分子對接
- 基于網絡藥理學研究補陽還五湯治療脊髓損傷的作用機制
網絡藥理學、分子對接驗證補陽還五湯治療脊髓損傷的作用機制。方法?通過TCMSP、SymMap、PubChem、Swiss?Target?Prediction數據庫篩選補陽還五湯的活性成分和靶點。從OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank數據庫檢索脊髓損傷的靶點。通過venny軟件獲取補陽還五湯與脊髓損傷的交集靶點。用Cytoscape軟件構建補陽還五湯治療脊髓損傷的活性成分-靶點網絡。通過DAVID數據庫對共同靶點進行基因本體論和京都基因與基
中國現代醫生 2024年1期2024-01-17
- 分子對接闡明草甘膦與水稻醛酮還原酶（OsALR2）的作用及QsALR2的表達純化
稻；草甘膦；分子對接；原核表達；包涵體變復性；酶活測定草甘膦（glyphosate）是一種重要的除草劑，具有內吸傳導性強，廣譜，藥效好，靶向性高，環境兼容性高等優點。草甘膦以植物葉綠體中5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合成酶（5-enolpyruvate shikimate-3phosphate synthase，EPSPS）為靶標。EPSPS是莽草酸代謝途徑的第6個酶，負責催化磷酸烯醇式丙酮酸（PEP）和磷酸莽草酸（S3P）生成5一烯醇式丙酮酰莽草酸-3-
植物保護 2023年6期2023-12-28
- 基于網絡藥理學和分子對接探討宣肺潤燥解毒方治療新冠肺炎的作用機制
網絡藥理學和分子對接技術，探究宣肺潤燥解毒方治療新冠肺炎的分子機制。方法 利用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）、TCMID數據庫篩選宣肺潤燥解毒方活性成分，利用有關數據庫篩選新冠肺炎相關靶點。以Cytoscape軟件構建“藥物-化合物-靶點”網絡，并用分子對接驗證有效成分與靶點親和力。結果 篩選出宣肺潤燥解毒方有效成分3019個，潛在靶點525個。分子對接結果顯示活性成分槲皮素、木犀草素、漢黃芩素與關鍵靶點ATK1、TNF、TP53具有良好親和
右江醫學 2023年7期2023-08-10
- 威靈仙-白花蛇舌草藥對抗癌作用機制研究
關鍵靶點進行分子對接驗證.關鍵靶點為ESR1，重要活性成分為槲皮素、阿魏酸和恩貝林，這三種藥物的活性成分均與疾病靶點蛋白有著較好的結合性.威靈仙-白花蛇舌草藥對可能對治療癌癥疾病起著重要作用.關鍵詞：網絡藥理學；威靈仙；藥對；癌癥；分子對接[? ?中圖分類號? ? ]S[? ? 文獻標志碼? ?]? AMechanism of Couplet Medicines of Clematis chinensis Osbeckand Hedyotis diffus
牡丹江師范學院學報（自然科學版） 2023年3期2023-08-09
- 金錢菇中降血壓肽的純化和磁性脂質體分離鑒定
其結構，利用分子對接分析其結合血管緊張素I轉化酶（angiotensin-I converting enzyme， ACE）的能力。結果表明：對金錢菇提取液用透析、超濾的方法進行純化后，蛋白含量由37.67%提高至51.18%，多糖含量由26.80%降低至6.90%，ACE抑制率由61.83%提高至79.77%，純化后更有利于分離降血壓肽；用MA-IML粒子吸附分離出金錢菇純化液中的降血壓活性組分，經反相高效液相色譜法分析其為單一組分，該組分為五肽，其氨基
廣西科技大學學報 2023年3期2023-07-17
- 基于生物信息學及分子對接研究天牛止眩膠囊治療原發性高血壓的潛在活性成分及分子機制
生物信息學及分子對接，探討天牛止眩膠囊治療原發性高血壓（essential?hypertension，EH）的潛在活性成分及分子機制。方法?利用中藥系統藥理學數據庫和分析平臺、BATMAN-TCM平臺篩選天牛止眩膠囊的活性成分及藥物靶點，使用GeneCards、PharmGkb、TTD、DrugBank檢索EH的疾病相關靶點，采用Cytoscape3.8.0軟件構建“藥物–成分–靶點”網絡圖，應用STRING平臺進行蛋白質–蛋白質相互作用分析，使用R軟件包
中國現代醫生 2023年16期2023-07-04
- 基于網絡藥理學探討益氣補肺顆粒對肺癌的免疫調節機制
Dock進行分子對接。結果?益氣補肺顆粒含有潛在活性成分129個，主要成分包括3-甲氧基光甘草定、甘草酚、菜豆醇、7-甲氧基-2-甲基異黃酮、豆甾醇。調節肺癌相關免疫功能的潛在靶點137個，核心靶點主要有信號轉導及轉錄激活蛋白3（signal?transduction?and?activator?of?transcription?3，STAT3）、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶1（rac-alpha?serine/?threonine-protein?kinase
中國現代醫生 2023年15期2023-07-04
- 基于生物信息學分析艾葉治療慢性蕁麻疹的分子機制
