轉錄組
- 不同品種綿羊肌內脂肪沉積相關miRNA的篩選與功能預測
含量并對其進行轉錄組測序（RNA-Seq），篩選綿羊脂肪沉積相關的差異表達miRNA。結果表明，灘羊肌內脂肪含量顯著高于杜泊羊，極顯著高于小尾寒羊；杜泊羊肌內脂肪含量顯著高于小尾寒羊。轉錄組測序質量良好。3個品種綿羊共鑒定到134個已知miRNA和153個預測miRNA，這些 miRNA的長度主要介于21～23 nt，且首位堿基對U堿基具有明顯偏好性。以P ≤0.05和|log2FC|>1（FC為差異倍數）為篩選條件，3個比較組共獲得42個差異表達miRN
江蘇農業學報 2023年7期2023-12-13
- 基于表型組和轉錄組數據研究光對煙草早期幼苗發育的影響
在此基礎上采用轉錄組學研究了其發育第4天基因表達網絡差異。結果表明，光下種子發芽勢和發芽率提高約30%，子葉開口長增加約2?cm，而下胚軸長度縮短約2?cm。在早期幼苗發育階段有551個基因差異表達受光誘導，其中364個表達上調，187個表達下調。551個基因中有28個在蛋白水平存在互作關系，其中包括、、等15個上調表達基因和、和等13個下調表達基因。GO富集表明，這28個DEGs主要與光合作用、光系統、植物激素響應有關。綜上所述，本研究解析了煙草早期幼苗
中國煙草科學 2023年5期2023-12-03
- 珍珠蘆薈白化苗的轉錄組分析
蘆薈；白化苗；轉錄組；光合作用；基因表達中圖分類號：Q943.2 文獻標識碼：A植物葉色白化是植物葉色突變的常見類型，在植物界普遍存在，目前已在擬南芥（Arabidopsisthaliana）、玉米（ Zea mays） 、荔枝（ Litchichinensis）、大麥（Hordeum vulgare）、水稻（Oryzasativa）、蘭花（Cymbidium ssp.）等眾多植物中發現葉片白化現象[1-7]。葉色白化產生的內在原因主要與葉綠素含量降低，光
熱帶作物學報 2023年9期2023-11-11
- EMS誘導紅陽獼猴桃耐寒突變體的篩選及轉錄組分析
突變體，并通過轉錄組分析探究其脅迫響應機制。該研究以紅陽獼猴桃葉片為實驗材料，在組培時（4.4 g·L-1 MS+4.5 g·L-1 瓊脂+1.5 mg·L-1 6-BA+0.1 mg·L-1 NAA+15 g·L-1蔗糖+0.01～0.10 g·L-1 EMS）利用EMS誘導技術誘導突變體，并在低溫環境下篩選出耐寒突變體。選出的耐寒突變體和正常紅陽獼猴桃組培苗先進行4 ℃ 12 h寒脅迫處理，再進行轉錄組測序分析。結果表明：（1）通過初步的表型鑒定，當E
廣西植物 2023年9期2023-11-01
- 基于轉錄組測序的紅萍SSR和SNP特征分析
濃度脅迫下紅萍轉錄組中SSR、SNP分子標記的詳細情況，分析轉錄組數據中分布的SSR和SNP位點。通過提取紅萍根和葉的RNA，構建cDNA文庫并利用二代測序平臺進行高通量測序，利用MISA對測序數據進行SSR特征分析，同時采用軟件STAR進行比對并通過GATK進行SNP識別。結果表明：紅萍轉錄組共有9 009個SSR位點，SSR位點頻率為30.12%。其中，以三核苷酸重復和單核苷酸重復為主，分別占總比例的43.66%和26.41%。SNP位點有439 21
福建農業科技 2023年6期2023-10-10
- 基于滇黃精轉錄組序列的SSR標記開發及其在黃精屬資源分析中的應用
研究基于滇黃精轉錄組序列開發簡單重復序列（SSR）標記并將其應用于黃精屬資源分析。設計合成了45對SSR引物，經PCR擴增驗證，選擇其中20對SSR引物對75份黃精屬資源進行分析。結果表明，共在46 416個Unigene中檢出含有二核苷酸～六核苷酸重復類型的SSR位點60 238個，序列SSR發生頻率為22.78%，平均分布距離約7.07 kb；SSR位點中的主導類型是二核苷酸和三核苷酸重復，分別占50.06%和34.89%。測試的45對SSR引物中有3
江蘇農業學報 2023年5期2023-09-19
- 藥用植物滇黃精種植研究進展
種；病害防治；轉錄組中圖分類號 ：R285.5 ???文獻標志碼 ：A ???文章編號 ：1007-2349（2023）08-0093-05滇黃精（ Polygonatum kingianum ?Coll.et Hemsl.），又稱為節節高、馬尾根、牛尾巴薯、仙人飯 ?［1］。滇黃精具滋陰、健脾潤肺、益腎的功效，用于治療氣虛、肺虛燥咳、精血不足等，又是數十種滋補性中醫復方或中成藥的重要組分，自古被民間及醫藥學家所重視 ?［2-4］。滇黃精還是《中國藥典》（
云南中醫中藥雜志 2023年8期2023-09-08
- 基于全基因組鑒定華石斛優良內參基因
利用之前華石斛轉錄組數據，篩選出164 個變異系數低（CV≤0.2）和表達量中等（TPM 在10～300之間）的候選內參基因。為了避免共表達現象對內參基因穩定性分析的影響，根據GO 功能聚類分析結果，從不同的功能群中共篩選出24 個候選基因。為避免模板中可能殘留的基因組DNA 在RT-qPCR 擴增過程中產生假陽性，本研究設計了跨越內含子引物，并通過電泳篩選出符合要求的15 個候選內參基因的擴增引物。為了確保RT-qPCR 擴增的特異性，使用LightCy
