離都是最遠的,而在BAPS分析中,當將所有種群分為兩組時,該種群被排除在外,表明其不屬于任何一組,而若將所有種群分為3組時,山東濟南種群則單獨為一組。與此相異的是,在STRUCTURE分析中,最佳分組K取值為2時,山東濟南種群(LC)歸屬于分組1。另一方面,BAPS和STRUCTURE分析在陜西山陽種群(SY)的分組上也存在分歧:在BAPS分析中,山陽種群屬于分組2,而在STRUCTURE中K=2時又屬于分組1,但在K=3時,陜西山陽種群(SY)又和分組1的大部分種群形成一個分組。因此,陜西山陽種群(SY)可能與分組2更相似,這與PCoA分析結果是一致的。綜上所述,排除山東濟南種群(LC),其他15個地區的核桃舉肢蛾種群可分為兩組,組1包括北京懷柔區種群(BJ)、河北平山種群(HP)、河南三門峽種群(LB)、山西陽城種群(YC)和陜西商南種群(SN)共5個種群,分組2則由河南安陽種群(AY)、陜西洛南種群(LN)、陜西眉縣種群(YG)、陜西太白種群(TB)、陜西寧陜種群(NS)、陜西鎮安種群(ZA)、陜西山陽種群(SY)、陜西安康種群(AK)、甘肅成縣種群(CX)和四川南江種群(NJ)共10個種群組成。

3.3 影響核桃舉肢蛾種群遺傳結構的因素

已有許多研究報道,季風、氣流和擴散能力等其他因素也可促進種群擴散并形成特定的種群遺傳結構(Weietal., 2013; Xunetal., 2016)。例如夏季亞熱帶季風有助于許多小型有翅昆蟲通過氣流由東南向西北擴散。然而,核桃舉肢蛾一年1代以幼蟲結繭越冬,次年春季孵化并蛀食核桃果實,羽化后成蟲壽命較短,僅約1周左右(田敏爵等, 2010)。核桃舉肢蛾成蟲過短的壽命和特殊的生活史使其無法借助上述力量進行傳播。此外,核桃舉肢蛾也不具備遠距離遷飛的能力。因此,地理阻隔(河流和山川)尤其是大型河流,可能對其種群擴散的阻礙作用則更為明顯(Wangetal., 2022)。AMOVA分析的群體變異分析和分層變異分析中較高的種群內變異(92.71%和90.05%)也證實了這一點。

結合種群遺傳結構及地理分布來看,核桃舉肢蛾可以分為西部種群和東部種群兩大分支。西部種群主要分布于秦嶺山脈和大巴山一帶,包括河南安陽種群(AY)、陜西洛南種群(LN)、陜西眉縣種群(YG)、陜西太白種群(TB)、陜西寧陜種群(NS)、陜西鎮安種群(ZA)、陜西山陽種群(SY)、陜西安康種群(AK)、甘肅成縣種群(CX)和四川南江種群(NJ);東部種群則主要覆蓋太行山及其東部和南部平原地區,由北京懷柔區種群(BJ)、河北平山種群(HP)、河南三門峽種群(LB)、山西陽城種群(YC)和陜西商南種群(SN)組成。核桃栽培歷史悠久,核桃舉肢蛾作為核桃的專食性害蟲,其種群分布與宿主植物具有一定程度的一致性。胡昳恒等(2014)利用核基因ITS對秦嶺地區和四川的核桃種群遺傳結構分析發現,秦嶺南北坡核桃群體與東北和四川地區核桃群體存在明顯的差異,并進一步確定秦嶺核桃自然種群在歷史上并未經歷種群擴張,表明山系對核桃自然種群的分布影響不大。

此外,陜西山陽種群(SY)與西部秦嶺地區種群處于同一分組內,而山東濟南種群(LC)又與其他種群差異較大?？赡茉蚴墙鼛资陙?核桃果仁較高的營養價值被廣泛認可,經濟利益驅使我國甚至世界核桃種植面積快速擴張,促進核桃種苗的遠距離運輸和移植,進一步促進了核桃舉肢蛾的長距離傳播和擴散,即核桃舉肢蛾種群的地理分布可能受到了人為因素等的干擾,這也是農林害蟲種群遺傳結構表現異常的主要原因。