生物信息學及分子對接技術，分析艾葉治療慢性蕁麻疹（chronic?urticaria，CU）的分子機制。方法?從GEO數據庫下載CU的基因芯片數據集，利用R軟件篩選出差異表達靶點，從中藥系統藥理學數據庫（Traditional?Chinese?Medicine?Systems?Pharmacology?Database，TCMSP）、藥物靶標識別平臺（Pharm?Mapper）等數據庫獲取艾葉的化學成分、藥物靶點，運用GENEMANIA平臺及R軟件，對藥物
中國現代醫生 2023年15期2023-07-04
- 基于網絡藥理學和分子對接探討杜仲-牛膝藥對治療強直性脊柱炎機制
網絡藥理學和分子對接探討杜仲-牛膝藥對治療強直性脊柱炎（AS）的關鍵靶點和分子機制。方法 利用TCMSP數據庫檢索杜仲-牛膝藥對的活性成分，預測其對應靶點；利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD、PharmGkb數據庫檢索AS疾病相關靶點，利用Uniprot數據庫將預測靶點和疾病靶點名稱標準化后篩選出交集靶點，利用Cytoscape3.9.1繪制并分析中藥-成分-靶點-疾病網絡圖。將共同靶點導入STRING數據庫獲得蛋白質互作網絡并利用
云南中醫中藥雜志 2023年4期2023-06-26
- 基于網絡藥理學與分子對接探討痰熱清注射液治療COPD的作用機制
有效成分進行分子對接。結果 得到有效化學成分107個，藥物靶點1722個，COPD靶點6525個，最終獲得核心靶點1327個。痰熱清注射液治療慢阻肺主要成分為香豆素、咖啡酸、6-氨基己酸等，關鍵靶點為TP53、HSP90AA1、SRC等。結論 本研究初步揭示了痰熱清注射液多成分，多靶點，多通路治療慢阻肺得到潛在機制，為痰熱清注射液的基礎及臨床研究提供了依據。關鍵詞：痰熱清注射液；慢性阻塞性肺疾??；網絡藥理學；分子對接中圖分類號：R563.3 文獻標志碼：A
云南中醫中藥雜志 2023年4期2023-06-26
- 基于網絡藥理學和分子對接探討銀杏葉調控鐵死亡抗帕金森病的潛在機制
）富集分析。分子對接結果證明銀杏葉活性成分與關鍵靶點對接良好。結果 經篩選共得到27種銀杏葉活性成分以及209個潛在的蛋白作用靶點，PD靶點有1827個，調控鐵死亡基因有259個，三者交集的靶點有18個。通過PPI網絡分析共得到HMOX1、TP53、EGFR、JUN、HIF1A、VEGFA、PTGS2等7個關鍵靶點。主要涉及通路有流體剪切應力和動脈粥樣硬化、化學致癌-活性氧、MAPK通路等。結論 銀杏葉調控PD中鐵死亡途徑可能與HMOX1、TP53、EGF
右江醫學 2023年4期2023-06-23
- 基于網絡藥理學與分子對接探討玉屏風散治療過敏性鼻炎-哮喘綜合征的作用機制
網絡藥理學及分子對接技術探討玉屏風散治療過敏性鼻炎-哮喘綜合征（CARAS）的作用機制。方法首先通過TCMSP數據庫檢索搜集玉屏風散的化學成分和藥物靶點。從GeneCards、Online Mendelian Inheritance in Man（OMIM）和DrugBank數據庫搜集過敏性鼻炎和哮喘治療相關靶點，構建韋恩圖并得到疾病與藥物的交集靶點。使用Cytoscape構建單味藥-活性成分-潛在作用靶點網絡，篩選關鍵活性成分，然后以STRING構建PP
云南中醫中藥雜志 2023年5期2023-06-17
- 基于網絡藥理學和分子對接探討補腎活血復方治療心絞痛機制
藥理學方法和分子對接試驗來探討補腎活血復方治療心絞痛的有效成分、作用靶點及作用通路。方法首先利用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）查找補腎活血復方的藥物成分和藥物靶點，并使用UniProt數據庫對檢索的藥物靶點進行過濾篩選。然后通過GeneCards數據庫、pharmGKB數據庫、TTD數據庫、Drugbank數據庫檢索來得到心絞痛的疾病靶點。最后將補腎活血復方的藥物靶點與心絞痛的疾病靶點取交集，從而得到補腎活血復方治療冠心病的作用靶點。利用Cy
云南中醫中藥雜志 2023年5期2023-06-17
- 基于網絡藥理學及代謝產物分析白首烏對乙醇性肝損傷的作用機制
網絡藥理學及分子對接技術闡述一年生、多年生白首烏代謝產物對乙醇性肝損傷的作用機制。使用液相色譜-飛行時間質譜分析白首烏提取物的化學組成，通過PubChem數據庫及文獻查找方法篩選出具有生物活性的成分，預測成分靶點、獲取疾病靶點并通過構建蛋白質-蛋白質互作網絡，篩選關鍵成分及核心靶點，最后對交集靶點進行富集通路分析與分子對接及可視化處理。經過篩選發現，白首烏含有25種已認證的生物活性因子，其在多年生白首烏中的含量顯著高于一年生白首烏（活性成分有20種）；一年
江蘇農業科學 2023年9期2023-06-04
- 基于指紋圖譜和網絡藥理學的蒼耳子質量標志物預測分析
心靶點，再用分子對接方法預測分析蒼耳子Q-Marker生物活性。結果 建立了10批蒼耳子飲片的指紋圖譜，確認了18個共有峰，通過蒼耳子對照品指認了其中8個峰，分別為原兒茶醛、新綠原酸、綠原酸、隱綠原酸、咖啡酸、3，4-二咖啡?？鼘幩?、3，5-二咖啡?？鼘幩岷?，5-二咖啡?？鼘幩?。經網絡藥理學分析，以上8種成分關聯29個核心靶點與20條關鍵通路，與蒼耳子抗炎、抗腫瘤等作用密切相關，可作為蒼耳子藥效活性成分。分子對接結果顯示該8種成分與其對應的核心靶點之間均
湖南中醫藥大學學報 2023年3期2023-05-30
- 虱螨脲對棉鈴蟲葉酸一碳庫代謝途徑的影響