熱帶作物學報 2023年7期2023-08-14
- 大白菜葉片響應菌核病侵染的轉錄組分析
白菜；菌核??；轉錄組；差異表達基因中圖分類號：S436.341.1 文獻標識碼：A大白菜（Brassica campestris syn. rapa L. ssp.pekinensis）原產中國，屬于十字花科蕓薹屬，是我國栽培面積最大的蔬菜作物之一。大白菜菌核病是由核盤菌[Sclerotinia sclerotiorum （Lib.） deBary]引起的一種具有土傳性的真菌病害，主要危害葉片和莖稈。近年來大白菜菌核病呈逐年上升趨勢，在福建省，每年12—4
熱帶作物學報 2023年6期2023-07-20
- 基于高通量測序的建蘭轉錄組信息分析
要：為獲得建蘭轉錄組信息，以花發育3個時期為研究對象，進行轉錄組測序、組裝、注釋及差異基因分析。結果表明：共獲得120.86 Gb clean reads，組裝得到56804個Unigenes，平均長度為1502 bp，其中34324條Unigenes獲得注釋，占所有Unigene的60.43%。33908條Unigenes在NR數據庫中得到注釋，與石斛的匹配度最高；18459條Unigene被注釋到GO數據庫中的50個分支；在KEGG中共注釋到13145
福建農業科技 2023年3期2023-06-15
- 堿地番茄果實相關性狀變化及差異表達基因分析
品種。同時利用轉錄組測序技術對響應不同土壤栽培條件的果實品質相關差異基因進行分析，以期為在堿性土壤下種植高品質番茄提供理論依據。研究結果如下：堿性土壤對番茄的株高、莖粗和果實產量均有明顯的抑制作用；堿性土壤條件下，番茄果實的可溶性固形物、可溶性糖、有機酸、維生素C等含量均明顯提高，其中維生素C含量較正常土壤高出31.98%～99.58%。番茄各品種中草莓2號的產量和果實品質較好。取優質的番茄品種草莓2號，在正常土壤和堿性土壤栽培條件下的果肉和果膠，進行轉錄
江蘇農業科學 2023年9期2023-06-04
- 基于CiteSpace的國內植物轉錄組研究文獻計量分析
白玉娥摘要轉錄組研究是發掘功能基因的重要途徑之一，是基因功能及結構研究的基礎和出發點。利用CiteSpace信息可視化軟件對CNKI數據庫中2000—2021年1302篇植物轉錄組研究文獻的研究機構、作者、關鍵詞等內容進行分析，結果表明：我國植物轉錄組研究發文量呈現3個階段，發文量整體呈上升趨勢；發文作者、研究機構主要集中在高校和科研院所，存在的合作關系較少?；?span class="hl">轉錄組測序技術進行的分子標記、功能注釋、不同條件下基因差異表達、代謝通路成為研究熱點。功能
防護林科技 2023年3期2023-05-30
- 虱螨脲對棉鈴蟲葉酸一碳庫代謝途徑的影響
3齡幼蟲，通過轉錄組測序、葉酸含量測定、葉酸飼喂試驗和分子對接技術分析了虱螨脲對棉鈴蟲葉酸一碳庫代謝途徑的影響。結果表明，棉鈴蟲幼蟲差異基因數量隨虱螨脲處理后時間的延長而增多，主要富集在葉酸一碳庫、氧化還原活性、幾丁質結合、氨基酸合成、嘌呤合成與代謝以及離子跨膜運輸等途徑上，其中葉酸一碳庫代謝通路在處理后0.5 h極顯著富集（P=6.35×10-5）。棉鈴蟲幼蟲的葉酸含量隨著虱螨脲處理后時間的延長而顯著降低，處理后24 h葉酸含量為4.53 μg/100
植物保護 2023年2期2023-05-30
- 雪膽屬轉錄組的EST-SSR分子標記開發
雪膽2個種進行轉錄組測序，檢測SSR位點并設計引物，通過PCR擴增和毛細管電泳檢驗引物的有效性和多態性，并分析種間和種內遺傳多樣性。［結果］從200對引物中篩選出6對具有高多態性的引物，每對引物檢測到的等位基因數5～8個，平均值6.333 3個。有效等位基因（Ne）為2.480 7～4.982 8個，平均值3.760 8個。多態信息含量（PIC）為0.549 5～0.758 3，平均值0.672 9。遺傳多樣性分析顯示，種間和種內居群均存在明顯的遺傳分化。
安徽農業科學 2023年9期2023-05-29
- 橄欖果實轉錄組SSR和SNP/InDel位點特征
關鍵詞：橄欖；轉錄組；簡單重復序列；單核苷酸多態性；插入缺失標記中圖分類號：S667.5 文獻標識碼：A橄欖（Canarium album）是我國熱帶亞熱帶地區特色果樹，其果實富含多種營養和藥用成分，在我國福建、廣東、四川、廣西等地區廣泛栽培。福州市是我國橄欖最主要的產地之一，“福州橄欖”品牌于2011 年獲得農業部地理標志保護品牌，2017 年品牌價值評估達20.80 億元人民幣，入選全國農產品百強[1]。福州市傳統栽培的橄欖品種主要包括長營、惠圓、檀香
熱帶作物學報 2023年4期2023-05-16