酸飼喂試驗和分子對接技術分析了虱螨脲對棉鈴蟲葉酸一碳庫代謝途徑的影響。結果表明，棉鈴蟲幼蟲差異基因數量隨虱螨脲處理后時間的延長而增多，主要富集在葉酸一碳庫、氧化還原活性、幾丁質結合、氨基酸合成、嘌呤合成與代謝以及離子跨膜運輸等途徑上，其中葉酸一碳庫代謝通路在處理后0.5 h極顯著富集（P=6.35×10-5）。棉鈴蟲幼蟲的葉酸含量隨著虱螨脲處理后時間的延長而顯著降低，處理后24 h葉酸含量為4.53 μg/100 g，約為對照組的1/2;用含葉酸的飼料飼喂
植物保護 2023年2期2023-05-30
- 基于網絡藥理學和分子對接探究滌痰湯治療冠心病的作用機制
學；冠心??；分子對接；作用機制冠心?。╟oronaryheartdisease，CHD）是一種缺血性心肌病，CHD可引起管腔狹窄或閉塞，導致心肌缺血、缺氧或壞死。CHD中醫又稱“胸痹心痛”，出自《靈樞·經脈》，由多種原因引起瘀血、寒凝、痰濁、氣滯痹阻心脈。痰濁是氣機失調或血行不暢引發的病理產物，近現代醫家多從痰濁辨證治療胸痹心痛，楊關林教授團隊研究結果表明，痰濁貫穿于胸痹心痛的整個病程[1]。滌痰湯出自明代董宿《奇效良方》卷一，具有補虛豁痰，清熱利氣之功，
中國醫藥科學 2023年7期2023-04-25
- 基于超高效液相色譜-質譜技術及網絡藥理學和分子對接探討柴芍胃炎顆粒治療慢性胃炎的有效成分及潛在作用機制
網絡藥理學；分子對接慢性胃炎（chronicgastritis，CG）指不同病因引起的各種慢性胃黏膜炎性病變，臨床上以上腹部疼痛、飽脹、燒灼感、反酸噯氣、食欲不振等癥狀多見，是一種常見病，“十人九胃病”，據世衛組織統計，胃病的發病率高達80%，且日趨年輕化，故而胃病已成世界之殤。而CG位居胃病之首，病情反復，影響患者生活質量，甚至導致胃癌的發生。在我國，基于內鏡診斷的CG患病率在90%左右[1]。胃病的病機多為胃氣阻滯，胃失和降，不通則痛。若情志不暢，肝郁
中國醫藥科學 2023年7期2023-04-25
- 大明膠囊治療高脂血癥的網絡藥理學分析及分子對接驗證研究
；靶點預測；分子對接高脂血癥是由于脂肪代謝或轉運異常而導致的血漿中脂質結構紊亂[1]。高脂血癥是心血管疾病發病和病死的主要危險因素。他汀類是血脂異常的首選治療藥物，盡管他汀類藥物治療對心血管事件有積極作用，但患者的依從性往往較差[2]。因此，探索不良反應較低且作用有效的降脂藥物具有重要意義。中藥治療高脂血癥具有療效確切、毒性相對較低、成本低等優點，因此得到越來越多人的關注。大明膠囊是經國家食品藥品監督管理局批準的具有活血化瘀作用的中成藥。大明膠囊由6味中藥
中國醫藥科學 2023年7期2023-04-25
- 廣玉蘭內酯抗膿毒癥潛在靶點的篩選與鑒定
配確定;通過分子對接軟件鑒定廣玉蘭內酯抗膿毒癥的潛在靶點，然后對潛在靶點進行作用通路分析。結果? 廣玉蘭內酯成藥性良好，其口服生物利用率為63.71%，藥物相似度為0.19;在DRAR-CPI和Swiss Targetprediction軟件中共篩選到150個潛在靶點，有9個與膿毒癥相關的靶點，通過分子對接軟件鑒定ELANE、S100A9、G6PD、ACE2、PTGS2和CASP3為廣玉蘭內酯抗膿毒癥的潛在靶點，腫瘤壞死因子信號通路和5-羥色胺能突觸為其作
中國現代醫生 2022年17期2022-07-18
- 基于網絡藥理學和生物信息學的小青龍湯治療哮喘和慢性阻塞性肺疾病的“異病同治”機制分析
核心靶點進行分子對接驗證。結果 共篩選出小青龍湯治療COPD和哮喘的作用靶點95個，篩選出19個核心作用靶點。富集分析結果顯示共涉及82條信號通路及120種生物過程、16種分子功能、21種細胞組分。GEO芯片驗證顯示NR3C1、HSP90AA1、TNF、CASP3、AKT1、PTGS2、TLR4、EGF、IL1B、HRAS在COPD和哮喘與健康樣本之間具有明顯的表達差異，繪制中藥-化合物-靶點網絡圖后，進一步對Degree值前5的靶點進行分子對接，結果顯示
湖南中醫藥大學學報 2022年6期2022-07-02
- 基于網絡藥理學和分子對接技術探討芪藶強心膠囊治療慢性心力衰竭的作用機制
網絡藥理學和分子對接技術探討芪藶強心膠囊治療慢性心力衰竭的作用機制。方法 利用BATMAN-TCM平臺檢索芪藶強心膠囊的化學成分和靶點，通過GeneCards、OMIM、DisGeNET以及NCBI數據庫獲得慢性心力衰竭相關的靶點，利用PERL軟件將中藥和疾病的基因進行合并，得到交集基因，構建“中藥-疾病”靶點數據庫，利用Cytoscape 3.7.2繪制“中藥-疾病-有效成分-靶點”網絡圖，篩選出核心有效成分;利用STRING數據庫構建蛋白質相互作用（p
湖南中醫藥大學學報 2022年6期2022-07-02
- 基于分子對接與網絡藥理學探討蘇黃止咳膠囊治療咳嗽變異性哮喘的作用機制
目的：通過分子對接與網絡藥理學技術，深度發掘蘇黃止咳膠囊主要活性成分，明確其作用靶點與信號通路，分析其治療咳嗽變異性哮喘（CVA）多靶點、多通路的干預作用機制，闡明蘇黃止咳膠囊（SH）的藥效物質基礎及作用機制。方法：依托于網絡藥理學技術與分子對接技術，從SH中篩選活性化合物，并對其通路進行分析。結果：篩選得到75個活性化合物，其中麻黃與前胡所含化合物占比最多，各為16種，其余依此為紫蘇子13種、枇杷葉11種、五味子7種、牛蒡子5種、地龍4種、紫蘇葉3種。
世界中醫藥 2022年10期2022-07-02
- 基于網絡藥理學及分子對接探討半夏-藿香抗新型冠狀病毒肺炎作用機制