- 黑翅土白蟻工蟻和兵蟻轉錄組測序比較及表達分析
蟻和兵蟻進行了轉錄組測序分析，了解不同品級的轉錄組特征，豐富白蟻轉錄組數據信息，為探明黑翅土白蟻品級分化的分子機制打下基礎。經過測序獲得質量值高于20的堿基比例（Q20）均不低于98%的數據，所有reads組裝成65 604個Unigenes，平均長度337.78 bp;將所得序列注釋到NR、NT、KOG、GO和KEGG等數據庫進行比對，所得Unigenes均被注釋。兵蟻與工蟻差異基因的上調基因有與能量代謝及蛋白質翻譯有關，下調相關基因有與能量運輸相關，差
天津農業科學 2022年6期2022-07-19
- 高溫脅迫下蘿卜苗期的轉錄組分析
下蘿卜幼苗進行轉錄組測序分析，篩選不同耐熱性蘿卜品種間的差異表達基因，為闡明蘿卜幼苗響應高溫脅迫的分子機制提供理論參考?！痉椒ā恳阅蜔崽}卜品種1116T和熱敏感蘿卜品種Wr129為對象，對其進行高溫（40 ℃）脅迫處理0（常溫，對照）和24 h，提取各時間點樣品總RNA進行轉錄組測序，以|log2Fold Change|≥1，Pv/Fm）和總葉綠素含量均下降，但1116T的下降幅度較小?！窘Y論】Wr129和1116T的耐熱性存在明顯差異，其原因是1116T
南方農業學報 2022年3期2022-06-15
- 1-MCP和SO2保鮮劑處理陽光玫瑰葡萄的轉錄組學分析
實分別取樣開展轉錄組學分析，通過實時熒光定量PCR結果證實轉錄組測序結果的可靠性?！窘Y果】從對照和2種保鮮劑處理的轉錄組測序結果中共獲得371.64 Gb的原始數據，各樣品Clean data均達6.03 Gb，GC含量為46.28%～47.53%，Q30≥93.50%，與葡萄參考基因組的匹配率為75.75%～90.23%。1-MCP處理與對照的差異表達基因數在貯藏后13周達最高值，而SO2處理與對照及SO2處理與1-MCP處理的差異表達基因數在貯藏后5周
南方農業學報 2022年3期2022-06-15
- 基于高通量測序的帶魚肌肉組織轉錄組微衛星信息分析
魚肌肉組織進行轉錄組測序，從海量數據中查找微衛星（SSR）位點并進行生物信息學分析，為科學制定帶魚種質資源保護對策和管理措施提供參考依據?！痉椒ā炕贗llumina HiSeqTM 2500高通量測序平臺對采自浙江舟山近海的帶魚肌肉組織進行轉錄組測序，經FastQC和Trimmomatic進行數據質量評估和過濾后，使用Trinity組裝、去冗余得到Unigenes，再運用Micro-Satellite（MISA）挖掘SSR信息，并以Excel 2010計
南方農業學報 2022年3期2022-06-15
- 水稻幼苗響應褐飛虱和稻癭蚊的轉錄組分析
苗表型，并通過轉錄組測序技術分別對褐飛虱接入后24 h和稻癭蚊接入后7 d的水稻幼苗進行轉錄組測序。以水稻日本晴基因組作為參考基因組進行對比，利用FPKM法計算基因表達量，設定參數（|log2FC|>1且P關鍵詞： 水稻;褐飛虱;稻癭蚊;轉錄組中圖分類號： S435.112? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 文獻標志碼： A 文章編號：2095-1191（2022）03-0628-13Transcriptome analysis of rice
南方農業學報 2022年3期2022-06-15
- 青花菜花蕾轉錄組測序分析及蠟粉合成相關基因挖掘
青花菜花蕾進行轉錄組測序分析，并挖掘與蠟粉合成相關基因，為探明青花菜花球表面蠟粉形成的分子機制提供理論參考?！痉椒ā糠謩e提取野生型和蠟粉缺失型青花菜花球總RNA，采用Illumina HiSeqTM2500平臺進行轉錄組測序，獲得高質量Clean reads，采用Trinity進行序列組裝后獲得青花菜Unigene庫，將獲得的Unigene序列與Nr、Nt、KEGG、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot和GO數據庫比對，獲得基因功能注釋信息;使用
南方農業學報 2022年3期2022-06-15
- 海馬齒根系響應鹽脅迫的轉錄組分析
海馬齒根系進行轉錄組測序分析，挖掘海馬齒根系耐鹽相關基因，為揭示海馬齒耐鹽的分子機制提供參考?！痉椒ā坷肐llumina測序技術對0 mmol/L NaCl（對照組）和400 mmol/L NaCl脅迫處理（鹽脅迫處理組）下的海馬齒根系進行轉錄組測序分析，從中篩選出差異表達基因，選取13個基因進行實時熒光定量PCR（qRT-PCR）檢測，以驗證轉錄組數據的可靠性?！窘Y果】在海馬齒根系轉錄組中共鑒定出305145個轉錄本，平均長度為622 bp，其中，對照
南方農業學報 2022年3期2022-06-15
- 不同桑樹品種響應干旱脅迫的比較轉錄組學分析
析?！窘Y果】經轉錄組測序，各樣本的Clean reads范圍為45723096～67280168條，有效堿基數（Clean bases）集中在6.86～10.09 Gb，GC含量在44.84%～46.48%（平均為45.61%），Q30在90.36%～93.07%。差異表達基因（DEGs）篩選結果顯示，6個差異分組（A2 vs A1，B2 vs B1，A3 vs A1，B3 vs B1，A4 vs A1，B4 vs B1）分別篩選出3510、3399、56
南方農業學報 2022年3期2022-06-15
- 柴胡轉錄組SSR的分布及序列特征分析
材料，經高通量轉錄組測序后，使用Trinity對測序結果進行de novo組裝，并利用MISA對組裝得到的Unigenes進行SSR位點搜索，最后統計分析SSR的分布及序列特征?！窘Y果】從轉錄組數據組裝獲得244194條Unigenes，其N50值為1036 bp，平均長度791 bp，總長度193138105 bp。從Unigenes序列中共檢測到50303個SSR位點，去除20405個復合型SSR位點，以29898個單一型SSR位點為后續分析對象。轉錄
南方農業學報 2022年3期2022-06-15
- 基于轉錄組測序技術分析愈創木酚對禾谷鐮刀菌的抑菌機制
長，本研究利用轉錄組測序分析愈創木酚對禾谷鐮刀菌的作用機制，采用RNA-Seq技術從轉錄組水平分析禾谷鐮刀菌在0.4 μl/ml愈創木酚脅迫下的響應機制。結果顯示，共篩選到905個差異表達基因表達量發生了變化，其中表達量上調的基因為464個，表達量下調的基因為441個。差異表達基因的COG、GO及Pathway功能分析發現，愈創木酚影響禾谷鐮刀菌氧化應激反應、膜組分及離子運輸途徑。表明，愈創木酚處理后，禾谷鐮刀菌的細胞膜完整性受到了破壞，Ca2+運輸途徑受
江蘇農業學報 2022年2期2022-05-16
- 水稻紫色穎殼突變體的轉錄組分析
6000高通量轉錄組學（RNA-Seq）技術對其自交獲得的突變型、正常型及野生型進行轉錄組測序研究。結果表明：突變型（ME）與野生型（F8）相比上調基因5108個、下調基因4288個，自交分離正常表型（PD）與野生型（F8）相比上調基因4653個、下調基因4397個，自交分離正常表型（PD）與突變型（ME）相比上調基因2078個、下調基因2829。GO功能富集分析表明水解酶活性類基因差異表達變化顯著;KEGG Pathway分析結果表明，與野生型相比，在類
福建農業科技 2022年2期2022-04-27
- 基于轉錄組的不同火龍果品種抗性差異分析
）兩個品種進行轉錄組測序分析，并參考GO Ontology、KEGG等公共數據庫對差異表達基因進行功能分類與富集分析。結果表明：（1） BR與EY共有14 248個差異基因，其中5 446個基因上調，8 802個基因下調。（2） 相關GO功能分析表明這些差異基因主要參與酶催化活性、細胞組分、代謝過程等，其中參與氧化還原酶活性的349個差異基因在BR中表達量上調。（3）KEGG通路分析顯示，大部分差異基因富集在新陳代謝和生物合成等，其中參與角質、木栓質和蠟質
廣西植物 2022年2期2022-03-16
- 制干辣椒果實辣椒素對干旱、鹽及其雙重脅迫的響應
量，并送樣進行轉錄組測序。結果表明，W1處理下辣椒素含量較對照增加107.11%，W2處理時辣椒素含量下降73.01%;含鹽處理均能提高辣椒素含量，其中W2S1處理的較對照高392%。鹽、旱脅迫主要影響苯丙烷生物合成途徑，其中HCT、4CL、CAD等基因表達受影響較大;聚類分析表明BCKDHE2、ENRb等基因主要響應干旱脅迫，CCR、GS2 主要響應鹽脅迫。由上可知，適度干旱和鹽脅迫均能提高辣椒素含量;干旱加劇時與鹽分的復合效應更顯著，對辣椒素積累的促進
中國瓜菜 2022年2期2022-03-12
- 基于轉錄組學的川芎嗪改善增生性瘢痕機制研究
[目的]基于轉錄組學分析川芎嗪治療增生性瘢痕的分子機制。 [方法]獲取臨床手術的增生性瘢痕組織，利用組織塊培養法培養分離瘢痕成纖維細胞，分為對照組和川芎嗪組（10 mg/mL）。采用轉錄組學測序技術及 GO、KEGG 通路富集分析，研究增生性瘢痕成纖維細胞各基因的表達。 [結果]轉錄組學分析結果得到川芎嗪參與調控2 783個差異基因，GO及 KEGG 通路富集分析顯示以上基因主要富集于DNA復制，細胞周期，類固醇生物合成錯配修復，p53信號通路，蛋白質的
安徽農業科學 2021年23期2021-12-18
- 基于轉錄組測序的椰心葉甲嚙小蜂SSR、SNP和InDel位點分析
寄生蜂，分析其轉錄組序列中的SSR、SNP和InDel位點信息，可以為開發新的分子標記，深入研究其遺傳多樣性、種群遺傳結構和歷史動態等提供數據支撐。本研究基于轉錄組數據，利用MISA軟件和Varscan軟件對Unigene進行SSR、SNP和InDel位點進行搜索。在11 802條Unigene中共獲得29 754個SSR位點，平均每1.72 kb含有1個SSR位點，發生率為39.96%。SSR片段為10～382 bp，長度具有顯著差異，平均長度為23.9