集分析，獲得分子對接證據支持。結果：半夏-藿香藥對有效活性成分24個，關鍵靶點45個，共富集出生物過程、細胞組分和分子功能條目443條，通路103條。分子對接結果顯示在半夏-藿香藥對中，與3CLpro結合最好的是β-谷甾醇;與血管緊張素轉換酶2結合最好的為槲皮素。結論：半夏-藿香藥對關鍵化合物可能從結構上作用于嚴重急性呼吸系統綜合征冠狀病毒2（SARS-CoV-2）入侵及從多成分多靶點多通路抑制細胞因子風暴，廣譜抗病毒、抑菌及免疫調節，干預網狀激活系統起到
世界中醫藥 2022年10期2022-07-02
- 基于網絡藥理學與分子對接探討“黃芪-當歸”治療年齡相關性黃斑變性的作用機制
網絡藥理學和分子對接方法探討中藥“黃芪-當歸”治療年齡相關性黃斑變性（AMD）的作用機制。方法：借助中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）獲取中藥黃芪、當歸的有效成分與作用靶點，使用Uniport數據庫進行基因ID的注釋，在GeneCards、OMIM數據庫中查找AMD的相關基因。使用Cytoscape 3.7.2將藥物-關鍵有效成分-疾病靶點網絡可視化，在String數據庫平臺構建蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡，再利用Metascape基因本
世界中醫藥 2022年7期2022-06-02
- 基于分子對接技術雙靶向PTP1B和GSK3β潛在活性小分子的發現
：目的 運用分子對接技術篩選出特異性作用于糖尿病雙靶向PTP1B/GSK3β靶點的潛在活性小分子，為降糖藥物的研究與開發提供依據和思路。方法 以PTP1B和GSK3β配體結合區域的晶體機構作為靶點，運用分子對接技術從小分子Specs和Chemdiv數據庫中篩選雙靶向PTP1B/GSK3β的小分子復合物的蛋白結構，刪除晶體水分子，運用AutoDockTools以晶體小分子為質心定義對接的活性位點。結果 經過疊合與PTP1B/GSK3β對接打分，并進一步對潛在
健康之家 2022年11期2022-05-30
- 靶向野生型和S94A突變型Enoyl-ACP還原酶潛在活性小分子的發現
：目的 運用分子對接技術發現靶向野生型和突變型S94A Enoyl-ACP還原酶的潛在活性小分子。方法 選取野生型（WT）和S94A突變型（S94A）Enoyl-ACP還原酶蛋白作為受體，運用Autodock vina從Specs和Chemdiv商業數據庫中篩選具有抗結核潛力的雙靶向野生型和S94A突變型Enoyl-ACP還原酶活性小分子。結果 與野生型和S94A突變型Enoyl-ACP還原酶結合親和力排名前2300的小分子共12個。結論：小分子AK-96
健康之家 2022年7期2022-05-30
- 基于網絡藥理學探討炙甘草湯治療心律失常的作用機制
dock在線分子對接工具對蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡中的核心蛋白與核心化合物分子進行分子對接。結果：篩選出171個化合物及4 090個靶點，得到關于心律失常疾病靶點435個;PPI結果顯示，Degree值排名前6的基因分別為：INS、KCNH2、SCN5A、CAV3、GJA1、TNNI3;拓撲分析顯示Degree排名前5的基因分別為：EGFR、HSPA8、NTRK1、ESR1、HSP90AA1;分子對接結果顯示：炙甘草湯的大多數活性成分和關鍵靶點
世界中醫藥 2022年6期2022-05-24
- 基于網絡藥理學和分子對接探討補陽還五湯治療糖尿病腦病的作用機制
藥理學方法和分子對接技術，探討補陽還五湯有效成分治療糖尿病腦病潛在作用機制。方法：從中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）和中科院化學專業數據庫篩選出補陽還五湯有效化學成分及其靶點，通過GeneCards、在線人類孟德爾遺傳（OMIM）數據庫收集糖尿病腦病靶點，運用STRING數據庫構建蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡圖并通過Cytoscape 3.8.0軟件中CytoNCA插件篩選關鍵靶點。利用ClusterProfiler程序包進行基因本體（
世界中醫藥 2022年5期2022-05-22
- 基于網絡藥理學與分子對接探討土茯苓治療銀屑病的作用機制
銀屑病相關。分子對接結果顯示核心成分與核心靶點具有較好的結合能。結論：土茯苓可能通過作用于IL-17信號通路及腫瘤壞死因子（TNF）信號通路等相關靶點起到治療尋常型銀屑病的功效，本研究初步揭示了土茯苓治療尋常銀屑病的潛在活性化合物與可能作用機制。關鍵詞 土茯苓;銀屑病;網絡藥理學;分子對接;克銀方Pharmacological Mechanism of Rhizoma Smilacis Glabrae in Treating Psoriasis Vulga
世界中醫藥 2022年5期2022-05-22
- 基于網絡藥理學及分子對接探討杜仲葉防治骨質疏松的作用機制