熱帶作物學報 2021年10期2021-12-08
- 水稻苗期高溫RNA-SEQ分析
利用水稻苗期轉錄組數據，分析在高溫處理條件下不同時間段基因表達水平變化，篩選出可能參與高溫熱害的基因。LOC_Os04g04970、LOC_Os03g15960和LOC_Os03g51459，其在受到熱處理1 h的表達水平顯著上調，隨著熱處理的時間延長，其表達水平逐漸降低，可能與熱處理相關。該研究可為進一步揭示水稻苗期高溫熱害分子生物學研究提供參考。關鍵詞 水稻;苗期;高溫脅迫;轉錄組中圖分類號 S 511? 文獻標識碼 A文章編號 0517-6611（
安徽農業科學 2021年20期2021-11-25
- 荔枝蝽 Tessaratoma papillosa卵黃原蛋白及受體的序列及時空表達分析
?！痉椒ā坎捎?span class="hl">轉錄組測序的方法，對荔枝蝽小同發育時期及組織進行轉錄組測序。通過篩選荔枝蝽的轉錄組數據和分子克隆的方法獲得荔枝蝽卵黃原蛋白及其受體基因，并利用實時熒光定量PCR（ qRT-PCR）分析其在小同發育階段和組織部位的時空表達情況?！窘Y果】獲得荔枝蝽3個卵黃原蛋白基因（Tpapi Vgl，Tpopi Vg2，Tpapi Vg3）和1個卵黃原受體蛋白基因（Tpapi_VgRs）。對4個基因進行分析，發現其均具有典型的保守結構域，是典型的昆蟲Vg和Vg
福建農業學報 2021年7期2021-11-12
- 基于轉錄組測序的芒果過敏原基因鑒定及表達分析
果果實和葉片的轉錄組測序結果，篩選出潛在過敏原基因，并分析其在不同組織中的表達模式，為選育低過敏性的芒果品種提供理論依據?！痉椒ā刻崛∶⒐麑嵑腿~片總RNA，構建cDNA文庫，利用Illumina HiSeq 4000進行轉錄組測序（測序讀長為150 bp），從原始數據中篩選獲得Clean reads，并利用Trinity進行組裝，得到Unigenes，將其提交至NR數據庫和Pfam數據庫進行功能注釋，從而篩選潛在的過敏原基因。通過實時熒光定量PCR （q
南方農業學報 2021年7期2021-11-03
- 轉錄組數據挖掘技術在單萜生物合成相關基因分析中的應用
之效。關鍵詞：轉錄組;數據挖掘;東紫蘇單萜生物合成;相關基因引言紫蘇主要分為9種化學型，主要依據紫蘇醛、檸檬烯、紫蘇酮、異白蘇烯酮、紫蘇烯、香薷酮等單萜的百分含量變化進行劃分。由此可見化學型的劃分主要是依據主成分含量的變化規律，因此本研究根據東紫蘇葉揮發油主成分1，8-桉葉油醇、α-乙酸松油酯及α-蒎烯、β-蒎烯含量的變化規律來劃分化學型是合理的。1東紫蘇的概述東紫蘇（ElsholtizabodinieriVaniot）又名鳳尾茶、小山茶、云松茶、牙刷草、
科技信息·學術版 2021年14期2021-10-21
- 甘蔗NBS-LRR類抗梢腐病基因的篩選及定量表達分析
mina高通量轉錄組測序技術檢測高抗梢腐病品種‘粵糖94-128和高感梢腐病品種‘桂糖37號接種前后NBS-LRR類抗梢腐病基因的表達情況，然后設計引物對顯著差異表達基因進行不同接種時期下的熒光定量PCR驗證。結果表明，16個NBS-LRR類基因在甘蔗葉片受到梢腐病菌侵染后持續上調表達，但表達趨勢存在兩種情況，13個基因在誘導后7 d顯著或極顯著上調表達，3個基因在誘導7 d后上調表達不顯著，在誘導14 d后才顯著上調表達。據此可將其分為瞬時基礎防御基因（
植物保護 2021年5期2021-10-12
- 鹽脅迫下垂穗披堿草葉片轉錄組差異表達分析
披堿草葉片進行轉錄組測序。結果表明，共獲得轉錄本序列數量為462 235條，經過注釋分析獲得單基因序列數量229 597條，這些差異基因涉及氨基酸的合成和代謝、淀粉和蔗糖代謝、類黃酮生物合成、碳代謝和植物激素信號傳導等途徑，可作為研究垂穗披堿草鹽脅迫響應主要研究機制。熒光定量PCR（qRT-PCR）驗證表明，挑選的7個差異表達基因的表達趨勢與測序結果相一致，說明測序結果準確可靠。本研究測序結果為垂穗披堿草的基因功能分析、分子標記開發和遺傳多樣性研究提供了理
江蘇農業科學 2021年18期2021-09-28
- 水稻響應熱脅迫核心基因的篩選與鑒定
迫條件下的水稻轉錄組數據，通過HTSeq和DESeq軟件篩選差異表達基因;對其進行功能富集和構建蛋白質互作網絡，鑒定最重要模塊中的核心基因。結果顯示：水稻熱脅迫0 h、1 h、6 h和12 h條件下，共有278個差異表達基因，生物學過程主要富集在刺激反應和蛋白質折疊上;鑒定出含有12個基因的重要模塊.基因表達模式顯示重要模塊中7個核心基因受熱脅迫誘導上調，推測這7個核心基因在水稻響應熱脅迫過程中發揮關鍵作用。關鍵詞： 水稻;高溫脅迫;核心基因;轉錄組中圖分
江蘇農業學報 2021年4期2021-09-17
- 擬環紋豹蛛轉錄組數據SSR序列特征分析