網絡藥理學-分子對接預測杜仲葉防治骨質疏松癥的作用機制。方法：利用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）及SwissTargetPrediction分析平臺對杜仲葉活性成分及作用靶點進行篩選，使用GeneCards、在線人類孟德爾遺傳（OMIM）數據庫、治療靶點數據庫（TTD）對骨質疏松癥的對應靶標進行篩選，將中藥靶基因與疾病靶基因相交集，將交集靶點導入Cytoscape軟件構建成分靶點網絡，使用STRING分析平臺及Cytoscape軟件構建蛋白質
世界中醫藥 2022年5期2022-05-22
- 和胃安神方治療失眠的網絡藥理學和分子對接機制研究
網絡藥理學和分子對接研究和胃安神方（HWASF）治療失眠的作用機制。方法：采用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP），篩選出HWASF主要有效成分和各中藥靶蛋白;在生物信息綜合數據庫（GeneCards）搜索失眠疾病靶點;利用R語言將HWASF-Insomnia靶點取交集并繪制韋恩圖，上傳STRING和Cytoscape構建蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡圖;交集靶點投射到Metascape基因本體（GO）富集分析和京都基因和基因組百科全書（KE
世界中醫藥 2022年5期2022-05-22
- 壯瑤藥生骨湯治療激素性股骨頭缺血性壞死的臨床療效評價及網絡藥理學機制初探
注釋，并運用分子對接技術對其進行驗證。結果 （1）共納入5篇文獻，394例患者，結果提示生骨湯可顯著提高臨床總有效率和綜合療效評分，降低患者空骨陷窩概率。（2）網絡藥理學分析得到活性成分40個，共有靶點94個，關鍵成分為木犀草素、去甲漢黃芩素、牽?；ㄉ?、2’-羥基染料木素、染料木素，蛋白質相互作用網絡圖以及關鍵蛋白模塊圖提示壯瑤藥生骨湯主要通過誘導SRC、VEGFA、MMP9、PLG、MAPK14等核心靶點起到治療作用。（3）GO、KEGG富集分析結果顯
湖南中醫藥大學學報 2022年4期2022-04-28
- 基于傳統知識調查和網絡藥理學的土家藥天珠散增藥組方抗腦卒中效益評價研究
析，最后利用分子對接方法，對新方治療腦卒中的機制進行初步探究。結果 土家醫推薦與天珠散配伍抗腦卒中的藥物中，八角楓、三角風、頭暈草排名靠前;對比各候選藥物預測靶點與疾病靶點網絡拓撲參數，確定了天珠散加頭暈草為新方最佳配伍，其中天麻為主藥，延齡草為幫藥，頭暈草可兼為幫、客、信藥;新方可通過參與一氧化氮生物合成過程調控、磷酸化的正調控、對含氧化合物的反應、神經元投射維持等生物過程，對腦卒中疾病癥狀進行干預;分子對接結果顯示，該組方成分26-chloro-26-
湖南中醫藥大學學報 2022年4期2022-04-28
- 基于網絡藥理學探討血府逐瘀湯中川芎-赤芍藥對調節血管新生的分子機制
活性成分進行分子對接。結果 獲得川芎-赤芍活性成分20種，相關靶蛋白117種，川芎-赤芍調節血管新生靶蛋白72個，其中，關鍵活性成分為黃芩素、鞣花酸、β-谷甾醇、豆甾醇、楊梅酮、（+）-兒茶素、阿魏酸、川芎嗪等，關鍵靶蛋白為蛋白激酶Bα（AKT1）、血管內皮生長因子A（VEGFA）、白細胞介素-6（IL-6）、P53腫瘤蛋白（TP53）、腫瘤壞死因子-α（TNF-α）、環加氧酶2（PTGS2）、熱休克蛋白90αA1（HSP90AA1）、c-fos原癌基因蛋
中國現代醫生 2022年6期2022-04-23
- 基于網絡藥理學和分子對接探討柴胡大黃藥對防治膽石癥的作用機制
網絡藥理學和分子對接技術初步探討柴胡大黃藥對治療膽石癥的有效物質基礎及作用機制。方法：借助中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）檢索柴胡、大黃的有效活性成分及潛在作用靶點;通過GeneCards、CTD、TTD數據庫得出膽石癥相關作用靶點。利用Cytoscape 3.7.2軟件及STRING數據庫構造藥物與疾病共同靶蛋白質蛋白質相互作用（PPI）網絡、中藥成分疾病靶點PPI網絡。采用DAVID 6.8數據庫及R 4.0.3軟件對藥物與疾病共同靶點進行
世界中醫藥 2022年4期2022-04-03
- 基于網絡藥理學和分子對接探討柴胡大黃藥對防治膽石癥的作用機制
網絡藥理學和分子對接技術初步探討柴胡大黃藥對治療膽石癥的有效物質基礎及作用機制。方法：借助中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）檢索柴胡、大黃的有效活性成分及潛在作用靶點;通過GeneCards、CTD、TTD數據庫得出膽石癥相關作用靶點。利用Cytoscape 3.7.2軟件及STRING數據庫構造藥物與疾病共同靶蛋白質蛋白質相互作用（PPI）網絡、中藥成分疾病靶點PPI網絡。采用DAVID 6.8數據庫及R 4.0.3軟件對藥物與疾病共同靶點進行
世界中醫藥 2022年4期2022-04-03
- 整合網絡藥理學和分子對接技術探討“三藥三方”核心藥組防治COVID-19的分子機制研究
B-Dock分子對接軟件對候選成分與關鍵靶點進行分子對接計算和驗證。結果：“三藥三方”共包含中藥48味，藥物四氣多屬溫、平、寒，五味多屬辛、甘、平，主要歸屬肺、胃、脾經，最后得到“三藥三方”的核心藥組為麻黃、廣藿香、苦杏仁、甘草和石膏。核心藥組共預測得到100個化學成分和449個靶點。通過韋恩圖和PPI網絡分析篩選得到77個候選靶標作用于COVID-19。富集分析得到361個GO生物學過程條目和120條KEGG通路。通過對信號通路的歸類，發現核心藥組參與人
世界中醫藥 2022年2期2022-03-05
- 麻黃-葛根藥對治療糖尿病周圍神經病變的藥理作用
藥理學平臺及分子對接研究探討麻黃-葛根藥治療糖尿病周圍神經病變的分子機制。方法：首先在疾病靶點篩選數據庫和中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）檢索獲取與糖尿病周圍神經病變（DPN）相關的靶標基因及麻黃、葛根的活性成分;然后使用Excel查重獲得藥物與疾病的共同靶點，使用Cytoscape繪制蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡圖，對共同靶點進行基因本體（GO）富集分析，通過DAVID網站進行京都基因和基因組百科全書（KEGG）通路富集分析;最后用C
世界中醫藥 2022年1期2022-02-21
- 大柴胡湯治療結石性膽囊炎的網絡藥理學研究及分子對接驗證
網絡藥理學和分子對接的方法探討大柴胡湯治療膽囊炎（Cholecystitis）的作用機制。方法：通過中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）檢索相關文獻獲得大柴胡湯所含中藥的主要化學成分，收集其相對應的靶點;膽囊炎疾病靶點來源于GeneCards、在線人類孟德爾遺傳（OMIM）、PharmGkb數據庫。結合Cytoscape 3.8.0構建藥物-核心靶點-有效成分網絡、靶標蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡。利用Bioconductor中的R包對核心
世界中醫藥 2022年1期2022-02-21
- 血府逐瘀湯治療失眠障礙作用機制的網絡藥理學研究
網絡藥理學和分子對接的方法分析血府逐瘀湯治療失眠障礙的有效成分、靶點及通路，探討其作用機制。方法 檢索TCMSP數據庫，獲取方劑各藥物有效成分及靶點;在GeneCards等數據庫中檢索疾病相關靶點，獲得方劑與疾病的交集靶點，并使用String數據庫及CytoscapeV3.7.2構建疾病-藥物-成分-靶點網絡和核心蛋白互作網絡;在Metascape平臺對交集靶點進行GO和KEGG通路富集分析;選取核心成分與核心靶點分子對接。結果 總共得到血府逐瘀湯有效成分
云南中醫中藥雜志 2022年1期2022-02-05
- 基于網絡藥理學和分子對接探討丹參治療術后腹腔粘連的作用機制
.6工具進行分子對接。結果：共得到38種高胃腸道吸收的丹參活性成分及其相應的72個靶點基因，以及755個與PAA相關的靶點基因。Venn圖結果顯示，丹參活性成分與PAA共有33個交叉靶點。丹參酮ⅡA、二氫丹參內酯等成分可能是活性成分-PAA相關靶點網絡的重要節點，FOS、APP、ACHE、CASP3、PTGS2可能是交叉靶點PPI網絡的樞紐基因。GO富集結果表明，交叉靶點主要富集于腎上腺素受體活性、兒茶酚胺結合、G蛋白偶聯胺受體活性等;KEGG通路富集分析
中國藥房 2021年24期2021-12-30
- 基于網絡藥理學和分子對接研究芪金合劑治療腎結石的作用機制
網絡藥理學和分子對接技術預測芪金合劑（黃芪、金錢草）治療腎結石的作用機制及潛在靶點。方法 利用多個數據庫獲取藥物有效成分、疾病靶點，取兩者交集基因;使用Cytoscape 3.8.0軟件構建“中藥-成分-靶點”調控網絡，將交集靶基因導入STRING數據庫，構建蛋白質相互作用網絡;并對交集基因進行拓撲分析、GO和KEGG富集分析;將有效成分與核心基因分子對接，計算最低結合能，制作分子對接模型圖。結果 獲得黃芪有效成分21種，金錢草有效成分10種，黃芪作用靶點
湖南中醫藥大學學報 2021年12期2021-12-23
- 基于網絡藥理學和分子對接技術探討桑梅止咳顆粒治療COPD的作用機制
析;最后使用分子對接技術對有效活性成分和靶點進行驗證。結果 經過篩選，桑梅止咳顆粒中的槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素等多個關鍵活性成分，可能通過作用于白介素6（interleukin-6， IL-6）、白細胞介素-1β（Interleukin-1 beta， IL-1β）、腫瘤壞死因子（tumor necrosis factor， TNF）、髓過氧物酶（myeloperoxidase， MPO）、有絲分裂原激活蛋白激酶14（mitogen-activ
湖南中醫藥大學學報 2021年12期2021-12-23
- 基于網絡藥理學和分子對接技術探討八珍湯治療壓瘡的作用機制
藥理學方法和分子對接技術探討八珍湯治療壓瘡的作用機制。方法 通過中藥系統藥理學技術平臺（TCMSP）、UniProt、DrugBank數據庫獲取八珍湯中藥物的活性成分及其潛在的作用靶點。借助OMIM數據庫和GeneCards數據庫檢索壓瘡的相關靶點，獲取藥物與疾病的交集靶點并將其導入STRING數據庫進行蛋白互作分析，通過Cytoscape 3.7.2軟件將互作結果可視化。運用DAVID平臺對交集靶點進行GO和KEGG富集分析，預測八珍湯治療壓瘡的可能機制
湖南中醫藥大學學報 2021年12期2021-12-23
- 基于網絡藥理學和分子對接的感冒清熱顆粒防治新型冠狀病毒肺炎的作用機制