基于擬環紋豹蛛轉錄組數據，使用微衛星鑒定工具軟件（MISA） 挖掘和分析其簡單序列重復（SSR）位點。結果表明：擬環紋豹蛛轉錄組Unigene序列中共檢測到6474個SSR位點，平均長度為12.36 bp，分布于4411條Unigene上。單核苷酸重復類型為擬環紋豹蛛轉錄組SSR位點的主導基序類型，共5025個，占總SSR位點的77.62%;在擬環紋豹蛛轉錄組序列識別的6474個SSR中共發現了53種重復基元，從單核苷酸到五核苷酸重復基元分別有2種、6種、
山地農業生物學報 2021年4期2021-09-13
- 西藏大花紅景天EST-SSR開發及通用性分析
ISA軟件篩選轉錄組測序獲得的48 790條unigene，開發EST-SSR（表達序列標簽-微衛星序列）并對其通用性進行分析，以期為紅景天屬物種的遺傳多樣性研究和分子標記輔助育種奠定基礎。結果表明，共檢測出10 761個SSR位點，分布于8 973條unigene中，分布頻率為22.06%，平均分布距離為4.725 kb。優勢重復基序以單核苷酸、二核苷酸、三核苷酸為主，其中單核苷酸重復單元以基序A/T為主，共7 167個，二核苷酸重復單元以AG/CT為主
江蘇農業科學 2021年11期2021-07-26
- 軟腐病菌侵染下菜心葉片的轉錄組分析
病菌侵染下菜心轉錄組功能基因信息，采用BGISEQ-500高通量測序技術對軟腐病菌侵染下菜心葉片進行轉錄組測序，平均每個樣獲得47.27 M clean reads，Q20值均大于95%，共檢測到表達的Unigene為36 760個，其中已知的有35 327個，預測新Unigene有1 433個;共檢測出19 549個新轉錄本，其長度主要集中在300～2000 nt。功能注釋結果顯示，有32 047個Unigene在Nr數據庫獲得注釋，其中注釋到蕓薹屬白菜
熱帶作物學報 2021年5期2021-07-20
- 水稻幼穗響應鹽脅迫的轉錄組分析
的幼穗，并進行轉錄組測序研究。結果發現，以0 h的幼穗為對照，58M品系在鹽脅迫6 h后檢測到表達上調基因1483個，下調基因1085個;鹽脅迫24 h后上調基因937個，下調基因459個。58L品系在鹽脅迫6 h后有931個基因上調，2614個下調基因;鹽脅迫24 h后有930個基因上調，1299個下調基因。通過韋恩圖分析發現，鹽脅迫6 h后有178個基因在58M品系中上調，在58L中下調;鹽脅迫24 h后有30個基因在58M品系中上調，在58L中下調。
熱帶作物學報 2021年5期2021-07-20
- 寄生蜂轉錄組學研究進展
關鍵詞寄生蜂;轉錄組;研究進展在所有昆蟲種類中，寄生性昆蟲約占20%左右，已知的寄生蜂種類超10萬種。寄生蜂分為外寄生和內寄生兩類，外寄生是指寄生蜂把卵產在寄主體表，幼蟲孵化后從體表攝取寄主營養;內寄生是把卵產在寄主體內，幼蟲孵化后取食寄主體內的組織。有些寄生蜂可以導致寄主種群大量個體死亡，因此應用寄生蜂來防治害蟲在實際生產中得到了廣泛應用。寄生蜂的應用價值使得人們不滿足于對其生物學特性的研究，而是研究越來越深入，逐漸轉向分子機理的研究。盡管新一代測序技術
植物保護 2021年2期2021-04-30
- 玉米自交系響應高溫、干旱脅迫的關鍵基因及通路
的苗期植株進行轉錄組測序。玉米自交系響應高溫和干旱脅迫的差異表達基因（DEGs）分別為6 966和6 272個，在高溫和干旱脅迫下4個玉米自交系相同的DEGs分別是705和871個。同時響應高溫和干旱的DEGs有100個。在耐旱、耐熱性強的玉米自交系中鑒定出18個特異的DEGs，其中鋅指轉錄因子、WRKY轉錄因子、GT轉錄因子和B2熱激轉錄因子在脅迫響應中發揮關鍵的調控作用。KEGG通路分析結果表明，耐旱、耐熱性強玉米自交響應高溫干旱脅迫的DEGs富集在生
江蘇農業學報 2021年1期2021-03-25
- 番紅花多柱頭突變體Cs5的轉錄組分析
柱頭;突變體;轉錄組中圖分類號：S567.23+9文獻標識碼：A文章編號：1000-4440（2021）06-1630-03Transcriptome analysis of saffron mutant Cs5 with multiple stigmasLI Jun1，WU Ji-ming2，GAO Guang-chun2，ZHU Zhi-ming3，LI Bai4，JIANG Qi2，ZHOU Hong-yu2（1. School of Modern
江蘇農業學報 2021年6期2021-01-29
- 香樟轉錄組基因密碼子偏好性分析
BI網站中香樟轉錄組數據為材料，利用生物信息學手段評價轉錄組數據質量，選取高質量數據的轉錄組，去除低質量序列，組裝轉錄組，預測基因結構，再利用自編perl腳本提取以AUG開頭的基因序列37 Mb序列34 931個基因，進一步利用CodonW分析基因密碼子偏好性。結果表明：GC含量的變化范圍為0.273～0.742，均值為0.452;ENC的范圍為26.29～61.00，均值為52.76;CAI的范圍為0.064～0.401，均值為0.199;RSCU值大于