的受體，進行分子對接。結果：篩選出復方中化學成分共152個，相關靶點293個，其中與COVID-19共同作用的靶標有59個，與之對應有效成分共86個。核心靶點包括PTGS2、PTGS1、DPP4、F10、NOS2、TP53、TNF，關鍵成分包括β-胡蘿卜素、槲皮素、蘆丁、山柰酚、柚皮素、金合歡素、蘆薈大黃素、葛根素、異鼠李素、芒柄花黃素、二氫血根堿和β-谷甾醇。應用GO富集分析得到42個GO條目，應用KEGG富集分析得到48條相關通路，其中包含細胞凋亡通路
世界中醫藥 2021年19期2021-12-16
- 基于網絡藥理學和分子對接的感冒清熱顆粒防治新型冠狀病毒肺炎的作用機制
的受體，進行分子對接。結果：篩選出復方中化學成分共152個，相關靶點293個，其中與COVID-19共同作用的靶標有59個，與之對應有效成分共86個。核心靶點包括PTGS2、PTGS1、DPP4、F10、NOS2、TP53、TNF，關鍵成分包括β-胡蘿卜素、槲皮素、蘆丁、山柰酚、柚皮素、金合歡素、蘆薈大黃素、葛根素、異鼠李素、芒柄花黃素、二氫血根堿和β-谷甾醇。應用GO富集分析得到42個GO條目，應用KEGG富集分析得到48條相關通路，其中包含細胞凋亡通路
世界中醫藥 2021年19期2021-12-16
- 基于關鍵靶點及相關信號通路分析的四逆散治療腸易激綜合征分子作用機制的研究
網絡藥理學及分子對接方法預測四逆散治療腸易激綜合征（IBS）的分子作用機制。方法 通過TCMSP數據庫篩選四逆散中所含藥物的活性成分，應用GeneCards、DisGeNET、OMIM數據庫預測和篩選與IBS的相關靶點。采用Omicshare平臺對藥物靶點和疾病相關靶點進行匹配映射，獲得關鍵靶點。通過STRING數據庫構建蛋白-蛋白相互作用網絡。借助Cytoscape軟件構建“藥物-化合物-靶點-疾病”網絡。應用GoEast數據庫對四逆散治療IBS的關鍵靶
湖南中醫藥大學學報 2021年11期2021-11-29
- 基于網絡藥理學及分子對接研究參芪扶正注射液抗非小細胞性肺癌的作用機制
絡藥理學結合分子對接技術研究參芪扶正注射液抗非小細胞肺癌（NSCLC）的活性成分及作用機制，為臨床應用提供理論依據。方法：應用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（ TCMSP）獲取參芪扶正注射液的活性成分及靶點，通過美國國立生物技術信息中心（NCBI）數據庫獲取NSCLC與正常肺組織的差異基因，并采用STRING數據庫及Cytoscape構建共同靶點可視化網絡圖。借助DAVID數據庫實現基因本體（GO）富集分析和京都基因和基因組百科全書（KEGG） 富集分析，
世界中醫藥 2021年20期2021-11-29
- 基于網絡藥理學和分子對接探討“杜仲-牛膝”藥對治療骨質疏松的分子機制
網絡藥理學和分子對接的方法探討“杜仲-牛膝”藥對治療骨質疏松的分子機制。方法：通過中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）篩選杜仲、牛膝含有的活性成分及作用靶點;利用GeneCards、DisGeNET和CTD數據庫收集骨質疏松（OP）相關靶點基因;采用Cytoscape 3.8.0軟件和STRING數據庫進行“藥物-活性成分-靶點”網絡和蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡的構建與分析;FunRich3.1.3軟件DAVID數據庫進行基因本體（GO）
世界中醫藥 2021年20期2021-11-29
- 基于網絡藥理學與分子對接探究甘草-澤瀉藥對治療室性早搏的分子機制
.2軟件進行分子對接。結果：共挖掘出甘草-澤瀉藥對相關靶點206個、PVCs相關靶點3997個，兩者共有靶點159個，其中核心靶點共4個。最終富集到GO功能條目2491個，KEGG信號通路186條。將受體與配體進行分子對接，任意兩者結合能均低于-7 kcal/mol，有較強的結合活性。結論：甘草-澤瀉藥對治療PVCs可能是槲皮素、山柰酚、甘草酮A、柚皮素、甲素通過調控TP53、JUN、MAPK1、MAPK3等核心靶點，作用于IL-17信號通路、TNF信號通
中國藥學藥品知識倉庫 2021年9期2021-11-08
- 基于網絡藥理學和分子對接探討強力定眩片治療高血壓的作用機制
網絡藥理學和分子對接技術，探討強力定眩片治療高血壓的作用機制。方法：使用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）、中藥分子作用機制的網絡藥理學在線分析工具（BATMAN-TCM）平臺檢索強力定眩片活性成分，使用Swiss Target Prediction數據庫，對活性成分進行靶點預測。通過GeneCards、在線人類孟德爾遺傳數據庫（OMIM）、治療靶點數據庫（TTD）得到高血壓相關靶點，整合藥物靶點和疾病靶點，獲取交集靶點。使用Cytoscape軟
世界中醫藥 2021年17期2021-09-28
- 基于生物信息學及分子對接研究溫陽振衰顆粒治療慢性心力衰竭的潛在分子機制
信息學方法及分子對接技術預測溫陽振衰顆粒治療慢性心力衰竭（chronic heart failure， CHF）的活性成分、作用靶點及相關生物學途徑。方法 利用TCMSP、BATMAN-TCM數據庫篩選溫陽振衰顆粒的活性成分及藥物潛在靶點，應用GeneCards、PharmGkb、TTD、DrugBank平臺檢索CHF的疾病靶點，采用Cytoscape 3.7.0軟件構建“成分-靶點”網絡圖，運行STRING平臺進行靶蛋白相互作用（protein-prot