廣西植物 2021年12期2021-01-07
- 黃野螟化學感受基因的鑒定與分析
蟲觸角和口器的轉錄組進行了測序，共鑒定到124個化學感受基因，包括50個氣味受體（odorant receptor，OR）基因，19個離子型受體（ionotropic receptor，IR）基因，17個味覺受體（gustatory receptor，GR）基因，19個氣味結合蛋白（odorant binding protein，OBP）基因，17個化學感受蛋白（chemosensory protein，CSP）基因和2個感覺神經元膜蛋白（sensory
植物保護 2021年6期2021-01-04
- 基于卵巢轉錄組中華絨螯蟹大規格親本育苗優勢的分子機理
次基于卵巢比較轉錄組（大規格與一般規格）探討中華絨螯蟹大規格親本潛在的分子優勢。結果表明：2組共檢測到8 772個差異表達基因（5 307個上調，3 465個下調），其中43個常見差異基因出現在與生殖、免疫和生長相關的15條通路中。經qRT-PCR驗證，對其中9個相關基因（包括TRINITY_DN13931_c0_g1、TRINITY_DN1908_c0_g2和TRINITY_DN6686_c0_g1）開展進一步研究。這些被證實的常見差異表達基因主要富集于
江蘇農業科學 2021年23期2021-01-02
- “三臺”核桃不同成熟期果實轉錄組分析
桃 ;成熟度;轉錄組;基因中圖分類號 S 664.1 文獻標識碼 A 文章編號 0517-6611（2020）23-0165-05doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2020.23.041Transcriptome Analysis of Santai Walnut Fruits at Different Ripening StagesHE Na， GENG Shu-xiang， NING De-lu et al（Yunnan Aca
安徽農業科學 2020年23期2020-12-28
- 基于轉錄組測序的西瓜果肉硬度相關基因表達分析
型差異，并利用轉錄組測序技術檢測2個品種間差異表達基因。結果發現，‘甜王西瓜品種果肉硬度是‘京欣3號西瓜的1.9倍，表型與‘京欣3號西瓜具有顯著性差異。轉錄組測序結果顯示，與‘京欣3號西瓜相比，‘甜王西瓜樣品有5 342個基因差異表達，其中2 360個基因上調表達，2 982個基因下調表達。差異基因主要注釋在碳水化合物代謝、信號轉導、脂質代謝等途徑，其中與果肉硬度變化的候選基因主要包括果膠酯酶、果膠裂合酶、聚半乳糖醛酸酶、纖維素酶、纖維素合酶、β-半乳糖苷
中國瓜菜 2020年10期2020-12-14
- 干旱脅迫下野生大豆bHLH家族轉錄組分析
片RNA并進行轉錄組測序。以基因本體論數據庫（GO）、京都基因與基因組百科全書數據庫（KEGG）、NCRI蛋白數據庫（NR）注釋的結果為基礎，以bHLH轉錄因子為關鍵詞進行篩選，再綜合轉錄因子分析中提供的相關數據，共獲得177條相關序列，包括64個bHLH家族成員。通過蛋白網絡互作分析確定了4個干旱相關基因。為進一步研究野生大豆干旱脅迫下bHLH家族抗旱基因提供了理論基礎。關鍵詞：野生大豆;轉錄組;干旱脅迫;bHLH;顯著差異表達基因;轉錄因子中圖分類號：
江蘇農業科學 2020年19期2020-12-09
- 基于轉錄組序列的羊肚菌EST-SSR標記開發與遺傳多樣性分析
析。結果表明，轉錄組測序共獲得73 781條Unigene序列，其中25 461條Unigene序列中含有41 814個簡單重復序列（Simple sequence repeats， SSR）位點，SSR位點發生頻率為34.51%，平均分布距離為2.51 kb。優勢重復序列類型為單核苷酸，占總SSR位點數量的51.39%，其次為三核苷酸和二核苷酸，分別占總SSR位點數量的28.04%和13.35%。A/T、AG/TC、AGC/TCG分別是單核苷酸、二核苷酸
江蘇農業學報 2020年5期2020-12-09
- 多殺菌素影響下黑斑側褶蛙皮膚轉錄組分析
研究對象，通過轉錄組測序的方法研究差異基因的功能和富集通路，預測多殺菌素對黑斑側褶蛙皮膚基因表達的影響。關鍵詞：多殺菌素;黑斑側褶蛙;轉錄組中圖分類號：X174文獻標識碼：A ? ?文章編號：1003-2177（2020）12-0109-020引言多殺菌素（Spinosad），又名刺糖菌素，是由好氧型革蘭氏陽性土壤放線菌刺糖多孢菌（Saccharopoly-spora spinosa）發酵液中提取的一種大環內酯類無公害高效生物殺蟲劑，沒有抑菌活性，但有殺蟲
海外文摘·學術 2020年12期2020-12-06
- 云南火焰蘭轉錄組SSR分布及其序列特征分析