湖南中醫藥大學學報 2021年9期2021-09-23
- 基于網絡藥理學及分子對接探討骨碎補-補骨脂藥對治療骨轉移癌痛的作用機制
網絡藥理學及分子對接技術探討骨碎補-補骨脂治療骨轉移癌痛的作用機制。方法 通過文獻查找、TCMSP 數據庫及BATMAN-TCM數據庫獲取骨碎補-補骨脂的活性成分及其對應的靶點，通過GeneCards數據庫獲得骨轉移癌痛相關的靶點，利用Venn在線軟件獲取“化合物-疾病”共同靶點，運用Cytoscape 3.7.1軟件構建“中藥-化合物-靶點-疾病”網絡圖，使用STRING數據庫繪制核心靶點PPI網絡，利用DAVID對核心靶點進行GO功能及KEGG通路富集
湖南中醫藥大學學報 2021年9期2021-09-23
- 基于網絡藥理學和分子對接探討熊果酸治療骨質疏松的分子機制
.2軟件進行分子對接。結果：共挖掘出熊果酸相關靶點基因55個、OP相關靶點基因4 273個，兩者共有靶點基因44個。上述共有靶點基因的PPI網絡共包含節點44個、邊513條，平均節點度值為23.3;核心靶點基因共24個，包括VEGFA、TP53、IL6、CASP3等。共富集到GO功能條目340個（校正后P值小于0.05），其中生物過程263個（涉及凋亡過程的負調控等）、分子功能25個（涉及蛋白質結合等）、細胞組分52個（涉及胞質溶膠等）;共富集到KEGG信
中國藥房 2021年17期2021-09-22
- 基于網絡藥理學探討秦七風濕方治療類風濕性關節炎的作用機制
網絡藥理學;分子對接;作用機制Mechanism of Qinqi Fengshi Formula for the Treatment of Rheumatoid Arthritis by Network PharmacologyYAO Zhuoru1，2，LIU Hongbo1，2，TANG Zhishu1，2，SONG Zhongxing1，2，RUAN Kaihua1，2，XU Sining1，2，YU Jingao1，2，LIU Shijun1，2
世界中醫藥 2021年16期2021-09-18
- 基于網絡藥理學和分子對接技術探討藥對赤芍-牡丹皮治療銀屑病的作用機制
網絡藥理學和分子對接技術研究赤芍-牡丹皮藥對治療銀屑病的作用機制。方法：利用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）數據庫檢索赤芍-牡丹皮的化學成分及其相關靶點，利用DisGeNET數據庫檢索銀屑病相關靶點，通過Venny 2.1.0映射得到赤芍-牡丹皮治療銀屑病的交集靶點，利用STRING數據庫及Cytoscape3.7.1構建交集靶點蛋白質-蛋白質相互作用（PPI），利用R語言進行基因本體（GO）富集分析和京都基因和基因組百科全書（KEGG）富集分
世界中醫藥 2021年14期2021-09-13
- 基于網絡藥理學及分子對接探討交泰丸治療心律失常的作用機制
網絡藥理學及分子對接分析交泰丸治療心律失常的作用機制。方法：通過中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）與BATMAN數據庫檢索黃連、肉桂的活性成分和靶基因，利用GeneCards數據庫檢索得到與心律失常相關的靶基因，采用Cytoscape軟件繪制交泰丸的“活性成分-作用靶點”網絡圖，采用STRING數據庫構建交泰丸治療心律失常的蛋白質-蛋白質相互作用（Protein Protein Interaction，PPI）網絡圖，將PPI網絡圖導入Cytos
世界中醫藥 2021年13期2021-08-26
- 基于網絡藥理學和分子對接探討桃紅四物湯治療類風濕關節炎的作用機制
網絡藥理學和分子對接技術探討桃紅四物湯治療類風濕關節炎的作用機制，為臨床應用提供理論依據。方法：運用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）檢索桃紅四物湯的有效成分及作用靶點，通過GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank數據庫收集疾病相關靶點。運用Cytoscape 3.6.1軟件構建“化合物-靶點”網絡，借助STRING平臺構建交集靶點蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡，并使用Cytoscape對網絡進行拓撲分析，獲
世界中醫藥 2021年12期2021-08-23
- 基于網絡藥理學探討四逆散治療功能性消化不良的作用機制
網絡藥理學和分子對接方法探討四逆散治療功能性消化不良的作用機制。方法：利用中藥系統藥理學數據庫與分析平臺（TCMSP）搜索四逆散中中藥的活性成分與作用靶點，利用GeenCard、OMIM數據庫搜索功能性消化不良的疾病靶點，利用R語言取得藥物與疾病的共同靶點，通過Cytoscape3.7.2構建藥物-疾病靶點網絡，利用STRING平臺構建蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡圖，通過DAVID進行基因本體（GO）富集分析和京都基因和基因組百科全書（KEGG）富
世界中醫藥 2021年10期2021-08-11