分析云南火焰蘭轉錄組中SSR分布及其序列分布特征，為大量開發EST-SSR引物及開展火焰蘭屬乃至蘭科植物的SSR遺傳多樣性分析、種質資源評價、遺傳圖譜構建及遺傳育種提供理論依據?！痉椒ā恳栽颇匣鹧嫣m無菌苗幼嫩葉片為材料，利用高通量測序技術進行轉錄組測序，使用Trinity對測序結果進行de novo組裝，并以MISA對獲得的Unigene進行SSR位點搜索，然后利用Excel 2010對云南火焰蘭轉錄組中SSR出現頻率、平均分布距離、基元類型及其重復類型組
南方農業學報 2020年7期2020-11-09
- 脊尾白蝦低鹽轉錄組信息挖掘
icauda）轉錄組的測序及分析，篩選出低鹽脅迫下差異表達顯著的基因并進行實時定量驗證，同時進行KEGG通路富集分析，挖掘低鹽脅迫相關信號通路，以期闡明脊尾白蝦在低鹽環境下的生理調控機制。轉錄組數據分析發現，脊尾白蝦機體可能通過磺基轉移酶活性的變化來調控類固醇、激素水平。表皮蛋白AMP5樣的表達量的變化表明低鹽脅迫可能影響脊尾白蝦節間膜的形成。低鹽脅迫試驗實時定量結果顯示，基因在鰓、肝胰腺和肌肉中的表達情況各有不同，并隨時間的變化，基因的表達量也會有所波動
安徽農業科學 2020年19期2020-11-02
- 藤茶高通量轉錄組分析及黃酮類化合物合成相關基因挖掘
對藤茶葉片進行轉錄組測序，經過濾處理后運用Trinity組裝，將獲得的Unigene與Nr、Nt、Pfam、Swiss-Prot、GO、KO和KOG 7個數據庫進行比對注釋，并預測Unigenes的編碼區序列（CDS）;基于KEGG信號通路富集分析，發掘藤茶黃酮類化合物合成相關基因?！窘Y果】藤茶葉片轉錄組測序獲得82126236條原始測序序列（Raw reads），過濾處理后得到80156972條高質量序列（Clean reads），進一步組裝拼接得到92
南方農業學報 2020年8期2020-11-02
- 牛大力淀粉酶基因家族的生物信息學分析
大的牛大力根的轉錄組測序結果，采用生物信息學技術對篩選到的28 個牛大力淀粉酶基因進行分析。結果表明：28 個牛大力淀粉酶相關蛋白基因編碼的氨基酸序列分子量為20.78～349.39 KDa;均為酸性蛋白部分;部分亞細胞定位在葉綠體;具有PLN02784 super family、AmyAc-family super family結構域;二級結構中除MsAm1、MsAm7、MsAm8、MsAm15、MsAm16、MsAm22、MsAm23、MsAm28中α
廣西植物 2020年9期2020-11-02
- 紅鰭東方鲀與雜交鲀的性腺轉錄組比較分析
和精巢組織進行轉錄組測序與生物信息學分析。結果表明：通過分析與篩選共得到差異表達基因（DEGs）4 157個（卵巢組織）和8 260個（精巢組織）。其中卵巢組織樣本（O_2vsO_1）中表達上調的差異基因有1 912個，表達下調的有2 245個;精巢組織樣本（T_2vsT_1）中表達上調的差異基因有4 234個，表達下調的有4 026個。通過GO功能注釋與KEGG富集分析，在卵巢組織樣本中（O_2vsO_1），差異表達基因主要歸納為93個功能類別與153條
安徽農業科學 2020年18期2020-10-09
- 羅氏沼蝦轉錄組密碼子使用偏好性分析
?以羅氏沼蝦轉錄組數據為數據來源，通過研究羅氏沼蝦轉錄組的密碼子使用參數（如有效密碼子的數量和相關密碼子堿基的具體組成信息等），并且采用Codon W 1.4.4深入開展了統計和計算。研究結果顯示，同義密碼子第三位核苷酸和表達基因密碼子GC含量均值分別為0.40和0.45。從整體上看，ENC的平均值等于52.72，其中絕大部分的ENC值小于35。采用高頻密碼子的研究方法獲得GAU、GAA、UUU、AAU、CCA等5個高頻密碼子。通過最優碼子分析法確定16
現代農業科技 2020年16期2020-09-15
- Wolbachia對土耳其斯坦葉螨生殖影響的轉錄組測序分析
坦葉螨品系進行轉錄組測序。結果表明：感染Wolbachia后，葉螨體內一些與生殖相關的基因發生明顯變化，其中3 810個基因在雌成螨中受到影響，2 885個基因在雄成螨中受到影響;其中一些參與脂質轉運、氧化還原反應、消化及解毒作用的基因具有明顯的性別特異性。這為內共生菌Wolbachia引起宿主生殖調控提供了新的理論依據。關鍵詞 土耳其斯坦葉螨; Wolbachia; 轉錄組; 生殖調控中圖分類號：S 476文獻標識碼： ADOI： 10.16688/j.
植物保護 2020年4期2020-08-25
- 懷菊轉錄組中SSR位點信息分析
魏碩摘要：以轉錄組測序數據為基礎，利用MISA軟件對簡單重復序列（simple sequence repeat，簡稱SSR）進行檢測及分析，分析懷菊轉錄組中的SSR位點信息，并設計SSR引物，為后期SSR標記的開發和物種遺傳多樣性檢測等提供參考。結果表明，共檢測到8 553個SSR位點，它們分布在 7 369 條Unigene中，出現頻率為2.83%，SSR位點的發生頻率為2.44%;其中單核苷酸重復基序最多、其次為三核苷酸重復基序。懷菊轉錄組基序長度主
江蘇農業科學 2020年11期2020-08-04